FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n02_FD-S3_R2_H12.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n02_FD-S3_R2_H12.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATCCTGGAGTTCTTCTTTCTTCTCTTTGGTTATCGTTAGTTGCGATTCCG11.3333333333333335No Hit
GAATAGAACGATTCCTCTTGGGAATCCAGGAATGTGTAGTTGGAACGGCA11.3333333333333335No Hit
ATTGGCCATGTTTCCGATTTGTTTTCAAAGAATTCCTTGGTCATGTCTTT11.3333333333333335No Hit
CAAAGGTTCCATGCTTTAGCCTTTCGACTCTTTCAAAATAAGTTTCGTAG11.3333333333333335No Hit
GGATAGCAAATAGTAGCATTGCCACAACTACTTCAGTGCATGTGTAAGGA11.3333333333333335No Hit
TCCATTGATAGGTATTGACCAACACTGATTCAGGACCATTAATCTCCCAC11.3333333333333335No Hit
ACCAATCTGTGTGCTGTGGCACATCTCCAATAAAGATGCTAGTGGATCTG11.3333333333333335No Hit
GAGACGAACAGTCGATTGCCGAGGCAATAATTGTGGCCATGGTATTTTCA11.3333333333333335No Hit
ATCCTGCATCATTCATTTTACTCCATAAAGTTTGTCCTTGCTCATTTCTC11.3333333333333335No Hit
CACAATTATTGCTTCGGCAATCGACTGTTCGTCTCTCCCACTCACTATCA11.3333333333333335No Hit
TAATAAAACTTCTTCCCTTCGCAGCCGCTCCACCAAAGCAAAGTAGAATG11.3333333333333335No Hit
ACATTGAAGTGTTGCATTTGACTCAAGGAACATGCTGGGAACAGATGTAT11.3333333333333335No Hit
CTAAAAATCAAAAAGATAAAATGTAATTTCAACAAAATCAGTAAATAGGA11.3333333333333335No Hit
TGAGAGAAATGAGCAAGGACAAACTTTATGGAGTAAAATGAATGATGCAG11.3333333333333335No Hit
ATTTTATTTTTGGTATGTTTTGTAAAGTTTTTCGCATTTTTGTTGATAGT11.3333333333333335No Hit
AAACAAGGTCGTTTTTAAACAATTCGACACTAATTGATGGCCATCCGAAT11.3333333333333335No Hit
GGGGCGGGAGGGGGAGGGGATAGGTCTAGATGATGCAATCGGTGGGGTGA11.3333333333333335No Hit
GTAAAAGATGCTGAAGATCAGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAACT11.3333333333333335No Hit
CTGCAGTGGGACACTTCTGCTGTAAAATAGTTCCTCCTCATGCTTGCGAT11.3333333333333335No Hit
GTATTTTCACAAGAGGATTGTATGATAAAAGCAGTCAGAGGTGATCTGAA11.3333333333333335No Hit
TCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAAC11.3333333333333335No Hit
GCCAGACAGCGACCAAAAGAATTCGGATGGCCATCAATTAGTGTCGAATA11.3333333333333335No Hit
GATCTTCATGATCTCAGAGAACTCTTCTTTCTTGATCAGTCCAGACTCGA11.3333333333333335No Hit
GAATGGTGCTGGCTAGCACTACGGCAAAGGCTATGGAACAGATGGCTGGA11.3333333333333335No Hit
TTAGTATCCTGGCTCCCACTTCGTTAGGGAAAACAACTTCCATGATTACA11.3333333333333335No Hit
CCTATATGAACTGCTAGGGAAAAATTTCTCGAATAGATTGCAGCACTTCT11.3333333333333335No Hit
CTCCGAAGTTGGGGGGGAGCGAAAGCAGGTCAATTATATTCAATATGGAA11.3333333333333335No Hit
CATTAATGCAGCGGATCCAGACATGATAAGATACATTGATGAGTTTGGAC11.3333333333333335No Hit
CATTGTGAACTCTTCATATCCCTCATGCACTCTTATCTTCAATGTTTGAA11.3333333333333335No Hit
GCTAGGAACATAGTGAGAAGAGCTGCAGTATCAGCAGATCCACTAGCATC11.3333333333333335No Hit
AAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAA11.3333333333333335No Hit
GCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCATGAGCCACCACG11.3333333333333335No Hit
GGTTCTGGGACCACTGAATTTTAACAGTTTCCCAGTTTCTGATGATCCAT11.3333333333333335No Hit
GTTCTGATGAGTGGGAAGGGCAGTCCAAGAAACCCCAGAGATGCGCCCCC11.3333333333333335No Hit
TAACAAATACAGTTCATTATCCAAAAATCTACAAAACTTATTTTGAAAGA11.3333333333333335No Hit
ACTGTCTCCCGAGGAGGTCAGTGAAACACAGGGAACAGAGAAACTGACAA11.3333333333333335No Hit
CGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCC11.3333333333333335No Hit
ATCCCGGCCATCTGGCGGATGCCCTCGCGCGTATCCGTGAGGTCGGCGAA11.3333333333333335No Hit
GTCAGTAAGTATGCTAGAGTCCCGTTTCCGTTTCATTACCAACACCACGT11.3333333333333335No Hit
CTGACTGCTTTTATCATACAATCCTCTTGTGAAAATACCATGGCCACAAT11.3333333333333335No Hit
GTTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAAC11.3333333333333335No Hit
TCTCAGGTCCTTGCGTTTCACTGACTTCTTCGGGAGCCAATAGTACGTTC11.3333333333333335No Hit
CTTTCGGACTGACGAAAGGAATCCCATAGACTCCTACTGGCCATTTCTTG11.3333333333333335No Hit
TTATAGGTGCCATGCTCAGGATGTTTCTGAACCACTCGGGTTGATTTCTG11.3333333333333335No Hit
AGGAATGGACCAATAACAAATACAGATCATTATCCAAAAATCTACAAAAC11.3333333333333335No Hit
TCAAAACACAAATCGGAAATAAAAGCATACAACAAGAAATAAACGTGGGA11.3333333333333335No Hit
ACATCATCATTCCTCACTCCCCCTCCTGGAGTATACATCTGTTCCCAGCA11.3333333333333335No Hit
CTCCGAAGTTGGGGGGAAGCGAAAGCAGGTCAATTATATTCAATATGGAA11.3333333333333335No Hit
TTTTTAAACTATTCGACACTAATTGATGGCCATCCGAATTCTTTTGGTCG11.3333333333333335No Hit
ATGTCAATGAGAGGAGTGAGAATCAGCAAAATGGGTGTAGATGAGTACTC11.3333333333333335No Hit
GATAGTGAGTGGGAGAGACGAACAGTCGATTGCCGAAGCAATAATTGTGG11.3333333333333335No Hit
GAGCAAGGACAAACTTTATGGAGTAAAATGAATGATGCAGGATCAGACCG11.3333333333333335No Hit
TTATTGCTGCTAGGAACATAGTGAGAAGAGCTGCAGTATCAGCAGATCCA11.3333333333333335No Hit
CACAAGAGGATTGTATGATAAAAGCAGTCAGAGGTGATCTGAATTTCGTC11.3333333333333335No Hit
CCCTATTTGTTTATTTTTCTAAATACATTCAAATATGTATCCGCTCATGA11.3333333333333335No Hit
ATACTCACTAAGACCACTGTGGACCATATGGCCATAATCAAAAAGTACAC11.3333333333333335No Hit
TACTATTTCACAATAAGGCTTTACAATAAAAAGGACAATGAACATAAACA11.3333333333333335No Hit
GAGTACTTACGAATCCCCTGTACCGTCCTCAGGTGGCATTAGTGACAAGA11.3333333333333335No Hit
AGTCAAGAGAGAGGAAGAGGTGCTTACGGGCAATCTTCAAACATTGAAGA11.3333333333333335No Hit
TTCCTCATTCTGGGCAAAGAAGACAAGAGATATGGGCCAGCACTAAGCAT11.3333333333333335No Hit
TCAATGATGTGGGAGATTAATGGTCCTGAATCAGTGTTGGTCAATACCTA11.3333333333333335No Hit
ATCCTGGACTATCATACTCGTCTGCATTGTATACTTATATATAAGCCACA11.3333333333333335No Hit
GTGTTGAGTCGCATATAGACTGTTGAAGACATATTTTGCCAGTAAGGTAC11.3333333333333335No Hit
CTCCAGGAGGGGAAGTGAGGAATGATGATGTTGATCAAGGCTTGATCATT11.3333333333333335No Hit
CGGAGGGAGAGAATCTGAGGCAGAGGACGCTGGTGTTGGAGGAGGTGGTT11.3333333333333335No Hit
GTGTAGATGAGTACTCCAGCACGGAGAGGGTAGTGGTGAGCATTGACCGT11.3333333333333335No Hit
CCCACTGTATTGGCCTCTAATGGCCTTAGGTACTAAAGACTGAAATGGTT11.3333333333333335No Hit
GCATAAATGTTATTTGTTCGAAACTATTCTCTGTCGCTTTCAATCTGTGC11.3333333333333335No Hit
TTATTGTATAGCATTGTAGGGTTCTGGGACCACTGTATTTTAACAGTTTC11.3333333333333335No Hit
ACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAG11.3333333333333335No Hit
GTGTACAGCCTTGGCGTAGCGTTTGTGTAAAGAGACTGAAATGCTAAAAA11.3333333333333335No Hit
TTCCAGAAATGGGGAATTGAATCCATAGACAATGTGAGGGGAATGATCGG11.3333333333333335No Hit
GGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTAC11.3333333333333335No Hit
TCCTAATGTTAAATACATATTCTACACTGTAGAGCCCCATTAGAGCACAT11.3333333333333335No Hit
ACTTTATGGAGTAGAATGAATGATGCAGGATCAGACCGAGTGATGGTATC11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AACAAGG50.0145.02
GCCTTCT50.0145.0145
GTCGTTT50.0145.08
AAACAAG50.0145.01
TCGTTTT50.0145.09
AAGGTCG50.0145.05
AGGTCGT50.0145.06
CAAGGTC50.0145.04
ACAAGGT50.0145.03
GGTCGTT50.0145.07
Produced by FastQC (version 0.11.5)