FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S3_R2_A12.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S3_R2_A12.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTGATTCACATGAAAAGACAGAATTAGCCAGAAAGTGCGTTCAAAGATGC16.666666666666667No Hit
CACTACCTGAGGATAATGAACCAAGTGGGTATGCACAAACAGACTGTGTT16.666666666666667No Hit
AGATAAACTAACTCAAGGTCGCCAGACTTATGATTGGACATTAAACAGAA16.666666666666667No Hit
TGATCAAGATCAATGTTACCATGCTTATAATATCTTTGTCTCTTGTAAAC16.666666666666667No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG16.666666666666667No Hit
AGTATATGTAACACAACAGGGGTAGAGAAGCCTAAATTTCTTCCTGATTT16.666666666666667No Hit
AGTCAACACTTATCAATGGATAATCAGGAACTGGGAAATTGTGAAAATTC16.666666666666667No Hit
TTATAGGTGCCAGGCTCAGGAGGTGTCTGCACCCCACGGGTTGATTACTG16.666666666666667No Hit
GAAGAAGAGAGGCTATCGAATACGCTCACTGACATTAAATACGAGTACCA16.666666666666667No Hit
CTCGAACATGTACCCTTTCCCTAGTCTTGCCATTTTGTTTGAGAACATTA16.666666666666667No Hit
AAGCCATTCTTTGTCTGGANAGNTNNTNNNATANNCNNNNCNNNNNNGNN16.666666666666667No Hit
CAAATTCTCATAAAAGTTTCTACAAGCGAATCTCTGTATATTTTCAGAGA16.666666666666667No Hit
GTGCTCACATTTAGTAACATGGGCCTCGAAACTTGGCCTATCGCAGGCCT16.666666666666667No Hit
GTCAAAAAAGATGAAGAAGTGCTACCGTGCAACAACCACACAATGAAAAT16.666666666666667No Hit
CTGCTAGGGAAAAATTTCTCGAATAGATTGCAGCACTTCTGGTACATCTG16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)