FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S3_R2_B08.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S3_R2_B08.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AACTACTGCTGTGAACTCTGTATACATCTATTCAAAAACAGAAAAAACTT11.3333333333333335No Hit
GGAAAAAACACGCGAACCTTATTACCAAACCCTTCAATTCCTCCAATTAG11.3333333333333335No Hit
AATGTTAACATCAGCAACACCAAATTTGCTGCAGGACAGTCAGTGTTTTC11.3333333333333335No Hit
TGGTAGTAGATGAATACTCCAGCACGGAGAGAGTGGTAGTGAGTATTGAC11.3333333333333335No Hit
GACCAATCTTGTCACCTCTGACTAAGGGAATTTTAGGATTGTGTTCACGC11.3333333333333335No Hit
CTCACAGCGACATCTCCGAGCTAGAGCTCATGTCGCGCAGAAATCAGATC11.3333333333333335No Hit
GAGCAAGGCATAAATCCCAATTACCTCAAGGCTTGGAAGCACGAGCTAGC11.3333333333333335No Hit
GCAAATAGTAGAATTGCCACAACTAATACAGTGCATGTGAGAGGAAGGAG11.3333333333333335No Hit
AGTAGAAACAAGGCATTTTTTCATGAAGGACAAGTTAAATTCATTTTTTT11.3333333333333335No Hit
GCACTATTGAAGCACCGATTTGAGATAATTGAAGGAAGAGACCGAATCAT11.3333333333333335No Hit
TTATAAAAGGAAAGTCTCAATAGACAAAAGAAACTGATCAGGTGAACTTT11.3333333333333335No Hit
GTGTTTATATAGAAGTGTTGCACTTAACCCAAGGGACGAGCTGGGAGCAG11.3333333333333335No Hit
AATTACCTACAGAAAGCCAACAAAATAAAATCTGAGAAGACCCACATTCA11.3333333333333335No Hit
TTGCATTAGAGAGCACATTCTGGGATCCATTCCGGTGCGAACAAGCGCTC11.3333333333333335No Hit
GAACAGGAACACGATACACCATCGACACAGTAAACAGAACACACCAATAC11.3333333333333335No Hit
GATCTAAATAACTGACCCGAGACAGGAGCCACACAAATGGGAAAAATACT11.3333333333333335No Hit
TCAGCAAACTGTTCACAAGTGGCACACACTAGACAAAAAGCAGCTTCTGT11.3333333333333335No Hit
AGGTTTGCGTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC11.3333333333333335No Hit
CATTAGTGGAATGGTGCTAGTAGCCATCTGTCTGTGAGACCGATGCTGTG11.3333333333333335No Hit
ATACACATGCCTAAAAGAAATCAATTTGCACCCAGCATGCTAGAGATATG11.3333333333333335No Hit
GAGATGACCTTGCAAGGAAAATGACGTCTTCAATCACACCCTTTCATCTG11.3333333333333335No Hit
GTTGTGGGAGGAGGTGGATTGTGGGCACAAGGGAGCTTAATGTGGGCCAG11.3333333333333335No Hit
GCATTAAGCAAAACCCAGGGAACATTAATCAGGCACTCCACGATTGCTTC11.3333333333333335No Hit
GAGTTGAACCAAGATGCAATAAGCAAAACCCAGGGATCATTAATCAGGCA11.3333333333333335No Hit
ATGATGACAAAATTACATTCGTCAACATCCACAGCACTCCGCTGTTCCGG11.3333333333333335No Hit
AGGCATTTTTTCATGAAGGACAAGTTAAATTCATTATTTTTGCCGTCTGA11.3333333333333335No Hit
GTTAAATTCATTATTTTTGCCGTCTGAGTTCTTCAATGGTGGAACAGATC11.3333333333333335No Hit
GAAGAAGGCAGCGCCTCATTTCCATGCCCCATTTCTTCGTGATCTTGGAC11.3333333333333335No Hit
AAATGATACTGATGTGGTGAACTTTGTAAGTATGGAGTTCTCACTCACTG11.3333333333333335No Hit
ATCCAATGATCGTCGAGCTTGCGGAAAAGGCAATGAAAGAATATGGGGAA11.3333333333333335No Hit
AACAAAAAGTACACATCAGGAAGGAAAGACAAGAACCCCGCACTCAGAAA11.3333333333333335No Hit
GTGTTTATATTGAAGTGTTGCACTTAACCCAAGGGACGTGCTGGGAGCAG11.3333333333333335No Hit
CCGAATTGAGATAATTGAAGGAAGAGACCGAATCAAGCCCTGCACAGTGG11.3333333333333335No Hit
GTATTTATGTACACTCCCTTCATTATGTATTCAGTACCCCTGCAGTGGGA11.3333333333333335No Hit
ATCCATTCCGGTGCGAACAAGCGCTCTTGTTCTCTGATATGTGGCATCAT11.3333333333333335No Hit
TCTCAAGACAGCAGAATCCACACCAGATGTGCCTTCATCTGGATCTTCAG11.3333333333333335No Hit
ACTTAGCATGTTGAACATGCCCATCATCATCCCAGGACTCAGTGATGCTG11.3333333333333335No Hit
TCTCAGAGAACTCTTTCTTGATCCCTCCAGACTCGAAGTCGACCCTGCCA11.3333333333333335No Hit
TAGTAGCATTGCCACAACTACTTCAGTGCATGTGTGAGGAAGGAGTTGAA11.3333333333333335No Hit
CAGCCACTCTTGTTGGGAAACAAATCGTGGAATGGATCTTGAAAGAGGAA11.3333333333333335No Hit
GATAAATACATATACTACACTGTAGAGACCCATTAGAGCACATCCAGAAA11.3333333333333335No Hit
GAATAGCAATGGCCCAACAACAAGTACAGTTCATTACCCTAACGTATATA11.3333333333333335No Hit
CAATAAGACCACTGTGGACCATATGGCCATAATCAAAAAGTACACATCAG11.3333333333333335No Hit
GAGTAAGGATGGAGGACATCCTTAGACAGAATCCAACTGAGGAACAAGCC11.3333333333333335No Hit
GATGTTAACTTTGTAAGTATGGAGTTATCACTCACTGCCACGAGACTGGA11.3333333333333335No Hit
ATTCGACACTAATTGATGGCCATCCGAATTCTTTTGGTCGCTGTCTGGCT11.3333333333333335No Hit
CATCTGCACTCCCATTCGCTTCTGGTAGGCCTGCAAATTTTCAAGAATGT11.3333333333333335No Hit
CTCTGGGGCTCTGGGTTCAAAATCCCAGTGGGTCCCATAATCACACGCAC11.3333333333333335No Hit
GCATTTTTTCATCAAGGACAAGTTAAATTCATTATTTTTGCCGTCTCAGT11.3333333333333335No Hit
CATATTGCAAGCATGAGGAGGAACTATTTTACAGCAGAAGTGTCCCACTG11.3333333333333335No Hit
GCACTGGAGCTAGGATGAGTCCCAATAGTTATCATTGCATTTACCATCTG11.3333333333333335No Hit
GAGTACTAGAGGCTATGGCTATCCTAGAAGAATCCCACACAGGAAAATAT11.3333333333333335No Hit
ATTCTCCTATATGCACACAATTTGAAATTATTTTCATGAATTCGTCTTTC11.3333333333333335No Hit
ACACTAAGATATTCAAAGGGTGCAATTGACAGTTGCATGGGCCTCATATA11.3333333333333335No Hit
ATCTTGAGCTAGGAGGTTCCATTGGTTCTCACATATAGGAACATGGGCCT11.3333333333333335No Hit
GTCCAGTCCTGCTAGTATTCGCTGAGGGTTTGGAGCATTCAGTATGAGAG11.3333333333333335No Hit
CACCTATAATGTTCTCAAACAAAATGGCAAGACTAGGGAAAGGGTACATG11.3333333333333335No Hit
CAAAGGACTTAAACAGAATGCTCAAACGTCGAATCAAAGCCCGAAATTAC11.3333333333333335No Hit
GGAGGTTGCTAATCAGACTAGGCAGATGGTACATGCAATGAGAACTATTG11.3333333333333335No Hit
GGTAGGCCTGCAAATTTTCAAGAAGGTCATCTTTCAGACCAGCACTGGAG11.3333333333333335No Hit
GTCTGAATTTGTGTGTCTCCCCTATGGCACCTATATGTGTATCTGTAGTC11.3333333333333335No Hit
GGATAGCAAATAGTAGCAATCCCACAACTACTACAGTGCATGAGTGAGGA11.3333333333333335No Hit
GCATTAAGCAAAACCCAGGGATCATTAATCAGGCACTCCTCGATTGCTTC11.3333333333333335No Hit
TCCTTACTCCTCCAATCTGTCTGCTGTGGCACATTTCCAAGAGAGATGCT11.3333333333333335No Hit
GGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCACAAAGGAAAATTT11.3333333333333335No Hit
GTTGTAAGGCTTGCATAATTGTTATTTGTTCGAAAATAGTCTCTGACCCT11.3333333333333335No Hit
AGCAGGTACTGATCCAAAATGGAAGACATTGTGCGACAATGCTTCAATCC11.3333333333333335No Hit
CCTCTGCATTGTCTCCGAAGAAATAAGACACTTCATTACTCATGTCAAAG11.3333333333333335No Hit
TTTCTCATGAGGTTTGAGTATGTTAGGCTCTTTCGAGGATTTGATTGTCT11.3333333333333335No Hit
CTATTAGAAGATGCATTATATTCTCAATTTTCTTCTTTGTTGATTCATTG11.3333333333333335No Hit
TTCGTATACTTTGTTGAAACTTTAGCTAGGAGCATTTGCGAAAAGCTTGA11.3333333333333335No Hit
AGCAGGTACTGATCCAAAATGGAAGACTTTGTGCGACAATGCTTCAATCC11.3333333333333335No Hit
TCGCAAGCAGGAGGAGGAACTATTTTACAGAAGAAGTGACCCCATGAAGG11.3333333333333335No Hit
TATTTGCTGCAATGACGACAGGATCACTTGAATCCCTGCATCTGCACTCC11.3333333333333335No Hit
GGTCTATACCGACCAGTGAAAACACATCACATAAAAACTCATCCCCACTA11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CGCTGCC50.0145.0145
TGCACTC50.0145.05
CTCCCAT50.0145.09
CATCTGC50.0145.01
ACTCCCA50.0145.08
TCTGCAC50.0145.03
CACTCCC50.0145.07
GCACTCC50.0145.06
CTGCACT50.0145.04
ATCTGCA50.0145.02
Produced by FastQC (version 0.11.5)