FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n01_MHC-085_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n01_MHC-085_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC34

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCATGCTGTAGTATTCAAACGCGCAATGCTATATCTGTTTGCTTTGAACA22.666666666666667No Hit
TTTGGAGAGTTCATCCAGGTAAATATCAATGAAGTGGAATCTCACTCCAT11.3333333333333335No Hit
GCCTGGACCACGTTAACTTCTTTTAGAAATAATATGATACTTTTATATTA11.3333333333333335No Hit
GTCCCCTCGTTAGAGTGGGGAATAAGTGAAGAGCAGAGAATAAAAAATCC11.3333333333333335No Hit
CTCTATTACACTCAAAATACTATCGGCACAGGAATATCAACCTGTTTCCC11.3333333333333335No Hit
CTCCAAAAGATTATTTCAAAGCATATAAATTCCAAACAAAACAAATAAAA11.3333333333333335No Hit
AAACGAATCCCGAAGTTCCTTCTCACCCCGCCACTAGCACCTAGACTGTA11.3333333333333335No Hit
TCGGCTTCGTACGCGTCGTCGAGGTAATCCCCCAACGCTTCCACGTCATG11.3333333333333335No Hit
GTATGCATTAGGTGGTTAGAGACCTCACCCGCAGGGATCCCCGTGGACAT11.3333333333333335No Hit
GAGAAAAAGATATGTATTAAAAATATTAGAAAAAACACATAAGAAGACTT11.3333333333333335No Hit
CCTGGTAATAGAGTTACATCTCAACAACCAAACAGTGACACTTGAAAGAT11.3333333333333335No Hit
TAACCCAAAGATCATGCATTCAATCACAGAACCAACGTGCCCCGACTCTT11.3333333333333335No Hit
CCCGCCTCGATGCGCCTGGCCATGGTGGGAAGCGGCGGGAAAGCGGTGGA11.3333333333333335No Hit
GCTTCACATCCATAAAATATATATTTTCCATCCAAAAAAAATTTATATAA11.3333333333333335No Hit
AGTAAATTGATTCCAAGGTTTGCTATAGAGGTAAAGTGCAAAGGAAGCGC11.3333333333333335No Hit
AGGAACAACTCAAACAGCAAAGAAATAAATCAATGCAATTTTGATTTTCC11.3333333333333335No Hit
AGAGGACACGAGGAGAGCAAAGAGGGGGATTGCTGAGATGTGGACATTGA11.3333333333333335No Hit
ATTTATATCATCATATGCAAGCCAAGTTTAACACGTACATAGACACTCTT11.3333333333333335No Hit
CCACTTTAAAAGAAATATCAAAGAATAGAAAATACCATTACATAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CCCGAGTGTAAGACCTATGTGAAGGAGTTCATTTGTATGTATGTTACCAT11.3333333333333335No Hit
AGTGTAAAAAATATGATAAGCAGTACAATTGAATGTAAGATCCCAAATAA11.3333333333333335No Hit
TCCAAATTAATTATAAAATAAATATGATTAATCTGTAGTATTGTGTTTGG11.3333333333333335No Hit
AACCATTTCATATCAAAAGATTATAAAGTCAAATCAAAAATAAAAATAAA11.3333333333333335No Hit
TTTCATTTATACACAAACCAGACCCAAAAAACTATTCACCAGAAAATCAA11.3333333333333335No Hit
CAAAAAAATATCTAAAGTCACCAAAGCCTCACGCACCCACCACCACTCAT11.3333333333333335No Hit
ATGGAGATACAGACTCAATATCAAAACAAAAAAACATAACTATTTAAAAA11.3333333333333335No Hit
CTGAGCTTTTGCGAGTTCTTCTTTTAATCGTTCATAGCCCTTTTCTCTAA11.3333333333333335No Hit
CTCCTACACATATTTAGCTTTATGTGAAATGTATCACACGAATTAGTGCT11.3333333333333335No Hit
CAGGAGATAGATACAAACCAAAAAAACATTGGCAAAACACATCACAAATA11.3333333333333335No Hit
CCAACAAATAAAAACATTAATGTTAAATTTATCAAAATAATTAATACACA11.3333333333333335No Hit
CGCAAGCTACTCAAGGAACTAAAGAACCATAATAAAGTTATTTATTACAT11.3333333333333335No Hit
CCCAAGAAATAACTTCATCATAAAACAGCTCTAACAAGTACTTAAAATAA11.3333333333333335No Hit
CCCGTTACCCGTCATAGCAATGTTAGGCCAATACCCTAACATCAAAAGCT11.3333333333333335No Hit
TATAGAGGTAAAGTGCAAAGAAAACGCACCCCGAGTGTAAGACCTATGTG11.3333333333333335No Hit
GTCTCCTACACATATTTAGCTTTATGTGAAATGTATCACACGAATTAGTG11.3333333333333335No Hit
CCCCGTTACCCGTCATAGCCATGTTCGGCCAATACCCTAACATCAAAAGC11.3333333333333335No Hit
CTCAAGCCTCCTACCAAATATTATCTTACACACTATACCGAAAATGCAAA11.3333333333333335No Hit
CCTCCTTTTCTATTTCTTCACCCTTAGCGAATTTGTCATCCTTTTTTCCA11.3333333333333335No Hit
ACCTCGAGCTGCAGATTTACATTAACCCAAGGGGGGTGCATGAGATGGCC11.3333333333333335No Hit
CTTTATATATCATTATAAAGCAAATAAAATTTCCAACATATTTAAATAAA11.3333333333333335No Hit
ATTACAATTAAAAGCCACCCAAGAAAGAAAATACGAAAACACTTTGTGCA11.3333333333333335No Hit
CGTAACTAAGCCAAAATAAGAAAAAAGAACAAAATTCTGACTTGTTCAAT11.3333333333333335No Hit
ACACAGATTAAGAACTATGAGAATGAGTACATTATTATCAAAGTTACCAA11.3333333333333335No Hit
GTCTAGCTGGTCCTGGCGCTTCCTCCGATAATTCCCCTTTCGCAGTGAGT11.3333333333333335No Hit
CGCGGTGAGACTATATCACGGTTCAGGATGCAGACCATCAATACCGAATA11.3333333333333335No Hit
CTACAGAAAAAGCAAATAATTTTTCTAGTTAAAGAACTATTCAATACCAC11.3333333333333335No Hit
CTACAAGATATTTCATTTATCAATGAGATTGACTTACGACATCTTCTATA11.3333333333333335No Hit
CCACGCATAGCAAATCCTAGAGACCCCCCCCAACTTCAAAATCTATAAAG11.3333333333333335No Hit
CCCTGCGCCAGCCCATAGGCTGGGGGATATACCAGCTCCTCTTCTTCTTC11.3333333333333335No Hit
CCAGTTAAAATTATCATACAACATCATTAGCCCGAAATCTGTTACCTCCA11.3333333333333335No Hit
CCCACTTGGAGTTATATTATTTGACAAACGAGCAAAATACAAATAAAGAT11.3333333333333335No Hit
AGAACATAAATTCCAATGTTCACAAGACACTTTAACTTTACCCCCTTGCA11.3333333333333335No Hit
CCGAATATTTACTTTCTCATTATCAGATCATAAAAAAAGACTCAGCCCGA11.3333333333333335No Hit
TTGCAATTAACAATATGTTATATATTAAAGACGATATGGGGAAACTAGAA11.3333333333333335No Hit
CCCCGATTTGCTTCCCCCCCATGGCAGCGAAGAAGTCGCTCTGCAGGGAG11.3333333333333335No Hit
CTCCCCCATAAATTTATTATAACAAAAAGATAAAAGGATACAAAAAAATG11.3333333333333335No Hit
ATCATATTTATAATAAAATAGGTTGATTATTACTCTCACCACTCATGACT11.3333333333333335No Hit
TACCCATCGGATCCAAGGGATTCTAGAGCGTATTCAGCGCTAAGACCATC11.3333333333333335No Hit
CTACAGTTTGTGCAATTCTTTTTTGTTGTTAAAGAACTATTGCCTAGCTC11.3333333333333335No Hit
CTCCAATCTCAAAGAACACGACTCTAGAAGTAAAATTCCAAAAAATAGAA11.3333333333333335No Hit
GGCCCCCAAGCTACTCCTATTAATCGTAACTAAGCCAAAATAAGAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CCCACTACAGTAAAAAAAAAAAATAACATAAAAATTAAATCTTAATTCAA11.3333333333333335No Hit
GACAAATTAAAAACAAAAATAATGAACTAATTAACACAAATAAAGACTAA11.3333333333333335No Hit
GTTGCCTTAAACTTCCTTGTGTTAGACACACATCGTTCCTCTAAGAAGCT11.3333333333333335No Hit
CACGAGTACATCAGAAGATTCTAGGAACCTATAACGTTCATAACATAACA11.3333333333333335No Hit
GTTTATATAATTTTATCAAATAAATAATAATTAAAAAACACTACCCAATA11.3333333333333335No Hit
CCACAAAAGATTCAACGAAAAACATCACAAACTCAATTAAAACCAAGCTA11.3333333333333335No Hit
CACAATCTTCAGAGAAACTATGCTCCAAAACAATTGAAGAAAACCTATAA11.3333333333333335No Hit
TCCCCTTTTAGTCTACAAGAGATTTCTGTTCTCTTTGAGCTTGTCTTTGG11.3333333333333335No Hit
GGGTTCAAAACACAGAACATGTATCAAACTAAACCAAACGATAACAGCAA11.3333333333333335No Hit
TTTGTTTAAAAAAAAATAATTACTAGCTAAAAGATAAAAAAGTCAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CTTTAAAAGATTTACAATACTAGTTTCAAAACAAATTAATAAATATAAAC11.3333333333333335No Hit
CCGAGGCAAAAAAGTCGTCTACAGTTTGTGCAATTCTTTTTTGTTGTTAA11.3333333333333335No Hit
CCATCAATAAAAAAAGTCTTCTACAAAAACACAAAAAAATTTAACATGTT11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)