FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HTGTLBGXG_n02_S2_R1_B01_FD.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHTGTLBGXG_n02_S2_R1_B01_FD.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTTCTGGTGGGGCAGCAGCAAAGGGGAGAAGTTTTATTATTTGGACAGTG24.166666666666666No Hit
GGGATGATGATGGGCATGTTCACAATCCTAAGTAAGGTCTTAGGAGTCTC12.083333333333333No Hit
CAATAAGACCACTGACTCCCATATGGCCAGAAACAAAAAGTACACATCAG12.083333333333333No Hit
GTATTGTTATTCTCGATAATGAATCTTTTAAACAAGAAATACAACAAGAC12.083333333333333No Hit
GTCAATTGCTGAGGCAATAATTGTGGCCATGGTATTCTCACAGGAGGATT12.083333333333333No Hit
CGATGTGGCGGCTCAATCCCAAGAATACAGGATCATGCACTGAGCCAAAG12.083333333333333No Hit
GACCTCTAAGAGGGAGTGATGTGGAGCTAAAACACAAAACGTGATGATCT12.083333333333333No Hit
CATCAGTATCATTTCTCAAATGAGACCTTCCTTTTATAATGAACCCATAC12.083333333333333No Hit
TCGATGCACAGGTCTGTATCTGGAGAGTTCTCATTTCCATTGATAGGGGC12.083333333333333No Hit
ACCCATTCGCTCCAATCTGTATCTTCAACCCACATCATCAATCCCTCATT12.083333333333333No Hit
GGTCTCTGTGCGTGTGTGGGTTGTAGGCTGCAGACTAACAGAGAGACTGG12.083333333333333No Hit
CGAAGGTTGGGATTAAAGCAAAAGCTAATTGAAGAAACGTCTCCACGTTC12.083333333333333No Hit
GATTAAAGCCTTTGAAGATGAAAGGGTTGTATGGGCACGTTAATTACAAC12.083333333333333No Hit
GGTTGGAAGAACAGCAACAGATATTCTCAGAAAGGCAACAAGGAGATTGA12.083333333333333No Hit
CCCATTATCTGAGCTTAGGTTTCCCCTGGAGGGAAGTTGGGAGGCCTGGG12.083333333333333No Hit
GTGTTTATATTGAACTGTTGCACTTAACCCAAGGGACGTGCTGGGAGCAG12.083333333333333No Hit
CTCAAATAAAGAAGTTTTTTTTTATTCCCTATAATTCAAAGCGTTACAAT12.083333333333333No Hit
CCTATATCTCATCTGTGCAGTACTTGAAACTGTGTAAGCGCTTGCTGTAT12.083333333333333No Hit
ATAATGGTAGCCTCGAATCTTCAAGCTTTTAGAACATGATCATATCTACA12.083333333333333No Hit
CCATAAAATCCTTTAATAAATCTATTAGCATTCCTGACTCATTATCTGTT12.083333333333333No Hit
GTCTGGGCTCCCAGTAGGGGGCAATGAAAAGACGGCCAAACTGGCAAATG12.083333333333333No Hit
GAAAATAGAATACAGTATCTATTTAATAAAATCCACAAAATGAAACGAAA12.083333333333333No Hit
CGTCAAAAGATACCACAATCTTATAAAACAAAATTGAATTTCAACAATTA12.083333333333333No Hit
TTATACTACTAATATAATTCACTGACTAGATAGCAATAGAATCACAAAAA12.083333333333333No Hit
GTATAATATATGATATTCCAGATACTTGTTGAAAGACACACACCGTCGAT12.083333333333333No Hit
TATATTTAATCATCGCCAGGAGCATTCGAGCATTTTGATTTTCATTCCAA12.083333333333333No Hit
AATTAGCACCTTAGCCTTCTCTCCTTTTGCAATATTGCTAAGTTCAGTGA12.083333333333333No Hit
GTGCTGGCTAGCACTACGGCAAAGGCTATGGAACAGCTGGCTGGATCGAG12.083333333333333No Hit
CCACTCTCTCCGTGCTGGAGTATTCATCTACTCCCATTTTGCTGACTCTT12.083333333333333No Hit
CTAATAGCCTTCCTGACTCATTTGCTGTTAGGCCATTCGATCTAAAGACT12.083333333333333No Hit
CTTCAGGCCATGTGCAGAGACCTGGTCCCACGTGGGCGGGGCCGGGGTGG12.083333333333333No Hit
GGTGAGGGCAGAGCCCCATGCAGGTCTCGATCACACAACCACCATGAGCT12.083333333333333No Hit
GCCACCAATAATCCGACGATTTATGTCCCAATGTGAAACCACCAAACAAA12.083333333333333No Hit
CCAAAGTCAGACTGACATAAAATAAAACCCAACGAACAGCATCACCCACT12.083333333333333No Hit
CAATGCACCTGCATCCTTTCCAAGAACTGTAAGTCGTTTGGTTGCCTTGT12.083333333333333No Hit
GTTATGCCCAACAGGTAGTAACAAAATTAAAACACTTCTTTCACCCCAAG12.083333333333333No Hit
GAAGGAGTTTGTCTCTAGCCCTCGTTCTGAGACATAATTCATGAGCCATC12.083333333333333No Hit
ATACTACAAGATACAATGTAAGACCAACAAGACACATAATGTCAAATTTA12.083333333333333No Hit
TTTGAATGGATGTCAATCCGACTCTACTTTTCCTAAAAATTCCAGCGCAA12.083333333333333No Hit
GGTAATGAGTATTCATCAATATAACCAGATTATAATGTTTCGAAATCTAT12.083333333333333No Hit
GTGACGAGGCGCTGTTGGCTGCATGTGAGGCGCTCGCGGCCGTACATCAT12.083333333333333No Hit
AATAGAGAGTCATGTGGAGCTAAAACACAACACGTGAGGATCTGAGAACA12.083333333333333No Hit
GGCCCAGAAGCTGGCCACATGCTTAAGGGTGACAGGGAGATCTGCAGTCC12.083333333333333No Hit
TTATCGGTATGGCCGTTTGCAAGATTTCAGAGTTCATGTCTGGTGAAGGG12.083333333333333No Hit
GTTCACAAGTGGCACACACTAGACCAAAAGCAGCTTCTGTGGTCACTGTT12.083333333333333No Hit
GTAAAGCTCAATTAAATAAATACAAATACCTAAAAAAACAAGAGAAGAAA12.083333333333333No Hit
CTGTGGATGGAACAGAAAACATTTGAGATGATGTCAGATCTAAGTAAAAT12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)