FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S3_R1_B04.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S3_R1_B04.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GAATAAAAGAACAGAGAGATAAAATGTCGCAGTCCCGCACTCGCCAGATA11.6666666666666667No Hit
CCCAAATACTGCACATCCTCCATACACCCATCCAACAGGAACAGGATACA11.6666666666666667No Hit
CCGTAGACATATGCAAGGCATCAATAGTGATGAGGATTATCTCATCTTTC11.6666666666666667No Hit
CCATACAGCCATGGAACAGGAACAGGATACACCATGGACACAGTAAACAG11.6666666666666667No Hit
TATAGACTGTTGAATACAGATTTTGCCAGTAAGGTCCTGCACACTTTCCC11.6666666666666667No Hit
GGATGCAATTTTCCTCATTGACTGTGAATGTGAGAGGATCAGGGTTGAGG11.6666666666666667No Hit
GCAGGCAAACCATTTGAATGGATGTCAATCCGACTCTACTATACCTAAAT11.6666666666666667No Hit
CCGATGAGGACCCCAACTGCATTTTTGACATCCTCAAAAGTATGTCCTGC11.6666666666666667No Hit
CATTTGTTTCAAGTATTCGGATTTCCATTTCATCGACGAACGGCGAGATT11.6666666666666667No Hit
CAGAGAACTCTTCTTTCTTGATCCCTCCAGACTCGAAGTCGACCCTGGCA11.6666666666666667No Hit
AGAAACGAGGCGCTGCCATCATCAGACTCTTCAGCAGAATGAGCGAATGA11.6666666666666667No Hit
CTAGTGAACAGATTGCTGATTCTCAGCAGCGGTCTCACAGACAGATGGCT11.6666666666666667No Hit
TCCAAAAACAACTGCTTAATTAAAATCTCAGGGACTAATCTATACTCATG11.6666666666666667No Hit
GGTTTTCGGCTGAATCTAGAAAATTGCTTCTCATTGTTCAGGCACATAGG11.6666666666666667No Hit
GCATACCCAATAGCAACTCTCTTGGAAATGTCCCACAGAACACAGATAGG11.6666666666666667No Hit
ATCAATCTCTTTATGACTGACAAAGGGATTCAGGGGATTACAAAGTCTTC11.6666666666666667No Hit
CATTTGAATTCACAAGCTTTTTTTATCTCTATGGATTTGTGGCTAATTTT11.6666666666666667No Hit
GTCATACTCCTCAGCATTGTCTCCGAAGAAATAAGACACTACAATACTCA11.6666666666666667No Hit
CCATTACATCCTTAAAGAAATCTATTAGCCTTCCAGACTCATAAGCTGTT11.6666666666666667No Hit
CAGGATACACCATGGACACAGTAAACAGAACACACCAATACTCAGAAAAG11.6666666666666667No Hit
GGCCTCGACACTTGGCCTATCGCAGTCCTCAAGAGCATGTCTCCTATTTA11.6666666666666667No Hit
GCATTTTTTCATGAAGGACAATTTAAATACAATATTTTTGCCGTCTGAGT11.6666666666666667No Hit
GTTCTTTATCACTGTTACACCAATACTGGAGTGCGCTGATTCTTTTACGC11.6666666666666667No Hit
CTCAGGCCTAGGCAATAGATAATAGGCCCTCTTTTCGTGCGATTGGTCCA11.6666666666666667No Hit
GTACTATTTTGGACAGTATGGATAGCAAATAGTATCATTCCCACAACTAC11.6666666666666667No Hit
GGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTT11.6666666666666667No Hit
ATATAAGAAGAGGCCTTATTTTCTCAATTTTCTTCTTTGTTGATTCAATG11.6666666666666667No Hit
ATTCGACACTAATTGATGGCCATCCGAATTCTTTTGGTCGCTGTCTGGCT11.6666666666666667No Hit
CCTTAAACAGTATGACAGTCATGAGCCAGAGCCCAGATCTCTAGCAAGCT11.6666666666666667No Hit
GAGTGGTGGCATCTATACCATAAATCTAAAGAGAACCTGAGAGAAGCTTC11.6666666666666667No Hit
GCTTCATATAGACCCCAAAGAACGAAGTAAACAGCTTCCAGCTTGTCCCT11.6666666666666667No Hit
ACGTTCCATGGGGCCAAGGAGGTGTCACTAAGCTATTCAACTGGTGCACT11.6666666666666667No Hit
ATTCTGAGCGGATCACATGCACAATAATCCTCCCTGCCTCCTTCTGTCTA11.6666666666666667No Hit
CTTTAACACAAATGATCTACTCGTCTGAATTAGAGTGTCTCCCCTATGCC11.6666666666666667No Hit
ATGTGGTGAACATTGTAAGTATGGAGTTCTAACTCACTGCCCCGAGACTC11.6666666666666667No Hit
GCTGGAACAGATCATCATGATCTCAGAGAACTCTTCATACTTCATCCGTC11.6666666666666667No Hit
CTTTGGATCAGGTCATGATCCCGGGGTCCTGGGATCAAGCCCCACATTGG11.6666666666666667No Hit
ATATGGGCTCCTGTCTTTAATGGTTCCATTGGAATGATTGTCATTTAGCA11.6666666666666667No Hit
CTTTCCCAAAAGAGCCTTCCTCCACTCCCCAGGGTGACTCTCCGATTGGC11.6666666666666667No Hit
GGCAAAGGCTATGGAACAGATGGCTGGATCGAGTGAACAGGCAGCGGAGG11.6666666666666667No Hit
GTTGAACCAAGATGCATTAAGCAAAACCCAGGGATCATTAATCAGCCACT11.6666666666666667No Hit
CATTTGGAAGTTTGTTTCATGTATTCGGATTTCCATTTCATCGACGAACG11.6666666666666667No Hit
GTAAAATACTTCCTCCTCATTCTTGCGATATGTTCAATCGGCGAAACATC11.6666666666666667No Hit
TTTGGAAGTTTGTTACAAGAATTCGGATTTCCATATCATCGACGAACGGT11.6666666666666667No Hit
CTTCGCCACTAATTGATGGCCATCCGAATACTTTTGGTCGCTCGCTGGCT11.6666666666666667No Hit
CAGTAAGTATGCTAGAGACACCTTTTAGTATCATTAACAAAACAAAAAAC11.6666666666666667No Hit
AGCCTAAGGTATATAAAACTTATTTCGAAAAGGTCGAAAGCTTGCCACAG11.6666666666666667No Hit
GTGAAGATTCCGTATATTGTATAAGTTTGGTCCTCCATCTGATACTAATA11.6666666666666667No Hit
GTGTGGTTCTGTCGAAGCCAGCACAAGAACACGCCAGCAAGTCTGTGCCA11.6666666666666667No Hit
GTCATACTACTCTCCATTGTCTCCGAAGAAATAACACACTTCATTACTCA11.6666666666666667No Hit
GTAGTTGCCAGGAGTCTGACATGCTGTGGGTACAAAAACAACAGGCGTAT11.6666666666666667No Hit
TCACTGTTCCCATCCTGTTGTATATGAGGCCCATGCAACTGGCAAGTGCA11.6666666666666667No Hit
CTGCACACTGTCCAAAAACAGCCTTCCTCCACTCCCCTGGGTGCCACACC11.6666666666666667No Hit
AGTATATTGTCTTGGTGTATTTCTTTTGTCCAAGATTCAGTATCGAGACT11.6666666666666667No Hit
CTCTTATCTCTTGTTCTACTTCAAGCAGTAGTTGTAAGGCTTGCATAAAT11.6666666666666667No Hit
GCATTAAGCAAAACCCAGGGATCATTAATCAGGCACTCCACGATTGCGTC11.6666666666666667No Hit
AGTTAAATTAATTATTTTTGCCGTCTGAGTTCTTCAATGGTGGAACAGAT11.6666666666666667No Hit
GTCTTTGTTTTTTCTTCCCTATTGTTCTTTGCGTGACCATCTTCTTGGTC11.6666666666666667No Hit
GGATCTTGTGACCATTGAATTTTCACAATTTCCCACTTCCTGATTATCAA11.6666666666666667No Hit
GGTCCGCATGTGGATTCTGTCTACGTATGGCCACCCTCAGTCCTCCGCAA11.6666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
ACAGATC50.0145.07
GCTGGAA50.0145.01
CTGGAAC50.0145.02
GAACAGA50.0145.05
CAGATCA50.0145.08
TGGAACA50.0145.03
AACAGAT50.0145.06
GGAACAG50.0145.04
AGATCAT50.0145.09
ACGGAAA50.0145.0145
Produced by FastQC (version 0.11.5)