FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n01_MTH-027_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n01_MTH-027_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC37

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGCAAAGGACATAAACAGATTTCTCAAAGGACATACAAGCAGCCAAAAAA16.666666666666667No Hit
CTCNGTTTCGCTCCTGGGCACTGAGCTAAGGATTTGCTACCAATAGCCTA16.666666666666667No Hit
CGGCACAGGCAAATAAGACACAGTTGCAAGGACGGCAACCAGCCCTGCAG16.666666666666667No Hit
GCAGCCCTGCATCCTATCGATTCTTGGTTCTATGTATACAATATTAAATA16.666666666666667No Hit
TTTTTTAAAAACAGTAATTATTAATACTTTCAAATATCTATGCTAAGGAG16.666666666666667No Hit
CTCTTGTATAATTAACTTCTCGTCTTTTGTTCCTTATGAATTTACATATT16.666666666666667No Hit
AGCTGTCTTTGCAGTTTAATTTGCTTTGATGTTGGAGCAGTTCTTAAACC16.666666666666667No Hit
CTCATTCTCCAAACCATTTCCAAATGAATCTTTCTAATCTCCGTATTATT16.666666666666667No Hit
AGGAAAGGTAAAACTGACATTTGTGTTTCTCTTCAACAATTTCATGATCA16.666666666666667No Hit
CACAAATTAGGTTACCAATCTGTTTAATTTCAAACAAAAAAAGTCAGCAC16.666666666666667No Hit
CTCAGTTTCGCTCCTGGGCACTGAGCTAAGGATTTGCTACCAATAGCCTA16.666666666666667No Hit
GCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGAACATGAGGTCAATAGATCGAGAC16.666666666666667No Hit
CTTGCAGAAACTTTATTGGGGTCAGCTTGCAGCATCAATCCGTACTACAC16.666666666666667No Hit
CATGGAGCAGTTTTGAAACATTCTTTTCGTAGAGCCTCCAAGTGGACATT16.666666666666667No Hit
AGAGGTTGTGGCACACAACGAAAGCAAATGGTATTTTTAAATACTAAAAA16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)