FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n02_MHC-085_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n02_MHC-085_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC37

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AACAAATCTAAAGAATATACGAACACAAAATAAAAAAAAATACAAATACA11.3333333333333335No Hit
GGGCATCGGGCGAGCGCGCCCCCCCCCCGTGCTGTCGCCGGGGGGAGCAC11.3333333333333335No Hit
AATAAGAACAACAAACACAAACATTAACAGCAACTAAAACACAACATTAA11.3333333333333335No Hit
TTCTTCGGATTTATTTTTCTTCTTTATTAAAAGGAACATCAGCGAACTTG11.3333333333333335No Hit
CGGACAACCGCATTGATAAGCACAAGAAATTCATCCTCTCAGTAACCACC11.3333333333333335No Hit
CTGAAAGGAACGCATCATTTATATTACAATTACTTAAACCTATCCATCAA11.3333333333333335No Hit
TTTTATCACACTTGCTCTTCAAGTTTACCTGGCCACATGTCCCTTCTAGA11.3333333333333335No Hit
GTCCTTTTTCCTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAACAGATATAGC11.3333333333333335No Hit
ATTTCAAAGAATCGATATTTTAAGCAACGCTTCTAGCTTAATCCACATAA11.3333333333333335No Hit
GTTTGTGCAAGCTTACCTTGGGAATTGTCATGTTGAGTAATTTTCCAATT11.3333333333333335No Hit
CGCAAATCTCCAACCAGTATAACAGTACTAAAAATAGACAAAATACATGC11.3333333333333335No Hit
GGCGTTTCTAACAACTAGAAAACCTGACTTGCACGGAGTACCACACAAAA11.3333333333333335No Hit
CTTCCATCCTGCATCAAATACAAAAATACACAACAAACTTAATTATGGCC11.3333333333333335No Hit
CCTAAATCAGCGTTCTACAGCTGAACAAGGAGTAGAAGCTGAGTGTCGGG11.3333333333333335No Hit
AACAAGAATTAAATCAAGAATGAATAAAAAAACCAGAAATTGAAAGAAAA11.3333333333333335No Hit
TTACACCCAGAAAAGGGTCTGAATAATAAAAATGCACCCAAAAGAACTGG11.3333333333333335No Hit
CGCGGCGGTTAAGCGGCAGTTAAGCGGCTGCTAAGCGGTAACTTAGTGGC11.3333333333333335No Hit
GGTTGGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG11.3333333333333335No Hit
TTGAACAAAAAATGCACAAAGAAGAGAAAAAGCAATACAAAAAATTGTAA11.3333333333333335No Hit
AAAAACTAAAAAAAAACACCAAAATGAGTCAACATAACCAAGTCATTAAC11.3333333333333335No Hit
GTGAGAATCAAAAGTAAAAGAAACCTGTACAAAACATCCAAAAACAGGCA11.3333333333333335No Hit
GGGCCGGGGGACAGCTACAGCCCTCCCACAGGAACTGCCTCCCCTCCTGA11.3333333333333335No Hit
CAAGAGTTAGCCGCTCCTAAGGGATAGCTGAAAAGTGTTTATTTGGGGAA11.3333333333333335No Hit
TAAACAGTAGATCAATCACCCAACACCAAATCCATAACCTCTAATCACTC11.3333333333333335No Hit
GGTGAGCGGTGACGAGGTTGGAGAAACGATTAACCACGTGAGCGACGACC11.3333333333333335No Hit
CACAAAGGCCAGGCCACGGCAAAACAGTAACCACACTCAGCTGTAGTGTT11.3333333333333335No Hit
CTGTATAGAGGAAAACTGGAAGAGAGGAGAGAGAATGAATACAAATTACA11.3333333333333335No Hit
GGTTTCTTGTCAACTGTGATTGGACAAGAGTTAGCCGCTCCTAAGGGATA11.3333333333333335No Hit
CATAAAAGAATACAAATAACTCCAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAT11.3333333333333335No Hit
GTTTCATCACAACACTTATTGAACCAGAGTTAGAAGCACCAAAAGGAAAG11.3333333333333335No Hit
GTTTGTGGTTGGTGTGTTGTGGGATGGGTGGGGGGGCTGGGTGGGGGTGT11.3333333333333335No Hit
CATGATCAACAATATGAAAGGAAGAAAAAACATCTAAAACAAAAACCTCA11.3333333333333335No Hit
TGTTTCTTTTTCGCGTAAGAATGTATTTGCTTGATTGTAAAGCTTCTTAG11.3333333333333335No Hit
CTTCGATAAAAACAATAATATAAACATAATAATTTAATGAAAAATTTAAA11.3333333333333335No Hit
GTTGACAAACCAGTGTTGCGAAGCTAAGTCTGTTGGATAATGGCTGAACG11.3333333333333335No Hit
GCATTTTGCTATTATGTGTTCTTTTAATTAAAATGATTCTTTTTAAGGAC11.3333333333333335No Hit
ACACGACCCGAGCCTGCCCCATCCCTTCCACCGCACCATCTTAGGCGTCA11.3333333333333335No Hit
CTTCTATAAGCACAATTAATGTAATATGTTAATAATTGTAGAACTGGCTG11.3333333333333335No Hit
AGTAATCAAGCTTTGTAAGTGAATATAATTATCCAAATACAATTAGTAAA11.3333333333333335No Hit
CCTTCGCGAACTCATTCAAATATTCTAACAAAATATAAGAAACATGATTA11.3333333333333335No Hit
AAATTAATAAATTTAAAATTATAATATTTAATAAAAATAAAATCAGTCAA11.3333333333333335No Hit
TGCTGATGTAAAAGAGAAATTATACGTGCTTCCTCTACGGATGCATTCAT11.3333333333333335No Hit
AGATAACAGTCTGAAAAGAAAGTTGTTCATTTGAAACTAAACAGTGATAA11.3333333333333335No Hit
GTTAACAAAGCACATTAAAAAAAAAGAAAAGATAGAAATAAAACAAGAAG11.3333333333333335No Hit
ATAAAAAAAGAAAATTGAAAAAACTAAACTACACGAATTAACATAAAAAA11.3333333333333335No Hit
TTGACATTTTTTCTATAAGGATAACTACGGAAAAGCTGTAGCTAATACTT11.3333333333333335No Hit
TCTCTCAAAAATCAGAAACTAATATAACTACAAAAAACTCAATTATTGAA11.3333333333333335No Hit
ATTAGCTGGTTATTTTCGAAAGATCTCTCAGGATCGCTGGAGTTGACTAA11.3333333333333335No Hit
GTTTCACTTTCCTCCCGACTCTATGGAGACATAGCCAGGTGGGGAGTTTG11.3333333333333335No Hit
GTTTCTTGTCAACTGTGATTGGACAAGAGTTAGCCGCTCCTAAGGGATAG11.3333333333333335No Hit
GTAAAAACCTTAACACTATAACTAAAACTGCAGCACAACTACTAGCAACC11.3333333333333335No Hit
GTTGAGTACTGATAGTCTGTCTCGTTTACGAAGCCCATCTGTTTTGGAAG11.3333333333333335No Hit
TTGCTATTATGTGTTCTTTTAATTAAAATGATTCTTTTTAAGGACTTTCT11.3333333333333335No Hit
CCCATAATTCTAGAGCTGCTCAACGAGAACACATAGATTGTAATGCAAAA11.3333333333333335No Hit
AAAAAAAAACCAAACTATATGTCAAGAAATAAACGATAATAATAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CCAACAATCACAACATACTACAAAACCCACCACCACAAAAGCAAACCAAG11.3333333333333335No Hit
AACAAACTAAAAGGTATTACACTCATTACACAAATACAAATAACAATACA11.3333333333333335No Hit
CATGAATCGAGAATGGAAAGGAATAGACAGGCTACGCCTGGACAAATACT11.3333333333333335No Hit
TTAAGAGAGAAAAAAAGTAATGCGGGAAAATGATTCTGCGGAAATATTTT11.3333333333333335No Hit
CGACGAGGAGGAAGAGGATGAGGCCGACCTGGACGTTTTGGAAGCGAAGC11.3333333333333335No Hit
GAAATATACTATATATGAAACAACATAATACACTTTTAATACCATAAAAC11.3333333333333335No Hit
CAACACCATATTAAAATAATAATACATCACACTATTACTGCCATTATCAT11.3333333333333335No Hit
GCTCAAAAGGAATATCCCGCGGGTTGTGCACGCTTGCGTTGGGAGTTGTG11.3333333333333335No Hit
TTATAAAGAAGGACGAGTCAGAAAAGGTATCCAGCACTCCAGTCTTGAAC11.3333333333333335No Hit
GGTTAACACACAACAGCCCAAGCACAAGACTACCCCGATCCAAAGCCATA11.3333333333333335No Hit
ACTTAAGCAAGAAGCCAGGCCGAATAAAAAGGACAAGAGCTTTATATTAA11.3333333333333335No Hit
GTGCACAAAAGGCAGGATGCCCATATAAGGGCCAGAGCGTGGACAAAAAA11.3333333333333335No Hit
AATAAAAAGCAATTAATGAAAAAATAAGTATTCATTAAGCAATATCAAAG11.3333333333333335No Hit
GGTTTAATGTCAACTAAGACAGGCAAAGAGTTAACCTCAACTACAAAATA11.3333333333333335No Hit
ATCAAAAAATTATAAACAAAAACAGAAATTAAAATAACTACATAAACTTA11.3333333333333335No Hit
ACTGACAGAAACAATTCACAATCCAAAGATCACAAAAACAAAGCCTTCCA11.3333333333333335No Hit
ACCTAGACTAGAGACTCACCAGGTGCACACAAATCACATCTGTACAATCA11.3333333333333335No Hit
GAAACATCAACCAATTTAATGGACAAGACAAACAAGCACAAAATCGATAG11.3333333333333335No Hit
ATCAAAAATAACATCACACCATGAATTCAAGAATACCTTGGGAAAAATAA11.3333333333333335No Hit
TGTTGGTTCGGGGGTGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGG11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)