FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HTGTLBGXG_n01_S2_R2_G01_FD.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHTGTLBGXG_n01_S2_R2_G01_FD.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCATAGAAGTCTTTAGATCGAATGGCCTAACAGCTAATGAGTCAGGAAGG28.333333333333332No Hit
GAATAAAAGAACTGAGGGATCTAATGTCGCAGTCCCGCACTCGCGAGATA14.166666666666666No Hit
CCTGTGGCCAGTCTCAATTTTGTGCTTTTTACATATTTTGGACATTTTCC14.166666666666666No Hit
TCCCTGGGGACACCACTAAGTGGAATGAAAATCAAAATCCTCGAATGTTC14.166666666666666No Hit
TATCTGTAGTCTTTGATGAACAATTGAAGAGCCATCTGGGCCGTTGCAGG14.166666666666666No Hit
TTTTTGGACAGTATGGATAGCAAATAGTAGCATTGCCACAACTACTTCAG14.166666666666666No Hit
ATTTGAGAATTCATGCCTTGAAACAATGGAAGTTGTTCAACAAACAAGGG14.166666666666666No Hit
GTGAGAACTCCATACTTACAAAGTTCACCACATCAGTATCATTTCTCAAA14.166666666666666No Hit
GTTTTTAAAATGGTATTCCAATCAAGTAAGTCTTGGTATGATATCGTTTT14.166666666666666No Hit
CTACCACTCTCTCCGTGCTGGAGTATTCATCTACTCCCATTTTGCTGACT14.166666666666666No Hit
GAACACATGAGAAACAATGACCTTGGACCTGCAAAGGCCCGGATTGCTCT14.166666666666666No Hit
AATTGGGATTTATGCCTTTCTCATGTGGTTTGACTATGTTAGGCTCTTTC14.166666666666666No Hit
GTGGAACAGATCTTAATGATATCAGAGAACTCTTCTGTCTTGATCCGTCC14.166666666666666No Hit
CATAGACTCCTACTGGCGATTTCTTGTCTTATAGTGAAAAGCCTAGTTTT14.166666666666666No Hit
CATCAAGGGAGCAATTTTACAATCCTGGAGCTCTTCTTTCTTGGCTGGTG14.166666666666666No Hit
GTAGCCAGGAATGCATCATGAGATCACAAGGGTATAGGGGTCATGAGGTT14.166666666666666No Hit
GGTTTTATTATGTGTGGTCAGGAGTGGTGTGAATTATATATTTATTATAA14.166666666666666No Hit
ACCCTTATCAATGGATCAGCAGGCCCGTGTAAATTTGGAAAATTAACGGG14.166666666666666No Hit
GAATAGCTGTTGCTCTTCTCCCAACCATTGTGAATTCTTCATACCCTTCA14.166666666666666No Hit
CCTCCTTGGCCCCATGGAACGTTATTTCTCTTTTGAGCTTCTTGTATAGT14.166666666666666No Hit
GATCTGGCCTGCGGATGCCTTTTGTTGATTGGTATTTCCTCCACTCCTGG14.166666666666666No Hit
GCCATATCTCTTGTCTTCCTGATGTGTACTTTTTGATTATGGCCATATGG14.166666666666666No Hit
TTCTTTGTCCTTGGGATCTTCTCTTCATTTTCAATGTCCTGTAGCTCTGC14.166666666666666No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)