FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n02_FD_S3_R1_A01.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD_S3_R1_A01.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TTAGTGGTATTTGTCAGGGGGATCGTCGCTTCAGTTTAAATGTCCTGTAG14.166666666666666No Hit
GTCCCTAAGTGCCTTAACAATGAGAAGCAATTTTCTAGATTCATCCGCAA14.166666666666666No Hit
CTCTTGTGGAAAGCATTCCTCTTGGAATCACTTTCTTTCCTCTTATGAAA14.166666666666666No Hit
GATGACCACGAAATGAGGGAATATACTGATGGACGACCATCTTGGGCTGT14.166666666666666No Hit
TTATAGGTGCCATGCTCAGGATGTTTCTGAACCACTCGGGTTGATTTCTG14.166666666666666No Hit
ACCAAGAAGATGGTCACGCAAAGAACAATAGGGAAGAAAAAACAAAGACT14.166666666666666No Hit
GCAGATTTGGTAATCGTAGTTAAGTTCATTTAGCTTATTATATACCATCT14.166666666666666No Hit
GCTACTACCACCAATCCACTAATCAGGCATGAAAACAGAATGGTGCTGGC14.166666666666666No Hit
CTATTCTCCCAACCATTGTCAAATCATCAAACCCTTAATGTACTCTAATT14.166666666666666No Hit
GCATATTATACATACTCATAAGTATCACCTCCAAGAGAAGGTAATCGTGA14.166666666666666No Hit
ATCTAAAGCCGTATATTCTGTTGGCCAAAGAAGTAGATGCCCGTTGATTT14.166666666666666No Hit
AGCCAATAGTACGTTCCCTCTTTGATCTCTAACCATTAAAAATCGGTCAC14.166666666666666No Hit
TCCATTAGCTCACATTTTAAGCAGACTTCAGGAATGTGAAGATTACGTAT14.166666666666666No Hit
CTCATGGACTCAGGCACTCCTTCCGTAGAAGGCCCACTTTTCAAACCGTA14.166666666666666No Hit
CAATAGAGAGTATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATAC14.166666666666666No Hit
GCACATACCGACTGTGTTCTAGAGGATATGGCATTCCTTGCAGAATCCCC14.166666666666666No Hit
GTATTCCCTCCCCCTCGTGACTCGGGTCTTCAATACTTAATTTCAGAGCA14.166666666666666No Hit
TCATTCAGGTTGGAATGCCAAATCATGATATGAGTAAGACCTGCTGTTGC14.166666666666666No Hit
ATATACGGAATCTTCACATTCCTCAAGGCTGCTTAAAATGGGAGCTAATG14.166666666666666No Hit
GTATATTTTCATATACTCGAACCGTGTTACCAGTCAATTCAAGTCCTCCG14.166666666666666No Hit
GAATCGGTCAATTCACATCCCTTATTGAATTCATTTTGGACCCAGCTGGC14.166666666666666No Hit
AAGTATAAAATAATTCCGACATCTATAGTCGCAGAACCAAACTCGCGACA14.166666666666666No Hit
GATTGGGCAAGTTGAAAGAACGCGGGAGGGACGCGTAGTCAATTGCTGAG14.166666666666666No Hit
GAAGTGGTCAGACAATAGCAAGGAACTGAGAAGATCTCAATAACTTAATC14.166666666666666No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)