FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n02_MHC-084_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n02_MHC-084_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC46

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGGGCACGTTGACCATATGCACCTCTAGAACCTAACCAGGGCTTCCTTCT14.166666666666666No Hit
CTCAGCTCACTCCTTGTATTAGAAATGTGACTTCTCCAACACGACAGCAC14.166666666666666No Hit
ACTGACACTGTTTGGAAATGGCAACAGGAAGATAGCAAAATGAATACTAA14.166666666666666No Hit
GTACACAATGTAAAGGCTGTAACAATGAATGATTAATGTCACAAGTGAGG14.166666666666666No Hit
CACAGCTTAAATAAGAATATCTCAACCACGAGCAAGCCCACCGCGGGGAG14.166666666666666No Hit
CTGGAACCACCTCCAACATTGGGGATAATTATGTGTCCTGGTACCAGCAA14.166666666666666No Hit
AGCAATTCTGCTGCATCAGCCTCCCGAGTACCTGGGATTACAGGCATGTG14.166666666666666No Hit
AAAAATTAAATCATTAAGATGACAAGGAATAAGTGAGAATATCAGTCATT14.166666666666666No Hit
CGGTGGCGCGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGGGAGG14.166666666666666No Hit
AGGCCCCTCTGCACCTGCATGAGAAACCTGACTTAGCCAAGGTGATGAAC14.166666666666666No Hit
TTTCTTGTCAACTGTGATTGGACAAGAGTTAGCCGCTCCTAAGGGATAGC14.166666666666666No Hit
ACTAACTTAGATAATAATTATAAAACAATAAAATTAAGATTTTTAGAATA14.166666666666666No Hit
GTCACTGGAGGCACCCCTGGGACGCCGAGCAGCCCGAGAACCCCGGGGTG14.166666666666666No Hit
CAGAAACAACAAAATCAAGGCCTGAAACCCCAAAGCAAAAGGGTGAAAGC14.166666666666666No Hit
GCCTCCCAACTACGAGATGCTCAAGGAGGAGCAGGAAGTGGCTATGCTGG14.166666666666666No Hit
CCAGTCCGCCTACGACGGCAAGGATTACATCGCCCTGAACGAGGACCTGC14.166666666666666No Hit
AAAGAAAATGTAACAAAAATACAAATGAACAACTACACAAAACACTAAAA14.166666666666666No Hit
GTGAGCTACAAGGGGGAGACCAAGGCATTCTACCCCGAGGAGATCTCGTC14.166666666666666No Hit
CAAAATCAATAAAAAAAAAATCCAAAACAAACACACCCAGATAACTAACA14.166666666666666No Hit
CCTCCAGCCAGACAGTGACCCCGGTGGCTGAACCCCCGAGCACAGAGCCC14.166666666666666No Hit
GTTGGCTTTGAAGGTAGGCCCTGAGGTAGAGAGAAAAGAAATGACACCAG14.166666666666666No Hit
GGCAGAGACTGGACGTGGGGCCACCGTACCTGAAGCTGGCAGCGAGCCCT14.166666666666666No Hit
ATCCATTTAACAAATATAAATATAACGGAAATAGCAAATAAAAATTGGAA14.166666666666666No Hit
TATGATTTGTGGGAAACATGCTGGTCGTCCACATATTAATAAAATTCAAA14.166666666666666No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)