FastQCFastQC Report
Wed 3 Apr 2019
HTKZQN1_l01_n01_BC063CG.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHTKZQN1_l01_n01_BC063CG.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGCTACGTACAGATCATACTACAAGGCCATTTTTAAATTATTCGAAATTA16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACCCGGTCCGAGAGTACTAGTAGTGATAGC16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACGGGAGAGTACTAGTAGTGATAGCGGGGA16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACCTGCGCGAGAGTACTAGTAGTGATAGCG16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACCCTCGGAGAGTACTAGTAGTGATAGCGG16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACTCTATCACCGGAGAGTACTAGTAGTGAT16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACCCGGGCCGAGAGTACTAGTAGTGATAGC16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACGTGGGCAGTAGAAACAAGGCAGTTTTTT16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACCCCGGGAGAGTACTAGTAGTGATAGCGA16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACCGGAGAGTACTAGTAGTGATAGCGAGAT16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACTGAGAGTACTAGTAGTGATAGCGGGGGG16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACATATTTTTGGCTGGACCAATCTGTTTGG16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACATCGGGAAGACAGGAGAAAAACCCATCA16.666666666666667No Hit
CGCTACGTACAGATCATACTACCCCAGCTATCTCAATGCATGTGTTAGGA16.666666666666667No Hit
AGCTACGTACAGATCATACTACTTGCCCAATTAGCACATGAGCTTTTTCC16.666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)