FastQCFastQC Report
Thu 21 Nov 2019
HW7KNAFXY_n01_hr38s96.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHW7KNAFXY_n01_hr38s96.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length76
%GC50

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CACGAGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCACGAGGGAGACGTGTGCTCT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 21bp)
GTGCATCGGTCATCTGGTGGAGGCGGTTTGGCGCCGCCCGGTGGGGACTG11.3333333333333335No Hit
CAAACGCACACCGGGCCCGCCGTCCCAATACGCATCGGCCTGCTCCTCCC11.3333333333333335No Hit
GTCGAACGGCATGGCAAAGAGCACAGGGCCGAAGATCTCTTCCTGGCAGA11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTTCATTGGGCACCGTCAGCTGTCTAGATGAACTAACACCTT11.3333333333333335No Hit
TCCCTGTTCAACATCTAACAGCGGCTGAAGTTCAGTCTGCGGTTCAAACT11.3333333333333335No Hit
CCTAAGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCTAAGGCTGTCTCTTATACA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CACGTCTCCCGTGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCGTGGAGATCGGA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
TCTCGGAAGAGCACACGTCTCGGAAGAGCACACGTCTCGGAAGAGCACAC11.3333333333333335No Hit
GTACAGCTACAAGGACGAGATCGAGGCGGGCATTCTGACGGGCGACAACT11.3333333333333335No Hit
CGTGTGCTCTTCCGATCTCGCTGGGGAGACGTGTTCTCTTACGATATCGC11.3333333333333335No Hit
GTCTGGAAGAGCACACGTCTGGAAGAGCACACGTCTGGAAGAGCACACGT11.3333333333333335No Hit
CCGGCTCGGCCGCTATCGCTGGGTGGTCGAACGCACTCATGCCTGGATCG11.3333333333333335No Hit
GTAATAAAGAAATGTGACAAAGAGTACATAATTTTTTTGCTCTATAATTT11.3333333333333335No Hit
CTGCTGGCCCTGCGCGACGCGGGGCGGGTGCAGGTCGAGGTAGGCTAGCC11.3333333333333335No Hit
GTTGTGGACTACGCGATTTACTTGCTCGACCGCGAGGGCCGCGTGTCGAG11.3333333333333335No Hit
GAAGAGCACACGTCTCCCACCCGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCACC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
ATCTGAGGCTGGAACCTGCTGATCCCCGCTTCCGTGGACGCCAACGTCAA11.3333333333333335No Hit
CCTTTGCTGTTTGTCCCCCAGCAATACAGATCGCCGTCGATGTTAATGCC11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTCAATGGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTATAAAGGGAGA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
ATTAGGTACCGTCAAGACGCGCACAGTTACTTACGCCTGTCTCTTATACA11.3333333333333335No Hit
GAAGAGCACACGTCTCCCAGTCGAGAACGGAAGAGCACACGACTCCCAGA11.3333333333333335No Hit
AACATTTTATATATTAATATAAAAATATAAAATGAGCGATCTAATAAGCC11.3333333333333335No Hit
GATCTACACAGGGCATTTGAATCAAGTACAGGAATATTAACCTGTTTTCC11.3333333333333335No Hit
TCCCTGAGCAGATCGGAAGCGCACACGTCTCCATGAGCAGATCGGAAGAG11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
TCCCGTATGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCGTTTGAGATCGGAAGAG11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTCCCAGCGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GAAGAGCACACGTCTCCCTGGTTAGATCGGAAGAGCACCTGGCTCTGATA11.3333333333333335No Hit
ACCAAAACCCATCCCTGCAAGCCGCCCTGCGCCAGGCCCGCGCTGCCCGG11.3333333333333335No Hit
GAAGAGCACACGTCTCCCTGACAAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCTGA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
CTTCCGATGACGCGGGTTCCTGCGAGATCGAGGATCATGCGGCTGTAGCC11.3333333333333335No Hit
GAGCACACGTCTCCCCAAGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCACTCCA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
CTTTAGGGCCTCGGCCATCCCCAAGGCCCTTTCCCGGTAGACCCTGTCTC11.3333333333333335No Hit
CCGGTACGCCTTCCCAGACGCTTCACCTTCACGCAACATCTGTATCTTAT11.3333333333333335No Hit
CGTCTCGGAAGAGCACAAGTCTCGGAAGAGCACACGTCTCCGAAGATCAC11.3333333333333335No Hit
TCACCCATCTGGTGCGGTAGCTTCGGCTGAAGGGCACGAAGCGGCAGGCT11.3333333333333335No Hit
CGCAAATGATAATAAACAAATTCCTAAAGCCCAAAGAGCATATCAAATCA11.3333333333333335No Hit
CACCACCATCGTCGGCACGTTGAACAGCGTGCCGCCGACGCTGACCGGCA11.3333333333333335No Hit
GCACTGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCAGCACTGGGAGACGTGTGCTCT11.3333333333333335No Hit
ACGTAGGGGTGCTCTTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
GACCTCACCAGTGTGCGCGATCAGCTGGCTGACAGCGTGGTGGGCCTGGC11.3333333333333335No Hit
GCGTAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGCGTAGACGTGTGCTCTTCCGATCA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
TCTGCGGGCTGAGGGCTACACCATCCGGGCGATTCACGAGGCGCTGGTGG11.3333333333333335No Hit
GTCAACATAAGAAGACCACACCACTCCAGAGAGACAACGGAAAATTACTC11.3333333333333335No Hit
GTCATGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGTCATGGGAGACGTGTGCTCT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
GCTCCCATTTAGAGCTGCATTCCCAAACAACTCGACTCTTCGAAGGAACG11.3333333333333335No Hit
GGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCTGCTGGGAGACGTGTGCTCTTCCGAT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 21bp)
GTGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCGGTGGAGATCGGAAGAGCACAC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGGCTAGGGAGACGTGTGCTCTTCCGAT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 21bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTCCGCGCTAGATCGGAAGAGCTCACGTCTCC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GACGTGTGCTCTTCCGATCTAGACGTGTGCACTTCAGAACTAGACGTGTG11.3333333333333335No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTCCCTTTGTAGATCGGAAGAGCACACGTCTC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GGCGCAGGAATAAGCGCTTGACCTTCCAGTTGCTGGAAGCCCTATCTGCG11.3333333333333335No Hit
GCACACGTCTCACTTTTGAGATCGGAAGAGCACACGTATCCCTATTGAGA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
CACGTCTCCCTGTCAAGATCGGAAGAGCACCTGTCTCTTATACACATCTC11.3333333333333335No Hit
ATTTCGGTGACTATTCAAGGCCTAACAAAATTCATCCGAGCCCAGAAAGC11.3333333333333335No Hit
TCCGATCTCTGGTGGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCTTGTGGGAGACG11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
GCACACGTCTCCCGTGGCAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCTAGAGATG11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
GCGGAGGGGTGCTCTTCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
GTGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCGTGCAGTCGAGTTGCA11.3333333333333335No Hit
GCATAGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGCATAGGCGACGTGTGCACTTC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
ATGCACAACAGATCTATTAATATATATATATTTATAATATTTATATTATA11.3333333333333335No Hit
GGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGC11.3333333333333335No Hit
AACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATTATTAAGAAAACCA11.3333333333333335No Hit
AACTAGACGTGTGCTCTTCCGATCTAGACGTGTGCTCTTCCGATCTAGAC11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 21bp)
TCCTAATACAAAAGCCCCCAAACAACATCAAAAAAAAAAAACATCAAGAA11.3333333333333335No Hit
ACCCAGATCGGAAGAGCACACGTCTCCCAACCCAGATCCTGTCTCTTATA11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 21bp)
CTTCCGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTCC11.3333333333333335No Hit
ATTAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTGCGTGGGGGTCAAGTGAAGAGCGCATACGTATGCCTTGGC11.3333333333333335No Hit
AGGTGTGCTCTTCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTC11.3333333333333335No Hit
CTGCACAGGAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGCACAGGAGACGTGTGCTCT11.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (95% over 22bp)
CTTCCGATCTGAGTGGGGTGCTCTTCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CTTCCGATCTCGCAAGGGAGCCGTGTGCTCTTCCGATCGAGCAAGGGAGA11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AGCCCAA50.070.047
CCAATTA50.070.050
GAGCGAT50.070.034
TATATTA50.070.010
GCCCAAT50.070.048
TATATAT50.070.08
ATAAGCC50.070.044
GCGATCT50.070.036
TAAAATG50.070.028
TAAGCCC50.070.045
TTATTTA50.070.057
ATCTAAT50.070.039
TAAAAAT50.070.020
TAAAAAA50.070.062
AAATATA50.070.023
TTATTAT50.070.054
AATTATT50.070.052
CATTTTA50.070.03
CAATTAT50.070.051
TTATATA50.070.07
Produced by FastQC (version 0.11.5)