FastQCFastQC Report
Tue 11 Sep 2018
H55FTAFXY_n01_p6D7.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH55FTAFXY_n01_p6D7.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CACAAAAACGTCCTAGTACGAAATAAAAACACGTCCTTATGAAGAAACCA11.3333333333333335No Hit
GGGCTGATGTTTGTATAAATTACAAAACCGAGGATTTTGTAGCAAAGGTA11.3333333333333335No Hit
GGAGGAGGCAACAAGGAAGGTGAGCACAAGAAGGAAGAGGAACACAAGAA11.3333333333333335No Hit
GAACAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCAGGATACATTAGAAT11.3333333333333335No Hit
GTCACACGGAATCGAGAGCTCCAAGAGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACT11.3333333333333335No Hit
TCATTGTACCTTCAAATATAAAGAAACTCATGAATGGTCTTGAACTTATT11.3333333333333335No Hit
ACTTTGAAGAAATTATAGTGATCAAACCAATCATACGCTCCGGAAACAGT11.3333333333333335No Hit
ATCAAAACATCCTTCGCAAAAGCTTTCGCAGTTGTTCGTCTTTCAAAAAT11.3333333333333335No Hit
GATTAGAGGCATTCGGGGCGCAACGCCCTCGACCTATACTCAAACTTTAA11.3333333333333335No Hit
TATTACTAGTGACTAAGTCCCAATAATTTCACTAGAGACGTAGAGAGGTT11.3333333333333335No Hit
GTATATAATACTCCTCGGAAGCCACCTCAGCCAAACGCAAATGCAAATGC11.3333333333333335No Hit
GTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTCGCATGGGTCGGCCCGTCCGCCTTT11.3333333333333335No Hit
CAAAATCCGCATAACACTCGTCTGCAACGAATAACGTAGATACTAGTACG11.3333333333333335No Hit
GGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCAAAATTGCCTC11.3333333333333335No Hit
TAACAACATTAACTTTATCCATAAAACAAAAACCACCCACACAAACTCTA11.3333333333333335No Hit
GATAATCATTACTACGATACAGAAGAACAACAAAATAGTAAAGAAATCCT11.3333333333333335No Hit
GAATAACACTATGAATCGTCAAAATCGATGTCTGGACAATGGTGTTGAAG11.3333333333333335No Hit
CTCCTTACCGGATTTCGACTTCCAAGACCACCGTCCAGCTCACTTAATCG11.3333333333333335No Hit
GTTTCAGCCTTGCGACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAAACTTTGATTTC11.3333333333333335No Hit
GGGGAAAACCCCTCTGATAGCGCTTAAGCGCGAACTTCGAAAGGGGATCC11.3333333333333335No Hit
TCCCTGTAGAGATCGGAAGAGCACAAGTCTCCCTGTAGAGATCGGAATAT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
AGACTCCTCCTGTCAGTCCCTCTAATACCGGTGGTGGTGGTCGTGGTTCT11.3333333333333335No Hit
AAGTAAAATAACGTTAAAAGTAGTGGTATTTCACTTGAGCGAAGCTCCCA11.3333333333333335No Hit
AATTGTAGTCTGGAGAAGCGTCCACAGCGACGGACCGGGCCTAAGTTCCC11.3333333333333335No Hit
ATCCATACCTAAAGCCGCACCTAACCAGCACGAGATCCCGCAAGGTCATC11.3333333333333335No Hit
AATAAGTAAGGTGACAAAGTAGTCCCCTATTATTGAGATAAAACAACTTG11.3333333333333335No Hit
CCTATAAGCAACATCCCCTGATCCCTGGTCGGCATCCTTTATGGTTGAGA11.3333333333333335No Hit
ATTATAAACCACGTTACAAAACAAAAAGAAACTACCAAAATCGAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CATAAGCAATTCTCCGGCAAAAGAAGTCATTAGCAGCCGAATCAGAACTT11.3333333333333335No Hit
CTCCATATGTACACCTATAGTAACTCCTAGGGAACTAGATGTACTAGACG11.3333333333333335No Hit
GTTTGGATTTTAGTAAGAACCGATGCGAGATTGGAATCGAGTTGCGATTA11.3333333333333335No Hit
CACAAAACCTACCCAAATGCCACCTCAACTAATAACTCACCCGCAAGAAT11.3333333333333335No Hit
TTAACTCGACAAAAGATTATATATAATATTTTGGACTTAAACTGCTAAAA11.3333333333333335No Hit
CTCAAATTTATTAAAGTAAAAGAGCCGGACGCAAGAACCTGACAAGTAAG11.3333333333333335No Hit
CTAGCCCCATATGCCGTGCATACAACATTCCAGTATGCAGGTACCGAAGG11.3333333333333335No Hit
AATTACATGAGACGTCGATGAAGCTTTTCGCGAGGAAGAAAGATTTCTAG11.3333333333333335No Hit
CACCATCCTTTGCTGATGCGGGACGGAAGCTGGTCTCCCGTGTGTTACCG11.3333333333333335No Hit
ATACAAGAAAATCCATATTCAAGCCATCCATTCATCACAAGAAAATTTAC11.3333333333333335No Hit
ACCTATACCCGGCCGTCGGGGCAAGAGCCAGGCCTCGATGAGTAGGAGGG11.3333333333333335No Hit
GATTACATTCGTTATCCAGGAAGTGAATAAAATCGGAGCAACAAACAATT11.3333333333333335No Hit
CGGTTTTGCATCTGACATGAACTCAAACTTTGGGACCTTAAGGTCATAGT11.3333333333333335No Hit
GGTTTACTCACCCGTTGACTCGCACACATGTCACACTCCTTGGTCCGTGT11.3333333333333335No Hit
CTCCAAGGGTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGT11.3333333333333335No Hit
GGTATCGACAATGATCCTTCCGCAGCTTCACCTACGGAACCCTTGTTACG11.3333333333333335No Hit
ACATACCGATTATGTAACCCCCGCACATTGGATGCCCGGTTTTCTTTCCG11.3333333333333335No Hit
AAATAGAACAAAGCAACAACAGATCAACATAACAAAGAAGAGATTTACAC11.3333333333333335No Hit
TAGTTACTCCCGCCGTTTACCCGCGCTTGGTTGAATTTCTTCACTTTGAC11.3333333333333335No Hit
ACATAAAGAACAACTCAAAAGAGGATCACAAAGTCAATAATCTATCTCAG11.3333333333333335No Hit
CAAAATACAAATTCATGCGCCACTCTCCAATGTTGTGGCTGCCGGTGTTT11.3333333333333335No Hit
GTATATGCTGATCTATATGGAAATGGCGTGTGGGCGGGGATTGAAACGCC11.3333333333333335No Hit
CTAATCAGATCTCCCGTGCGGACCACCCCAGGTCAGGCGGCATTACCCGC11.3333333333333335No Hit
GACTACGAGTCCGCATCATTCCCAATGCAGCCCCATACCGCCGCTAAAAA11.3333333333333335No Hit
AACAAAATTTTAAATATTATTAATATAATAAAAATAATATGATAACTCCA11.3333333333333335No Hit
TACCAAGACATACGCCCTGTTGCGAACCAAAAAACACTACGGTGCGTCCC11.3333333333333335No Hit
TCATATGTTGATGGATCCGGAAGATTTTTTGAAATTGAAGAAACAGTTAC11.3333333333333335No Hit
GTCGGCATCGTTTATGGTTGAGACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTCGAG11.3333333333333335No Hit
CATCTGGGTGCTATTAGAAAATATACAAAACACAACTATCATTGCCGAAC11.3333333333333335No Hit
CTCTAAATTCTTCAATTAACAGCCCCCGAGGAACGACCCGCCCAATTAAC11.3333333333333335No Hit
GATGACTTGAAGGAGGAATTGAGAAACCGAAACTGCCACCATTGGAGCCG11.3333333333333335No Hit
AATGGAGAACGAAGGGAACTACTTAAGGGGAATATTTAATATTTAATTTA11.3333333333333335No Hit
CCCTGTACGGTCTCATTGTTGCTATCATCCACTCTTCTCGAGCAGGTCAG11.3333333333333335No Hit
GGTATGGGTCGCCCGGTCAGCCTTTGTTGTTCATTGGTCGGATTGTAACT11.3333333333333335No Hit
CACTAGGACCGTATCTCATCGTCTTCAAGCCCCCAACAATCTAACTAGAT11.3333333333333335No Hit
CATTATACACATCACACAAACATTCTATGCATCCTTTATTATATTACACA11.3333333333333335No Hit
GTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACTAGCCCCGAAAATGGATGGCG11.3333333333333335No Hit
AAATAAGAGAATGTACCTTTTCATCAACAAGTTTAGCTAAGACTCGAGCC11.3333333333333335No Hit
CAACAAGAAAGCAACCATGGAGAAGTATTTCCCCGCGGATGAGAAGCCGA11.3333333333333335No Hit
GGAATTGTTGAGTTTGGTTTACACCTTTGCCCGCGGCTTCTCCTTCGTGG11.3333333333333335No Hit
GACTACTCTTAACCGCCCTCGTCAGCTGAATGTCATCTCACCGGAAGTGG11.3333333333333335No Hit
TCACCAACATCTCGTTGTGGCTCACAACACCCCCCATAGTGAAATACAAG11.3333333333333335No Hit
CATCAAATAAGATCAACAAACCCAGACTTATTCAACTCACGAAATTAATA11.3333333333333335No Hit
CCCCAATAGATGGAGAACTATGCCTGACCGGGGTAAAGCCAGAGGAAACA11.3333333333333335No Hit
CAAGTAGAGCAATGGTTAGACGTTGAGGCTACAAGTTACCATCAACCACA11.3333333333333335No Hit
GCTACTAGATGGTTCGATTAGTCTTACGCCCCTATACCCAAGTCAGACGA11.3333333333333335No Hit
GCGAAAGCATTTTCGAATGATGTTTGCATTAATCAAGACCGAAAGTTGGG11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CTCTGAC50.0145.0145
ACAAAAA50.0145.02
AACGTCC50.0145.07
CACAAAA50.0145.01
AAAACGT50.0145.05
AAACGTC50.0145.06
AAAAACG50.0145.04
CGTCCTA50.0145.09
CAAAAAC50.0145.03
ACGTCCT100.072.58