FastQCFastQC Report
Thu 21 Nov 2019
HW7KNAFXY_n02_hr38s96.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHW7KNAFXY_n02_hr38s96.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length76
%GC51

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTGCTCTTCCGATCTCGACTGGGAGACGTGTGCTCTTCCGAACACCAAAT11.3333333333333335No Hit
CGCGTACGCCCTCGGCCTTGGCAAGCTCGGCCGCCTTCAGTGGGTTGAGG11.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTGACGCTGCCGACGCCTCCTTACGTGTAGATCTCGGTG11.3333333333333335No Hit
GATCGGAAGGGCGCGCGTCTCCCAGTGCGGGTCGGAGGAGCGCACGTGGC11.3333333333333335No Hit
CTACAGGGAAACAATACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAACCGGA11.3333333333333335No Hit
TACAAATGATCTCTCAACAGCACAAGAGACACTAACAATATAACAACAGA11.3333333333333335No Hit
ACACAACACCTGTTACATACGACTAATACAAAATATCCCACATAACCCAA11.3333333333333335No Hit
GGTGAGGGCGCGTGGGGGCAGGGCGCCCGGCGGGGAGGGGGAGGGGGCTC11.3333333333333335No Hit
AGCCTGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTAGGCTGGGAGACGTGTGCTCT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
GAGCACACGTCTCCCAGTCGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCAGTCGA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
CTTCCGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAAAACCA11.3333333333333335No Hit
GTGCTCTGCCGATCTAACCAGGGCGCCGGGGGCTCTGCCGGTCGCTTAAC11.3333333333333335No Hit
GAAGAGCACACGTCTCCCGCAAGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCTCT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GGGTGGCAAGCAGGTGAAGAAGGTTGCAGCCGGTTACAGCACCGCCTGAG11.3333333333333335No Hit
GCGTAAGTAACTGTGCGCGTCTTGACGGTACCTAATCTGTCTCTTATACA11.3333333333333335No Hit
CTTCACAGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTCACAGGGAGACGTGTGCT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
GACGTGTGCTCTTCCGATCTCCACGGGAGACGTGTGCTCTTCAGATCTCC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
ACTTAGATGTTTCAGTTACCCTGGTACGCGTCTTGAACCTATGTATTCAG11.3333333333333335No Hit
GAGCACACGTCTAGATCGGAAGAGCACACGACTAGAAAGGAAGAGCACAC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GGCTACTTTCATCCCTTGCGGTTCTGCTTCCTGAAGAGTGGATTGGTGGT11.3333333333333335No Hit
ACGTTGTGGGGTACGCACAATTTCCTTCTCATGACCTACTTGTATCCAGC11.3333333333333335No Hit
CCAAATTTGTCGGCCAGGTACAGCGGAATCCAGATGGAAGCGCCCCAGTA11.3333333333333335No Hit
GATGAACATGCGCGTCAAAAAGCGTGATCGTCAGGCGGTTGGTATTCACG11.3333333333333335No Hit
CGACGGAGCCGGGGGGGGCGAAAAAGAGAAGAAGAAGAACACGAAGCGGC11.3333333333333335No Hit
CTTACCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT11.3333333333333335No Hit
CAGCAGAGACGTGTGCTATACCGAGACGAGTCCTCTTCAGAGCGGTATCC11.3333333333333335No Hit
CAACTCACCCGAAACAGAAATGAAGATCACACATCACCATAAGCAGAAAC11.3333333333333335No Hit
CTTCTAGCTAGCCACCCGTCTAAGTTCCTTGAAACAGCACGTCATAGCGG11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTGAGTAGGGCGGCACGGACAATTTCATGATTGGCGCGAGAG11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTGCCCAGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGCACAGGGAGA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 21bp)
CCTATACATCACAATCACACACATCTAACATGCGATCTCTGAAGATCTCA11.3333333333333335No Hit
TCTCCCGTGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCACCGCTGGGAGACGAGTGC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
CCTTTATAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCTTTATAGATCGGAAGAGCA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GATTGGTCGAGCCGCCGCAGGGGTTGTTGGCGAAGTAGAGGTTGGACGCA11.3333333333333335No Hit
GGACCATTCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAAAGGGCAGGGA11.3333333333333335No Hit
ATCTAGACGTGTGCTCTTCCGATCTAGACGTGTGCACTTCCGATCTAGAC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
CTTCACAAAACACAGATCAGAAAAAAAAAAAAATAAAAAAATATATAATA11.3333333333333335No Hit
GGGGGGGGCGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGAGGTGGGGGGGGGGG11.3333333333333335No Hit
GTGCTCTTCCGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGAAGGC11.3333333333333335No Hit
TCCCATGACAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCATGACAGATCGGAAGAG11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
CTATAATGAAAAAAGAACAATATTGTGCAGTAATAGCTATTCCTTAAAAC11.3333333333333335No Hit
CGTCTCCCTGGGCAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCTGTGCAGATCGGAA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GTGCTCTTCCGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CAAATCGACAAAATGATAATCCTAAAATCCAGCAAACCAAACCATACAAA11.3333333333333335No Hit
GTGCTCTTCCGATCTTGACAGGGAGACGTGCTGTCTCTTATACACATCTG11.3333333333333335No Hit
GGAGAGAGATCATGCAGAAGAAGCTCATCGCCACGCCGGCCATTGCCGGT11.3333333333333335No Hit
TCCGGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGACACGACGC11.3333333333333335No Hit
GCGGAAGATGTAACGGGGCTCAAATCTATAACCGAAGCTGCGGATGCCAG11.3333333333333335No Hit
ATTCCGATCTCAATCGTGAGACTTCTGCTCATAAGATCTAAACATGACTC11.3333333333333335No Hit
GATCGGCGCAGCACACGTGTGCGCATAGCGGAAGAGCACGCGTCTACGGA11.3333333333333335No Hit
CACGAATCCCCCAATAGCAGCCTTATCCTCGAAGAAGAGCTCCGAAAGCG11.3333333333333335No Hit
CCCTGAGACCTTTGCTCATACGATCACCACCGGGACAAGTGTCCTCTACC11.3333333333333335No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG11.3333333333333335No Hit
CTACCCATCTGCTTATCCTGAAAATACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
GATCTGGAGTGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCCTTGGGGAGACGTGT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
ACTTGTTACTTAGTTCAACGTGGACATTTGAATGTATCGTTACTAGTGGG11.3333333333333335No Hit
CGCACCTACTTTAAAAATGTAACTATCCCGAGAGTTTGAACCGCAGACAG11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTGCTCAGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGCTCAGGGAGA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 21bp)
TACCTCAACAGATCTGAAGAGCAAACTAATCCCAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
ACCCCGGTTAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCTCGTGAGATCGGAAGAG11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GACCCTCGCTACGGATGTTGGACAAGCCTCAGGAGGCCGCGCACCGAGCA11.3333333333333335No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGCGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGGG11.3333333333333335No Hit
CTTCCAGACGTGTGCTCTTCCAGACGTGTGCTCTTCCAGACGTGTGCTCT11.3333333333333335No Hit
GAAGGGTTCTCTTCAGGGATAGGAATGGAGAAGGGTTCTCGTCAGCGCTA11.3333333333333335No Hit
CTAAAGGTATACCACTGCACAACAGAGCTCTAGAGGTCTACCACTGGCTA11.3333333333333335No Hit
AACATGCGTTAATGTGAAGCGAAACCGAAGCCGTACACGGTGACTATTAT11.3333333333333335No Hit
CCATAAACCCCCACAAGAGATCAGTAAAAGCAAGCCAAATCCCAAACGAC11.3333333333333335No Hit
GTTCTGCGCCCGTAAAGTTGAATAAGCCAGGGGAAAATCGTGAGCGTACA11.3333333333333335No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG11.3333333333333335No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTCCCCTTTAAGATCGGAAGAGCACACGTCTC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GTTCTGGTTTGGCAGGCGTGTGCTGTTGCGATCTGGGTCTGTCTCTTATA11.3333333333333335No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGGGGGGGCGGGGGCGGGGGGGGG11.3333333333333335No Hit
GACCTGACCGGCGAGGTGGTGCACTGGATCGACCTCGGCCAGCCCGACGA11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAACAC11.3333333333333335No Hit
GTGCTCTTCCGATCTCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AGGGGGG50.070.051
GGGTTTA50.070.056
ATCTCCG50.070.012
AGAAGGA50.070.066
TTCCGAT50.070.07
TAAAAAG50.070.061
ATAGGGG50.070.049
CTCTTCC50.070.04
AAATAGG50.070.047
GAAAAAA50.070.018
AGGAAGC50.070.069
GGTTTAA50.070.057
GTTTAAA50.070.058
GGGGGTT50.070.054
AAAAGAA50.070.063
AATAGGG50.070.048
GGGGGGT50.070.053
GGGGGGG50.070.052
TGCTCTT50.070.02
GATCTCC50.070.011