FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n02_MHC-042_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n02_MHC-042_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC38

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AACAAATTATACGTGCATCATATACTTATGAAAACATAAAAAAATAACAT16.666666666666667No Hit
GAGTGACACAAAGCCGGCACTGTCCTATAGGAAATTCCTTAAACACTGGG16.666666666666667No Hit
CTTTCAGACACTGTTCATGCCCTGTAAGTCTCTCCAACTTTCAGAAATTC16.666666666666667No Hit
CGAGGGGACAACTGGTTTTATAACTCTTCTCAAAAGGGGAATTATCTTAT16.666666666666667No Hit
AAAAAATTGTAAATACACTAAATTCAATACGCACAATAAAAGTAAATATT16.666666666666667No Hit
GCAAGCTTACCTTGGGAATTGTCATGTTGAGTAATTTTCCAATTAATGCC16.666666666666667No Hit
ATATGGAATCGAACACCTGAACTAAAGAGATCCGAATGCCTCACCCTCCC16.666666666666667No Hit
GTAGGGGAAGCACTGCATAGCCTCTGTCACCCTTGTTAGAGTAGCTGAGC16.666666666666667No Hit
GGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTTCGGTGAGCCAAGATCAC16.666666666666667No Hit
AAAACTAATATAAACTTATACAAAAACAATACATACAATAAACAAAATAT16.666666666666667No Hit
ATTCAAAGCAAACAGATATAGCATTGCGCGTTTGAATACTACAGCATGGA16.666666666666667No Hit
GTAGGTGAAGCCATATGGGTTGCAGAGAATCTGGCCCAGCCCCTCACTAG16.666666666666667No Hit
GTCATGGTCAACTCTGGAGAAAAGAGTGTGTGCTGCCCTCCCCAGACAGA16.666666666666667No Hit
CTCAAAAGGAAAATCCCTCGGTTTGTGCAAGCTTACCTTGGGAATTGTCA16.666666666666667No Hit
AATAAATAAAATTGCAGAATATCTTCCCAGAATCAATTCAGACACATTAT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)