FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_H08.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_H08.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC45

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCATTAATCCGGCACTCCTCGATTGCTTCATATAGCCCCCCAATATCGAA16.666666666666667No Hit
GGACAAGTTAAATTCATTATTTTTGCCGTCTGAGTTCTTCAATGGTGGAA16.666666666666667No Hit
CATTTGCTCCATTAGACGATACTGGACCACAACTGCCTGTCTTATCATTA16.666666666666667No Hit
CTGCATCTGCACTCCCATTCGCTTCTGGTAGGCCTGCAAATTTTCAAGAA16.666666666666667No Hit
ACCTTTGATTGGGTTTGATCCCACATCTTCTTTAACTCAAATGATCTTCT16.666666666666667No Hit
CTCCTCGATTGCTTCATATAGCCCCCCAAGATCGAAGGTTCCAGGTTCCA16.666666666666667No Hit
CATTTGACACTGTCCAAATAATAAAAGTTCTCACCTATGCTGCTGCCCCA16.666666666666667No Hit
AAGGGATTCAGGGGATTACAAAGTCTTCCCCGATAATCATCATCCATTAG16.666666666666667No Hit
TGGCCAATCGGAGAGTCACCCAGGGGAGTGGAGGAAGGCTCTATTGGGAA16.666666666666667No Hit
AAACAGAACACACCAATACTCAGAAAAGGGAAAGTGGACGACAAACACAG16.666666666666667No Hit
TAAGAAATCTATTAGCCTTCCTGACTCATTAGCTGTTAGGCCATTCGATC16.666666666666667No Hit
GGTAAGGGCTGAGGTGATGCAGGGGAGCCAGCAGTGTTACTTTCCCAGAG16.666666666666667No Hit
TCGCAGTCTGGCTGTCAGTAAGTATGCTAGAGTCCCGTTTTCGTTTCATT16.666666666666667No Hit
GCCATAATCAAAAAGTACACATCAGGAAGGCAAGAGAAGAACACCGCACT16.666666666666667No Hit
GACTCCACCCCAAGAACTGTAGGTCGTTTGGTTGCCTTGTTGTAATTGAA16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)