FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S3_R2_F10.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S3_R2_F10.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GAGGATAATGAACCAAGTGGGTATGCACAAACAGACTGTGTTCTAGAGGC24.166666666666666No Hit
GATGTATATTCTGAAAAGGGAGGCAGGTGTTTATAGCAAGCATGGGTGTA12.083333333333333No Hit
CTGTCTGGCTGTCAGTAAGTATGCTAGAGTCCCGTTTTCGTTTAATTACC12.083333333333333No Hit
ATTGAATAATGGAGAATTGCCTCTTACCAGTATCCTCAACCCTGATCCTC12.083333333333333No Hit
GGAAGTTGTTCAACAAACAAGAGTAGATAAACTAACTCAAGGTCGCCAGA12.083333333333333No Hit
TCCCAGGACCCTGGGATCATGACCTGAGCCAAAGGCAGATGCTTAACCAA12.083333333333333No Hit
GAGCTACCCAGCTTTGGAGTGTCTGGAGTAAATGAATCAGCTGACATGAG12.083333333333333No Hit
GCAGTGTCAGCAGACCCATTAGCATCTCTCTTGGAAATGTGCCACAGCAC12.083333333333333No Hit
GTTCACAGCAGTAGGTAATGAGTTCAACCACCTGGAAAAAAGAATAGAGA12.083333333333333No Hit
CCATTTGAATGGATGTCAATCCGACTCTACTTTTCCTAAAAATTCCAGCG12.083333333333333No Hit
TTTCTTCAATTAACCAAATTATTTACTCAAATTTCTGTCAAAATTTCTAT12.083333333333333No Hit
GTACACATCAGGAAGGCAAGAGAAGAACCCCGCACTCAGAATGAAGTGGA12.083333333333333No Hit
GTTCATGCTCATGCCTAGGCAAAAGATAATAGGCCCTCTTTGCGTGCGAT12.083333333333333No Hit
GTCCTGTAGAATCTGTCCACTCCTGCTTGTATTCCCTCATGGTTTGGTGC12.083333333333333No Hit
GTGTTCTAGAGGCTATGGCTTTCCTTGAAGAATCCCACCCAGGAATATTT12.083333333333333No Hit
TTCGAGGATTTTGATTTTCATTCCACTTAGTGTTGTCCCCAGTGATTGTG12.083333333333333No Hit
CACATTCACAGTCAATGAGGAAAATTGCATCCTAGTCTGTTCTGGTGGGG12.083333333333333No Hit
GCTTGTATTCCCTCATGGTTTGGTGCATTCACTATGAGAGCAAAATCGTC12.083333333333333No Hit
CCATAGGGGAGACACACAAATTCAGACGAGAAGATCATTTGAGTTAAAGA12.083333333333333No Hit
GCTCAGTTCATTGATGCTTATCTCTTGTCTTCTTTGCCCAAAATGAGAAA12.083333333333333No Hit
CCTACTTGGAGCCCAGACTGTTCAAGCTTTTCGCAAATGCTCCTAGCTAA12.083333333333333No Hit
GATCGAACAGATCTACAAGAACTCAGACAACACTACTATCTTTATCCTTC12.083333333333333No Hit
AAATGGAAGACTTTGTGCGACAATGCTTCAATCCAATGATCGTCGAGCTT12.083333333333333No Hit
AAGTGGATGATGGCAATGAGATACCCAATTACAGCAGACAAGAGAATAAT12.083333333333333No Hit
CAGTGATTCCATTAAATCCTTTAAGAAATATATAAGCCTAACTGACACAT12.083333333333333No Hit
GACCACTGTGGACCATATGGCCATAGTCAAAAAGTACACATCAGGAAGGC12.083333333333333No Hit
ATCCTCAACCCTGATCCTCTCACATTCACAGTCAATGAGGAAAATTGCAT12.083333333333333No Hit
GGGCTACTGAATACATAATGAAGGGAGTGTACATAAATACGGCCTTGCTC12.083333333333333No Hit
CCTATATGTGTATCTGTAGTCTTTGATGAACAATTGAAGAGCCATCTGGG12.083333333333333No Hit
GTTGAATACAGATTTTGCCAGTAAGGTCCTGCACACTTTCCCAATAGAGC12.083333333333333No Hit
TCGCAACACCTGGGATGCAGATTAGAGGTTTCGTATACTTTGTTGAAACT12.083333333333333No Hit
GTCTGGGCTCCCAGTAGGGGGCAATGAAAAGAAGGCCAAACTGGCAAATG12.083333333333333No Hit
GGGATCAAGAAGGGAGAATGAACTATTACTGGACACTAGTAGAGCCGGGA12.083333333333333No Hit
GAAGCAGGTGCTAGCAGAGCTACAGGACATTGAAAATGAAGAGAAGATCC12.083333333333333No Hit
CAACTTACCCAATATCATTAATTTACCAAATGCTCAGCTTAGCCTATGAG12.083333333333333No Hit
GAAGCGAGCCCAGGAGCTACTGCTTCAGAAGGTGAGGAGTAAGGGCGCAG12.083333333333333No Hit
CCTATATGAACTGCTAGGGAAAAATTTCTCGAATAGATTGCAGCACTTCT12.083333333333333No Hit
AATATGCACACATTTGGAAGTTTGTTTCATGTATTCGGATTTCCATTTCA12.083333333333333No Hit
GTTCAAATTCCATTTTGTTGTATAACATTGTGGGATCTTGTGACCATTGA12.083333333333333No Hit
TATTAGGACTTGAATGATAGAAAATATATGCATGAGCTCAAATAAATCAT12.083333333333333No Hit
CATCTGATACTAATAGCCCTACCATTGATTTCGTTTGATCCCCCAGCTTC12.083333333333333No Hit
GAACAAAGAGGAAATAGAGATAACAACCCACTTACAAAGAAAAAGGAGAG12.083333333333333No Hit
GTGATGGTATCACCTCTGGCCGTAACATGGTGGAATAGGAATGGCCCAAC12.083333333333333No Hit
CTATTCGTCCATAGCAGAACTCAACGGATATTACCTCACTTTTATTCTGA12.083333333333333No Hit
GATCTTCATGATCTCAGAGAACTCTTCTTTCTTGATCCGTCCAGACTCGA12.083333333333333No Hit
CTCAAGAATGGTTCAATTTTGGCGTTCACTTCTTTTGAAATTTGGGAAAG12.083333333333333No Hit
GCAAATAGTAGCATTGCCACAACTACTTCAGTGCATGTGTGAGGAAGGAG12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)