FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S4_R1_H05.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S4_R1_H05.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGCGCCTGGTTGGACAGGTTACTTGGGCTCTGGCTTGCCCGTTAAAAAAC16.666666666666667No Hit
AGAGACTAATGTCAGCCTTAACTAAAGAGACTATGGATTCTTGAGATGAG16.666666666666667No Hit
ATGTAGGACCAAAGAAGGAAGACGGAAAACAAACCTGTATGGGTTCATTA16.666666666666667No Hit
CATTTCCTTCTGAGCAGCAAGACTGCTGTGGTGCTCAGATCCCAGGACCC16.666666666666667No Hit
CTCCTTGACTATGAGAAGGGGTCTTTCCATCCCAAAAACCCCTTTCTCAT16.666666666666667No Hit
GTCCGTACCCCTGCTAGCCCAGCAGCTCCCGGAGGACTGCTACCCTGTCT16.666666666666667No Hit
GCAAAGGAATGTGACCCTGGCCTACTCTGATGGACCTGAAGTGACAAGAG16.666666666666667No Hit
GCTTACAACCCCTCAAGTGATAATATCTCCTCAAGGAAGAGGGACATAAT16.666666666666667No Hit
CCCCATCGCGCTAGCCGCTTTTAAATTCTCCTCGGGAGGTGGTGAAGGGC16.666666666666667No Hit
GCTTAATGCTGGGCCATATCTCTTGTCTTCTTTGCCCAAAATGAGAAATC16.666666666666667No Hit
TGTGGATGTTCTCCCACATCTATCCCTGGACCCCCTTTCTGTGCCCCGGA16.666666666666667No Hit
CTCCCAGGGCTTGATCCCTCCTGGAGGGAGTCATCACTCTGCTCAGGAAC16.666666666666667No Hit
CTGCAAGTTAGTGGGAATCAACATGAGCAAAAAGAAGTCCTATATAAATA16.666666666666667No Hit
CTTAACAACTGAGCCACCCAGGTGCCCCCAAATCCCTGACTTTAACTGCA16.666666666666667No Hit
CTGTTAGAATGGTACAGAGTACAGCAAAGGCCTCATGAATGCAAGAGACT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)