FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n02_MHC-070_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n02_MHC-070_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC35

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CATGAATTCTGAAAGCAAGCCAAGGACATGCTCCTATGTCTGTTACAAAA16.666666666666667No Hit
CCTGGCTCAGCAAGTGTAGATTCTGAAATCAGAAAACAGGCTGAATAAGA16.666666666666667No Hit
CCCAAGTATGCTGAGAGTTATGAGCAATTGGTGAAGACAAGGCCGTAAGG16.666666666666667No Hit
TATCATAGCACAATAACTCTATACAAAAACATAAACACAAAATACATGGA16.666666666666667No Hit
GCCTTAGCATTCAAGCGAAGTGAGCAGGAAAGCTCTCCCTAAGAGGGTGA16.666666666666667No Hit
CCGATACCAAGCCATAAAAGGACAAGAAAAGAACTTCTTCTTTTTAGTAT16.666666666666667No Hit
GTTGACTAATATAATTTTACCAGGTAGAGATAATGATTAGAGGAATCAGG16.666666666666667No Hit
TACCTTTTCATAATCCATACAAAAAAATATATCTCTAATTATGATCAAAA16.666666666666667No Hit
TTTCCAATTAATGCCTTAGCATTCAAGCGAAGTGAGCAGGAAACCACTCC16.666666666666667No Hit
GTTTCTTGTCAACTGTGATTGGACAAGAGTTAGCCGCTCCTAAGGGATAG16.666666666666667No Hit
TAAGAACTATCCTTGAAACAAGGAGGGAACAGCAATTAAACGGGGATGAT16.666666666666667No Hit
TGAATTGCATTTGCACAAATATATACATCCCATTTCTAGATACATTCGTT16.666666666666667No Hit
AATAATCATGAATAGATAACTAAAAACCTTCATTATACTCATCTCGAATA16.666666666666667No Hit
TTAGAGTGTTCAAAGCAAACAGATATAGCATTGCGCGTTTGAATACTACA16.666666666666667No Hit
GCTCGTAGTTCAATTTCAAAGAATCGATATTTTAAGCAACGAATCTAGCT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)