FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S4_R1_H11.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S4_R1_H11.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GAAGATGGTCACGCAAAGAACAATAGGGAAGAAAAAACAAAGACTGAATA16.666666666666667No Hit
GTATGCTGGACAGCAGTATTCAGATGTGGGTGGCATTTCAGTGGCGTGCA16.666666666666667No Hit
CTACGTCCCCTAGCCCAATTAGCACATTAGCCTTCTCTCCTTTTGCAAGA16.666666666666667No Hit
CTGATATGTGGCATCATTCAGGTTGGAATTCCAAATCATGATATGAGTAA16.666666666666667No Hit
GGTTTTAGAGAGGCAGAGCAGGGAGCCCAAAGGGTAGTTTATATGAGAAA16.666666666666667No Hit
TGATGGTGGCGTACATGCTAGAAAGAGAATTGGTCCGTAAAACAAGGTTT16.666666666666667No Hit
GGCCAGTGCCCATGGAGGAGGGCAAGGGTTAGGTCCAAGTGGAATAGTGG16.666666666666667No Hit
GAATATTAGAAATTGGAAACATATTATCAATAGTGATTCTCCACTCAATT16.666666666666667No Hit
GTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAGTA16.666666666666667No Hit
TGTTGTCTCTTACTCTCCTTTTTCTTTGAAAGTGGGTTGTTATCTCTATT16.666666666666667No Hit
ACCATCAAGGGAGCAATTTTACAATCCTGGAGCTCTTCTTTCTTCTCTTT16.666666666666667No Hit
TCATCCCAGGACTCAGTGATGCTGTGCCATCTATTAGAAGAGGCCTTATT16.666666666666667No Hit
AGCTATTACTGCAAAGCCCGAGAGTTGGGCTTAAATTTGAATGAGGTTGT16.666666666666667No Hit
CCACAGCACTCTGCTGTTCCGGTTGATATTCTTCCCTCATGGACTCAGGC16.666666666666667No Hit
GCCGTAGACATATGCAAGGCAGCAATAGGGTTGAGGATTAGCTCATCGTT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)