FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HTGTLBGXG_n01_S2_R1_B01_FD.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHTGTLBGXG_n01_S2_R1_B01_FD.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AGCACGGAGAGAGTGGTAGTGAGTATTGACCGATTTTTAAGGGTTAGAGA24.166666666666666No Hit
AAATATTAGAACCATTCGAACAAACATTAAATGTTAAACAACATGAATCT12.083333333333333No Hit
CAATAGAAAAGGGAAAGATAGTCAAATCACACGAAATCAAACCCCCTAAT12.083333333333333No Hit
ATCTTATACCATGAGCATTTTCACACAATCATGTGCTAACCCTCCCTTAC12.083333333333333No Hit
CTCCTACCCTGTCTGTAGCGGCTGTCCTGGAGGCTCCCACGGGTGCCCTC12.083333333333333No Hit
GTGCTATCCCTCCCTTACTTGTAACCTCTAATGATTCTGGTTGAACCCAG12.083333333333333No Hit
GAAGTACTTCAGGTCAATGCTTGCTAGCATTTCTGCTGGTATTTGTGTTC12.083333333333333No Hit
GAACAAAAGTGAAGAAAAAATAATTAAGCAATAAGAAAGGACAACTAATA12.083333333333333No Hit
CCTATATGTGTAGCTGTAGTCTTTGATGAACAATTGAATCGCCATCTGGG12.083333333333333No Hit
CTACCACTCTCTCCGTGCTGGAGTATTCATCTACTCCCATTTTGCTGACT12.083333333333333No Hit
GGCAGTTTCCATAGCAAGCTCACAGCTGAGCCATTGTCCTGTCACGCTCC12.083333333333333No Hit
CCACTACCTGAGGATAATGAACCAAGTGGGTATGCACAAACAGACTGTGT12.083333333333333No Hit
CCATAAGGGCTCCTTTCCGTCGTTTTGTCTTGTCATTATGAACTGCTTTT12.083333333333333No Hit
GGTCAATACTCACTACCACTCTCTCCGTGCTGGAGTCATCATCTACTCCC12.083333333333333No Hit
GACTGATTCAAGCTGGATAGAACTTGATGAAATAGGAGAAGATGTTGCCC12.083333333333333No Hit
AAACACAACAGAACACTCCAAAAAAGAATACAAGTCAAAGGAAAAAACAT12.083333333333333No Hit
CTCCCATTTTGCTGACTCTTATCCCTCTAAGCGACATCTCCGAGCGTGGG12.083333333333333No Hit
TAATCACATCCTGTGCCTCCTTGGCCCGGAGATATGGATGGCCAGGCGTT12.083333333333333No Hit
CACAACTTGTAACCCTTGCATAAATGATAATATTTACAAACTATTATAAG12.083333333333333No Hit
GAGTAAAATACCATGTAGCATGGTGAGACGTACTATGGAGTAAAAAGGAG12.083333333333333No Hit
GATGAAGGCAGTTAGGGGCGATCTGAACTTTGTCAATAGGTCAAACCAGC12.083333333333333No Hit
TGTCGATACTGTGTATGTTAAGGTCTGTGACAGACACAAAGATTTTCAGA12.083333333333333No Hit
CACTATGAGAGCAAAATCGTCGGATGATTGGAGACGATCCCACCATAATA12.083333333333333No Hit
CTCATGGACTCAGGCACTCCTTCCGTAGAAGTCCCTCTTTTCAAACCGTA12.083333333333333No Hit
TCTGAAAGTCTCCCTCTGGCTCTCCAGGAAGGATGGGGGAAGACAAGAGC12.083333333333333No Hit
ATAATGTATAAGTTTGGTCCTCCAAATGAAACTAATAGCCATACCTATGA12.083333333333333No Hit
CATCTTTTATTTTTTATATTTTATTTATGTATTTGACAGACAAACATAAC12.083333333333333No Hit
AGAAGATGGTCACGCAAAGAACAATAGGGAAGAAAAAACAAAGACTGAAT12.083333333333333No Hit
CAATATGGAGAGAATAAAAGAACTGAGAGATCTAATGTCGCAGTCCCGCA12.083333333333333No Hit
GGTTCCCACAGTGTATTGAGGCATTAGACAGATAAAGCCAGTAGACCAAG12.083333333333333No Hit
AGTAGAAACAAGGTCGTTTTTAAACAAATAACCACGTATTGATCGCGATA12.083333333333333No Hit
GTTTAGGCGTGTGTAACTTTTACAAAGCAAAATTAACATTAACGCAGGAA12.083333333333333No Hit
GGGTATGTCCCAGGATGGAGTTCACCCTACATGGCTTATGGAGTACCCTG12.083333333333333No Hit
ACTCAAGGTCGCCAGACTTATGATTGGACATTAAACAGAAATCAACAGGC12.083333333333333No Hit
GTGATGAGCTAGGCAGAGCTCAGAGCAATTATCTTGCTGCCCATCTTCTA12.083333333333333No Hit
GGCCATTCGATCTAAAGACTTCTATGGTGTTGGCCAATGCAGTTGCTGCC12.083333333333333No Hit
CCATTAGGAAATGCTGCAAAGTCCTTCTCTAAATATATCAAGGACAAAGT12.083333333333333No Hit
CTGCTACCTGCATCGACAGGTGACTTCGGTGGAGCAGGAGCCTGTGCTCT12.083333333333333No Hit
CAAAGAAAAGAGATTACATTGAAATCAGGTCAAGAAACCTGACTTTGCAT12.083333333333333No Hit
ATTTGACACTGTCCAAATAATAAAACTTCTCCCCTTTGCTGCTGCCCCAC12.083333333333333No Hit
TCTACGGCTTGTTCCTCAGTTGGATTATGTCTAACGAGGTCCTCAATCCT12.083333333333333No Hit
GTCATAAGCAAAACAAACAAGGAACAGAGAAAGCTGCTACGGACATGAAG12.083333333333333No Hit
CCATAGAAGTCTTTAGCTCGAATGGCCTAACAGCTAATGAGTCAGGAAGG12.083333333333333No Hit
GCCAGAATACTGACCTCAGAGTCCCAGCTGGCAATAACAAAAGAGAAGAA12.083333333333333No Hit
GAATAACACAGGCTATATAATAAAAGAACTGACATTAAATACGAACACCA12.083333333333333No Hit
GACTAAGGTAATTTTAGGATTTGTGTTAACGCTCCACGGGCCCAGTGAGC12.083333333333333No Hit
GTATATACATACATATATACTTACACAGTTTGAGCATTCACAGGCCACTA12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)