FastQCFastQC Report
Thu 22 Feb 2018
HVHNVAFXX_n02_negative_control_te_pcr3.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHVHNVAFXX_n02_negative_control_te_pcr3.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length150
%GC49

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CAGGTTGACTTGGCCAAATTGATAGGTGGGGCCCCCCCTTCAGGCAACCA16.666666666666667No Hit
GATTTTATTTATTTATTTGCAGAGACAGAGGGAGAGAGAGCGAGCGAGCA16.666666666666667No Hit
CCTGGGGACTCACCCTGCCACTATTCCACTTGGACCTAACCCTTGCCCTC16.666666666666667No Hit
ATTAAAGACAGGAGCCCATTTCGAACCCTAATGAGCTGTCCTATTGGTGA16.666666666666667No Hit
GTTGCAGCGTGGCCCGTGGTGAGTTTGAAATCCGAAGTGCACAAGGAATA16.666666666666667No Hit
TCTCATCATTGCATCAAATATAATTCATAAATTAAAACTAAAAATGACTA16.666666666666667No Hit
CTATTGCTGCCTTGCATATGTCTACGGCTTGTTCCTCAGTTGGATTCTGT16.666666666666667No Hit
GACAAAGACAACAAACAATACATTAAGAGAATCACTAGAACGGAAGGTGC16.666666666666667No Hit
GTGTTTCCTTCGTAGGCTTCTTCCAAAGGTAGTGCTTACTCAGGAGAGAA16.666666666666667No Hit
ATCTAGAAATAGGACTGACCATTAAATGTAACATCAATCATTACAGTAAA16.666666666666667No Hit
CCTCTTATTCATGGGACACGGGACATCCATTAGATCATTCAAGATCCCTT16.666666666666667No Hit
AACCGCACCACCTCCTCGACGCCGATGCCGTGTGGCTCATCTCGAGCATC16.666666666666667No Hit
GCTGGCCGTCGCCGCCGCGGTCGACGCCCTCCCCCTGCGCATCGACGACC16.666666666666667No Hit
CTACCTGAAGACCAAGGGCGACTTCATCCTGGTGGGCGACCTGATGCGCT16.666666666666667No Hit
CCTTCTACTATAATAAAAAGACAGCTATCAAAAAAGTCTTAACAACACAT16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.2)