FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HTGTLBGXG_n01_S2_R2_B01_FD.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHTGTLBGXG_n01_S2_R2_B01_FD.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CAATCAAAGGTAGGGCTATTAGTATCAGATGGAGGACCAAACTTATACAA13.3333333333333335No Hit
CTTTTCAAACCGTATTTAAAGCGACGATAAATACATTTGAAAAAAAGACG13.3333333333333335No Hit
ATATAAATAAGCCAGGGACATTTGAATTCACAAGCATTTTTTATCGCTAT13.3333333333333335No Hit
GTTCAGGCACTTAGGGACAACCTGGAACCTGGAACCTTCGATCTTGGGGG13.3333333333333335No Hit
TTGAAATTGGAGTAACAAGGAGGGAAGTCCACATATATTACCTAGAGAAA13.3333333333333335No Hit
AAAATCGAAACTAACAAGTTTGCTGCAATATGCACACATTTGAAGTTTGT13.3333333333333335No Hit
AAGGAGGAGAGTTGATACAAACCCTGGCCATGCAGATCTCAGTGCCAAGG13.3333333333333335No Hit
CCATAAAGTTCTCAAACAAAATGGCAAGACTAGGGAAAGGGTACATGTTC13.3333333333333335No Hit
TACTATCAACTGGATCAATCTCCTGGTTGCCTTTCTGAGAATAGCTGTTG13.3333333333333335No Hit
CCTGGATTCCCAAGAGGAATCGTTCTATTCTCAACACAAGCCAAAGGGGA13.3333333333333335No Hit
TCCTTAGACAGAATCCAACTGAGGAACAAGCCGTAGCCATATGCAAGGCA13.3333333333333335No Hit
TTCGTATACTTTGTGGCTTCTTTAGGGAGGGGGAGTAGCGGCAACCGGGA13.3333333333333335No Hit
GCTTATATCTCTTGTCTTCTTTGCCCAAAATGAGAAATCCTCTCAGGACA13.3333333333333335No Hit
GGAGGGGGCAATGAAAAGAAGGCGAAGCTGGCAAATGTTGTGAGAAAGCT13.3333333333333335No Hit
CAATTACAACAAGGCAACCAAACGACTTACAGTTCTTGCAAAGGATGCAG13.3333333333333335No Hit
CCAGCAACATTCGAGGAATTTGATTATCATTCCACTTAGTGTTGTCAAAA13.3333333333333335No Hit
AGACAATATACTGGTGGGATGGGCTCCAATCATCCGACGATTTTGCTCTC13.3333333333333335No Hit
GTACTTAGCATGTTGAACATGCCCATCATCATCCCAGGACTCAGTGATGC13.3333333333333335No Hit
TCTGAGTTCTTCAATGGTGGAACAGATCTTCATGATCTCAGAGAACTCTT13.3333333333333335No Hit
TTACAGGAACTATGCGCAAGCTTGCCGACCAAAGTCTCCCACCGAACTTC13.3333333333333335No Hit
TACCAACACTACGTCCCCTTGCCCAATTAGCACATTAGCCTTCTCTCCTT13.3333333333333335No Hit
CATGTACCCTTTCCCTAGTCTTGCCATTTTGTTTGAGAAAAGTATGGGTG13.3333333333333335No Hit
GGTACATCTGTTCATCCTCAAGAATTCCACTTTGCCTTGTGTTTAGAATA13.3333333333333335No Hit
ATCCAGATTGGCGAGCACTCTCCACAGGAGGGACCTCGTCAATCATTGTC13.3333333333333335No Hit
AGGCGACCAGAAGCCGGTACAGTGGATTCGTAAGGACACTGACACTGTCC13.3333333333333335No Hit
ATTCAGACGAGAAGATCATTTGAGTTAAAGAAGCTGTGGGATCAAACCCA13.3333333333333335No Hit
ATTAGAAGAGGCCTTATTTTCTCAATTTTCTTCTTTGTTGATTCATTGAA13.3333333333333335No Hit
GGGAAAGTGGACGACGAACACAGAGACTGGTGCACATTCCTGGATTCCCA13.3333333333333335No Hit
GAGTGCGATAGGCCAAGTGTCGAGGCCCATGTTCCTATATGTGAGAACCA13.3333333333333335No Hit
TAAAAGAACTGAGAGATCTAATCTCGCACTCCCGCACTCGCGAGATACTC13.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)