FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S4_R2_C09.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S4_R2_C09.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCTCAACATGATTTCACATATCTCAGTGTTAGTTCAGATTAATTCACGAC23.3333333333333335No Hit
TATATTCTGAGTGTGCGCTGGGGGAAAAGATGGATGGACCGAGAAGGAAA23.3333333333333335No Hit
TCCCCGCCCCACCCCCCGCCGTATTCATAACGGGTTAAGACCCACGCCAC11.6666666666666667No Hit
GTATTCATAACGGGTTAAGACACACGCCACTACCAGAGACAACAACAGAT11.6666666666666667No Hit
ATGTACCACTGCAGACTCTCTGCAGAAGAGTAATTACAGGACAAGGTAAC11.6666666666666667No Hit
CTCTGTGTGTGTGTGTGTTTCTGAAAGTGCGTTTGTGTGTGAGTGTGTGT11.6666666666666667No Hit
ATGCAGGAGATGGAATGAGAGAGCGAGAGCGAGAGAGAGAGGAGAGCAGG11.6666666666666667No Hit
GTCAGTGGGTGGGTGAAGACAGAAGCTGCAAGTTGTGTACGGGTGTTCGC11.6666666666666667No Hit
CTTCATCGGTGTTTTGATGACCAAGTGGTGGCCGACGTCCCAGACCCACC11.6666666666666667No Hit
AGCGAAAGCAGGACGGCTATTTCCTGAGCTACTGGGCCAAACCAGCTGTG11.6666666666666667No Hit
ATGTGTGTGTGTGTTTCTGAAAGTGCGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTCTAT11.6666666666666667No Hit
GTGTTTTGATGACCAAGTGGTGGCCGACGTCCCAGACCCACCCCCCTCCG11.6666666666666667No Hit
GATCAGCTGGAGAGAACTTTGGGCTATGACTGGTAACCGCATTATATTCA11.6666666666666667No Hit
CCGCATTATATTCATAGTTGGAGCCATTTTTTATGTCCTCCTAACTCTGC11.6666666666666667No Hit
TGATTTCACATATCTCAGTGTTAGTTCAGATTAATTCACGACCCCAAGTA11.6666666666666667No Hit
CTTGTAAATATGGTGGTGAAAGACCTGCAGTCTTTTTCCATTGTGGACAG11.6666666666666667No Hit
TCTCAGTGTTAGTTCTGATTAATTCCCGACCCCAAGTAGTCTGCGAGTGT11.6666666666666667No Hit
CGATCTGGCTGCGTGAGTCCCTCTGTGTGTGTGTGTTTCTGAAAGTGCGT11.6666666666666667No Hit
TCTCAGCCACAACCACTGGCTCACTTTTTCGAACAAACATGCAAATGATT11.6666666666666667No Hit
AAGTAGTCTGCGAGTGTCTCAGCCACAACCACTGGCTCACTTTTTCGAAC11.6666666666666667No Hit
CCGGGGCAGGTGGGCGGGGGGGCGGTACGGGTTGGGCCCGCCGCGGAGCG11.6666666666666667No Hit
AGTAAAGAGAGCAGGAGAGAGAGGTAAAGAGAGCAAGAGAGAAGTAAAGA11.6666666666666667No Hit
GTTCAGAGCATGAACAAAGCAGATGACATGGCGAAGATTTAAACTTCGCA11.6666666666666667No Hit
TTATCAGGTACATTCAATTTGTGTTGTTGATGAACATAGATACTAATTAT11.6666666666666667No Hit
GAAGAGAGAGAGGTAAAGAGAGCAGGAGAGAGGTAAAGAAGAGAGCGAGA11.6666666666666667No Hit
GTGAGTGCCTGTTTATGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGT11.6666666666666667No Hit
CATCTGAGCTCCTGACAGCGGCAAACAACCCCCAACCCCCACCACGACCT11.6666666666666667No Hit
GAAGATCAGCTGGAGAGAACTTTGGGCTATGACTGGTAACCGCATTATAT11.6666666666666667No Hit
CCATTAATATGGAGGCATATCTAGCAGTCACCTGCTAGACCAGCTGGCCC11.6666666666666667No Hit
GAGGAGAGAAGGAAAGAGAGGGAAATGGAGAGGGAAAGAGAAAGGGAGAG11.6666666666666667No Hit
TACCTACACTCTGCCATCCAGGCGGGCTCTTAAGAACATTGTGGTCCAAA11.6666666666666667No Hit
GGCATGTGTCAGTTGGAAGATCAGCTGGAGAGAACTTTGGGCTATGACTG11.6666666666666667No Hit
AGCGAAAGCAGGCACTTTCCTTCATCGGTGTTTTGATGACCAAGTGGTGG11.6666666666666667No Hit
TGACTGGTAACCGCATTATATTCATAGTTGGAGCCATATTTTATGTCCTC11.6666666666666667No Hit
CACACACACTTTATAATATACTTTCTTAAAGTGTCTGGTGTGTGTAAAGA11.6666666666666667No Hit
GTGTGCATGTGCGTGTGTGGGTACATGTGCCTTTGGCCCAGTGTGTGTGT11.6666666666666667No Hit
GAACTGGGGAGCTGATCTGGGATGCTGAATGTACCACTGCAGACTCTCTG11.6666666666666667No Hit
GTGTAAAACTAGCCTCACCCAGGTCCGCTACGCGTGAAGACAGATTCAGG11.6666666666666667No Hit
TCTCAGTGTTAGTTCAGATTAATTCACGACCCCAAGTAGTCTGCGAGTGT11.6666666666666667No Hit
GAACTGGCATGTGTCAGTTGGAAGATCAGCTGGAGAGAACTTTGGGCTAT11.6666666666666667No Hit
GGGCGATGTACGGCTTGGTCCCGCCGCAGATCTGAAAAAGAAAAAGGGTC11.6666666666666667No Hit
GTGCTCGGCCTGCCTCTGTGATTGATAGCTGGGGAGCCGGAGCCCTGTGT11.6666666666666667No Hit
GGGCAATGTGAGTGCCTGTTTATGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG11.6666666666666667No Hit
CACTCACACACACACACACACACACTTTATAATCTGTCTCTTATACACAT11.6666666666666667No Hit
AGAGAGCAGGAGAGAGAGGTAAAGAGAGCAAGAGAGAAGTAAAAAGAGCA11.6666666666666667No Hit
GGAGAGAGAGGTAAAGAGAGCAAGAGAGAAGTAAAGAGAGCAGGAGAGAG11.6666666666666667No Hit
CATTATATTCATAGTTGGAGCCATTTTTTATGTCCTCCTAACTCTGCAGA11.6666666666666667No Hit
GTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTAGACTTCACTTGGAGGCTTCACTGATGG11.6666666666666667No Hit
AGCAGGCACTTTCCTTCATCGGTGTTTTGGTGACCAAGTGGTGGCCGACG11.6666666666666667No Hit
GCCCTCAGGGAGCCGCCGGTAAACACACGGCCTTAGCCAGCCGATGCATC11.6666666666666667No Hit
CACTTCAAGTGCCCCTCACATGTAGGTGTCGCTTGTCAACAGTGGCATCT11.6666666666666667No Hit
ATTTCACATATCTCAGTGTTAGTTCAGATTAATTCACGACCCCAAGTAGT11.6666666666666667No Hit
CTCCTAACTCTGCAGACCACCTCAGTCAGTGGGTGGGTGAAGACAGAAGC11.6666666666666667No Hit
CAATGGATGAACTGGCATGTGTCAGTTGGAAGATCAGCTGGAGAGAACTT11.6666666666666667No Hit
AGGTAACATTCAGTCCTTCCTCTGTAAAGACTTCGGTTCTGTCTGGAGTG11.6666666666666667No Hit
CCTCCTAACTCTGCAGACCACCTCAGTCAGTGGGTGGGTGAAGACAGAAG11.6666666666666667No Hit
CTGTAGAGCCATGGTGACCCGCACCTCGTCCAGCTCGGTCCGCGGCACGC11.6666666666666667No Hit
CAGAAGCTGCAAGTTGTGTACGGGTGTTCGCTCATTAAAACATATTCTGT11.6666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
GCAAGTT50.0145.09
AGAAGCT50.0145.02
TGCAAGT50.0145.08
GAAGCTG50.0145.03
GCTGCAA50.0145.06
GTGGTTG50.0145.0145
CAGAAGC50.0145.01
CTGCAAG50.0145.07
AAGCTGC50.0145.04
AGCTGCA50.0145.05