FastQCFastQC Report
Mon 8 Jan 2024
HNTFHDMXY_n01_MHC-084_r2.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNTFHDMXY_n01_MHC-084_r2.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCTCCTTAGGCAACCTGGTGGTCCCCCGCTCCCGGGAGGTCACCATATTG14.166666666666666No Hit
TGACTACTGTTTCTGCTGCTGTTCCCAGCACTGCTAATGGAACCATTTGG14.166666666666666No Hit
CCATGTTGCGCAGTAATAATCGGCCTCGTCCCCAGTCTGGAGTCCGGTGA14.166666666666666No Hit
TGTGTTTTGGTGTTTCAGGTCGCCCTTCATTTTTTTGCTTTGGAGTTTCA14.166666666666666No Hit
ACCACAAACAACCATAGACCAAAAATATTAAATTAAAATTATGTAAAAAA14.166666666666666No Hit
AGACAGATCAGAAGTTTCCACCAGCAATTTTTCTACTGAGTCCAGCATTA14.166666666666666No Hit
TGAAGGTGTGAAAACAGATGTGAGGATAAGAAGACAGGTGTAAAGGTGAG14.166666666666666No Hit
GATTAAACGTAAAAAATATATACATAGCACAAAAACAAAGCGCGTAAACA14.166666666666666No Hit
CAGGAGGTCTCGCTGCGGATGTGGATCACGGTGGACGTCGGGGGAGCAGG14.166666666666666No Hit
CCTCTTCTCTTTTCCTCTCACAGCTTACTCATAATCAAATGCTGATTCTG14.166666666666666No Hit
TTGCACATTGCATTCCCAAAGACCCAATCATTTGCAGCAGAGTGAGCCCA14.166666666666666No Hit
CGCGCTCAGAGGGCTGGGCCAGCACTTTCCTCTCGGCTCCGGGCCCGCAG14.166666666666666No Hit
CATCATTTCTATTACAACATAGACATACACATATGCATTTCCAATAAATA14.166666666666666No Hit
GGCGGGTCGTCCTAACTAGCAGGCGGAAAGGTGCTGGAGGGGATGCCTTC14.166666666666666No Hit
TGCAAAGCCAGCCTCCTCCAGGCAGGAAGCCGTGTACAACGCGAGGTCGG14.166666666666666No Hit
ATAGAAGATTTATAAAACCATTTTTCACCTAATTAATTTGAGGACTTATT14.166666666666666No Hit
CCAGAAATGAATCAGCGAACCTCAACAACAAGAAAAATGATTCACAGGTT14.166666666666666No Hit
CGAGGCCAGACTCTTGGGATTGGCGAGTGGATGGAGGAGCAGTGGAATGG14.166666666666666No Hit
CCGGCACGGTGATCACCGCGTTGGTCACCGGGTAGCCCAGGTACGCCTCG14.166666666666666No Hit
GCAGGCCTGTCATCGATTTTGCCCATTTCCAGTTTCTCTGCTCTGTGACT14.166666666666666No Hit
CAAAAATTTTCCTAAAAATAATTAATATAAATAAAAACAAATAAGCTTAA14.166666666666666No Hit
GCCGGAGAGGTCGGGAAGCAGGGCAGCCAAGTCTGCTTCCTCCCCAGTGG14.166666666666666No Hit
ATCACTATTACACTCAAAATACTATCGGCACAGGAATATCAACCTGTTTC14.166666666666666No Hit
CTCCAGGTATCTGCGGAGCCACTCCACGCACGTGCCCTCCAGGTAGGCTC14.166666666666666No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)