FastQCFastQC Report
Tue 8 Oct 2019
HVNVGAFXY_n01_PCR2_R2_rc.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHVNVGAFXY_n01_PCR2_R2_rc.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TAAGTAGAGTCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTTCCGCTACCATCTGGT16.666666666666667No Hit
TAAGTAGAGTCTTGTGGAAAGGACGAAACTCCGAACCGGTACCAACTGGT16.666666666666667No Hit
ATACACGATCTCTTGTCGAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAACTGG16.666666666666667No Hit
TCGATCCATACCATCAAGTGGAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAAC16.666666666666667No Hit
CGATCAAGATCGTCTTCTGGAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAACT16.666666666666667No Hit
ATACAGGATCTCTTGAGGAAAGGACGAAGCACCGAACCCCTACCAACTGG16.666666666666667No Hit
TCGATCCATACCATCTAGTGGAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAAC16.666666666666667No Hit
CGATCTTGATCGTCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAACT16.666666666666667No Hit
GATCGCGCGGTTCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAACTG16.666666666666667No Hit
ATACACGATCTCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGATCCGCTACCATCTGG16.666666666666667No Hit
TAAGTAGAGTCTTGTGCAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAACTGGT16.666666666666667No Hit
GATAGCGCGGTTCTTGTGGAAAGGACGAAACTCCGAACCCCTACCTACTG16.666666666666667No Hit
GATAGCGCGGTTCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGAACCCCTACCAACTG16.666666666666667No Hit
GATCGCGCGGTTCTTGAGGAAAGGACGAAACTCCGAACCCCTACCTACTG16.666666666666667No Hit
ATACACGATCTCTTGAGGAAAGGACGAAACACCGAACCGCTACCTTCTGG16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)