FastQCFastQC Report
Thu 22 Feb 2018
HVHNVAFXX_n01_negative_control_te_pcr3.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHVHNVAFXX_n01_negative_control_te_pcr3.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length150
%GC50

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCCTGCTTGGTGGGGAGTCTGCCTCGGTCCCTCCCTCCTGGTCATGCTCA16.666666666666667No Hit
CACGACTTCGATTCTTTTACCTATTCAAATAATTCTAAAAGACCTCCATA16.666666666666667No Hit
TCGTCATCGTCAGCCGTCCGACCGTCAGTGATCCCACGACGAGAGCCAGG16.666666666666667No Hit
CACTGTAGCTGCACACCTGCAGAATTTGAAGTCCTGTGCAAGTATGCAGA16.666666666666667No Hit
GAGGAGGGCAAGGGTTAGGTCCAAGTGGAATAGTGGCAGGGTGAGTCCCC16.666666666666667No Hit
GCCAGCTATCCCTGCACACACATGTGATTTCACTAGAATCAGGATAACAG16.666666666666667No Hit
CGAAGACTCCCCGCCCCTGGAAGGACAAATCTTCTGGCTTTGCACTTTAC16.666666666666667No Hit
ATAAATACATTTGAAAAAAAGACGATCAGTAATAAACAATATCAGCTGAA16.666666666666667No Hit
CCATGGACCAGATGGAGAAAGCCCTGAAAGTCGGGTTTGAGACCTGCAGG16.666666666666667No Hit
TGTTAGTGGATGGGCTATATACAGTAAAGACAACAGTGTAAGAATCGGTT16.666666666666667No Hit
CATACTCAACATACTTAGAATGGTTGCCTATAAGGAAAGGAGGGAAAATA16.666666666666667No Hit
GAAACAAGGAAACTCAACTGCCAATAGAGAATGAGTTTTCAGGGTGCCTG16.666666666666667No Hit
GGATTGTAAAATTGCTCCCTTGATGGTGGCGTACATGCTAGAAAGAGAAT16.666666666666667No Hit
GGGTTGCTGTCCAGCCGGCCAGGGCCGATGGCTGGAACTCTTGATTTGAG16.666666666666667No Hit
GCTCTCGGACAGCGAGGTCACCAGCCCAATCATGCCGTTGACTGTGCCAA16.666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.2)