FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n02_FD-S4_R1_E12.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD-S4_R1_E12.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTATGCTAGAGTCCCGTTTCCGTTTCATTACCAACACCACGTCTCCTTGC22.666666666666667No Hit
AACTGTGAGTCTCTTCGTGGCCTTGTTATAGTTGAATACAGGAGAATTGC22.666666666666667No Hit
CTCCAGTACAGCGGGGTTGTCTATGGTGGACTTGAGCCAGTTGGTGTAGG22.666666666666667No Hit
AGATGTACACTCCAGGACGAGAAGTGAGAAATCATTATGTTGACCAAAGT11.3333333333333335No Hit
GAATGTGAGGGGATCAGGAATGAGAATACTTGTAAGGGGCAATTCTCCTG11.3333333333333335No Hit
GTGTATTAGGTTTGAGGAGTTTGGGTGGGAAGGAATAAACCAAAACTGAC11.3333333333333335No Hit
TTCCAATGATGAGCACTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCC11.3333333333333335No Hit
CCATATGGCCATAATCAAGAAGTACACATCAGGAAGACAGGAGAAGAACC11.3333333333333335No Hit
AGCAAGGACAAACTTTATGGAGTAAAATGAATGATGCAGGATCAGACCGA11.3333333333333335No Hit
GGATGTCTACCATCCTAATTCCTCCAATCTGTGTGCTGTGGCACATCTCC11.3333333333333335No Hit
CTCTGGCTGTGACATGGTGGAATAGGAATGGACCAATAACAAATACAGTT11.3333333333333335No Hit
CACTATGTTCCTAGCAGCAATAATCAAGCTTTGATCAACATCATCATTCC11.3333333333333335No Hit
AGTAGAAACAAGGTACACAATCCACAAACTTCACTGGCTTTCCTCAGCAT11.3333333333333335No Hit
GCATATATCCACGGCTTGCTCTTCTGTTGGGTTCTGCCTAAGGATGTCTA11.3333333333333335No Hit
GTACACATCTACTCCCTTTATCCTGCCATTTTGGGCACTAAGCGATTTCT11.3333333333333335No Hit
CACCTCTTCCTCTCTCTTGACTGATGATCCGCTTGTTCTCTTAAATGTGA11.3333333333333335No Hit
AAGCAGAGGCGGCAGCGCTGGCCTGGTCGAAGGACCGTGTGGCCCCAGAG11.3333333333333335No Hit
CCCTACTTACTTTACCCGTCTGGAATCAGTCTTTTATACAGGTGAATGTT11.3333333333333335No Hit
GCATAAAAAAAAACCAAAGAAACATTAAACATTAACACCACAATAACTTA11.3333333333333335No Hit
TGTCAACTCTCCGACGTATTTTGACTTGGTTTCTAAAATGGACAGGGCCA11.3333333333333335No Hit
AGTAGAAACAAGGTCGTTTTTAAACTATTCGACACTAATTGATGGCCATC11.3333333333333335No Hit
CAAGAAGTACACATCAGGAAGACAGGAGAAGAACCCAGCACTTAGGATGA11.3333333333333335No Hit
CATCTACACCCATTTTGCTGATTCTCACTCCTCTCATTGACATCTCGATG11.3333333333333335No Hit
CATGATAGAAGCCCAAAAAGTTATAGTGAAAAACACACTTCCTTGCCTAT11.3333333333333335No Hit
ACTTTGCTTTGGTGGAGCGGCTGCGAAGGGAAGAAGTTTTATTATCTGTG11.3333333333333335No Hit
CTCATGGAAATGTGCCCCAGCTCTCATCAGGGTTGATTAAGCAGGAAGGC11.3333333333333335No Hit
ATGTATGAGTTACTAATTGACTGGCCAGTATCAGCCAGGAGCTGTTTTCA11.3333333333333335No Hit
CCTTTGATGGTTGCATACATGTTGGAGAGAGAACTGGTCCGCAAAACGAG11.3333333333333335No Hit
TACCAATGCTAATTAAGAGAGGGACCTATCTCAGCTATCTGTCAATTTCG11.3333333333333335No Hit
CCGTGGACCATATGGCCATAATCAAGAAGTACACATCAGGAAGACAGGAG11.3333333333333335No Hit
GATACACTAACTGTCAATCCAAATTTAAAATGGCAACAACAATTCTAACA11.3333333333333335No Hit
TATCCACGGCTTGCTCTTCTGTTGGGTTCTGCCTGAGGATGTCTACCATC11.3333333333333335No Hit
CTCACAAAAACCAACGTGGACCATATGGCCATAATCAAGAAGTACACATC11.3333333333333335No Hit
GAAATGTACTACTGTCTCCCGAGGAGGTCAGTGAAACACAGGGAACAGAG11.3333333333333335No Hit
GGGCTGAAGTTCACTCTACGAACTGTTCAGCTGCCGGCTCTGGTGTGGCC11.3333333333333335No Hit
GTCCAACTCCCCAATTTTGAAAAAGCACTTTCGCATCCTTCTGAAAATGT11.3333333333333335No Hit
CTGATGATCCGCTTGTTCTCTTAAATGTGAATCCACCAAAACTGAAGGAT11.3333333333333335No Hit
GTAATCATGGAAGTTGTTTTCCCTAACGAAGTGGGAGCCAGGATACTAAC11.3333333333333335No Hit
CCAGAACCCATCATAAGAGCCACCCGACATTATATGGCACCCTGCTAGGC11.3333333333333335No Hit
CTCTCCAACATGTATGCAACCATCAAAGGAGAAATTTTGCAATCCTGGAG11.3333333333333335No Hit
GGAGATTGATTCAGCTGATAGTGAGTGGGAGAGACGAACAGTCGATTGCC11.3333333333333335No Hit
CCTCGGGAGACAGTAGTACATTTCCTCGTTGGTCCCGGATTCTCAAAAAA11.3333333333333335No Hit
GGATTGTATGATAAAAGCAGTCAGAGGTGATCTGAATTTCGTCAATAGGG11.3333333333333335No Hit
TAACACTTTACTTTTGAATTAAAAAGATGTGTCGTGTTAATTATTAATAA11.3333333333333335No Hit
ATCACATAGTAGATATAAATAAAGATAATCTACAGGTTATCAGAATGCAC11.3333333333333335No Hit
GTCACAGCCAGAGGTGATACCATCACTCGGTCTGATCCTGCATCATTCAT11.3333333333333335No Hit
TCCCATCACATTGTCGATAGGTTCAACTCCCAATTTCGAAAAAGCACTTT11.3333333333333335No Hit
GCCTACGCCCGCACGAAGGCCACCGCGGCAGCGCCGATCGGGAAGGTGCT11.3333333333333335No Hit
ATGTCAATGAGAGGAGTGAGAATCAGCAAAATGGGTGTAGATGAGTACTC11.3333333333333335No Hit
GTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGG11.3333333333333335No Hit
CATACAATCCTCTTGTGAAAATACCATGGCCACAATTATTGCTTCGGCAA11.3333333333333335No Hit
GTATTCCGATCATTCCCATCACATTGTCGATGGATTCAATTCCCCAGTTC11.3333333333333335No Hit
GTAGTTAAGGGAATCCATTAAAAAAGATTAAAGCTATAGCACCAAACCAT11.3333333333333335No Hit
CTATTAGCCTTCCTGACTCATTAGCTGTTAGGCCATTCGATCTAAAGACT11.3333333333333335No Hit
CTCCTGGAGTATACATCTGTTCCCAGCATGTTCCTTGAGTCAAATGCAAC11.3333333333333335No Hit
TGTCTGGCAATATCCCAATCATTCCCATCACATTGTCGATAGGTTCAACT11.3333333333333335No Hit
CAATTAAAACAAAACAAATAAACAAAATAAACTGGGCCTCGTATCTCAAT11.3333333333333335No Hit
CTAGTCAACACTTAGCAATGCATAATCACGAACTGCGAAATTGTGAAAAT11.3333333333333335No Hit
CCTTAAAGAAATCTATTAACAGACCTCACACAAAATCACTAAGACCATAC11.3333333333333335No Hit
ATACAGGAGAATTGCCCCTTACAAGTATTCTCATTCCTGATCCCCTCACA11.3333333333333335No Hit
CTCCAGCACGGAGAGGGTAGTGGTGAGCATTGACCGTTTTTTGAGAATCC11.3333333333333335No Hit
GCATTATAGGGTTCTGGGACCACTGAATTTTAACAGTTTCCCAGTTTCTG11.3333333333333335No Hit
CTTTAACTGAAGACCCAGATGAAGGCACAGCTGGAGTGGAGTCCGCTGTT11.3333333333333335No Hit
AGTTTGGTCCTCCATCTGATACTAATAGCCCTACCTTTGATTGGGTTTGA11.3333333333333335No Hit
CTGCATTCTACTTTGCTTTGGTGGAGCGGCTGCGAAGGGAAGAAGTTTTA11.3333333333333335No Hit
GAACATAGTGAGAAGAGCTGCAGTATCAGCAGATCCACTAGCATCTTTAT11.3333333333333335No Hit
TGATTACATCCTGTGCCTCCTTGGCACTGAGATCTGCATGACCAGGATTT11.3333333333333335No Hit
GTATGGCTGTTGCTCTTCTCCCAACCATTGTGAACTCTTCATATCCCTCA11.3333333333333335No Hit
CGTATCTCAATCTGAATTCCAACCTGACCTATAAGCAGCCCTGGATGTCA11.3333333333333335No Hit
GAGAATTAGCTCATCCTTCAGTTTTGGTGGATTCACATTTAAGAGAACAA11.3333333333333335No Hit
GGTTGCTTTTGATAAAGCATGACAAAGGCCCCTAAATGGCCATGGCTAAC11.3333333333333335No Hit
AAATGGTTCAAATTCCATTTTATTGTATAGCATTGTAGGGTTTTGGGACC11.3333333333333335No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TGTTGCT50.0145.08
GTATGGC50.0145.01
ATGGCTG50.0145.03
GGCTGTT50.0145.05
GCTGTTG50.0145.06
CTGTTGC50.0145.07
GTTGCTC50.0145.09
TGGCTGT50.0145.04
CAAAACT50.0145.0145
TATGGCT50.0145.02
Produced by FastQC (version 0.11.5)