FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n02_MTH-027_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n02_MTH-027_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC38

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GCCACCGTGTCCAACCACAACTGTTTAATAGAGCCCATGTTCAATCACTC213.333333333333334No Hit
CAAAACCATGGGAAATTAAATGGAAAGATAATTAAATATGTAAATTCATA16.666666666666667No Hit
TTTTTACTTGTTTAAGCTTTGCCTCAGTTGGCAAACTTCATTTTATGTGC16.666666666666667No Hit
CAGAACTACCAGACACATGGCCATCTAGTTGCAGAGGCAGTTAAGGAGAA16.666666666666667No Hit
AACTGTGGTGTCCGCTTGCTAAGAACCAATATAGATGAAAGTGATGTCCA16.666666666666667No Hit
GTGGAGGTAGGGCCTGGGTGGAGGTGATTGGATCATGGTGGCAGAGTTCT16.666666666666667No Hit
TGGAATGATTAGCTGAGCCTCAGTTTATTCAGTTTATTATTTTTATCACT16.666666666666667No Hit
AGTGTTTCCAAACTGCTGCATCAAAAGGAATCCTCAGCTCCGTGAGTTGA16.666666666666667No Hit
CCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGACATGTTGGTGTGTGCC16.666666666666667No Hit
GACAAACTTTGGGCGTAGAATGGAAGCCACTGCCAGCCTCTGTGCTGAGA16.666666666666667No Hit
AGTTGTAAATCAACCTGCATAAACATACAGCCGCTTAATACATGTAATTT16.666666666666667No Hit
ATAAAAACTACAACATAACACTCAATAAAAACTGGGACAAAATTAATGAG16.666666666666667No Hit
GTTTGAACTCCAAAACATATTAAAACAAATGCTTTTATTTTGAATTTAAG16.666666666666667No Hit
TGGAATTCCAGAAGGCCTTGTGGGAGAGTAAAAGGCTTATGAATAAAGTG16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)