FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_G01.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_G01.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGCTGTCTGGCTGTCAGTAAGTATGCTAGAGTCCCGTTTTGGTTTGATTA14.166666666666666No Hit
ATTAGAAACAAGGCATTTTTTCATGAAGGACAAGGTAAATTAATTATTTT14.166666666666666No Hit
GTCCAACAAATTAGCAAAAAACAATCAGGAGATGGGACTCTTATAAGAAA14.166666666666666No Hit
AGATGAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAACGTACGTTCTTTCTATCATCCCG14.166666666666666No Hit
GGAAAGGATGAATGGGGAAGACAACATGAGCTTAAGTTCTATTTGCAAAT14.166666666666666No Hit
GCCAGGCACAAAGCACCTGGAGGCCAGGCTCTCCCTCGACCCCTCTGGGA14.166666666666666No Hit
GCAGAGCAAGAATCAAAACTAGGCTTTTCACTATAAGACAAGAAATGGCC14.166666666666666No Hit
TTATAGGTGCCATGCTCAGGATGTTTCTGAACCACTCGGGTTGATTTCTG14.166666666666666No Hit
CTTCTGGGATAATTCCAGTAACTTGTGTCTCAGGTTGGCGGCTTCCCTCT14.166666666666666No Hit
GTTTAAGGTCTCCAACATCTTTGCAGTCATCAAAGTCTACTTTTTCTGGT14.166666666666666No Hit
AACTAACTCAAGGTCGCCAGACTTATGATTGGACATTAAACAGAAATCAA14.166666666666666No Hit
AATGTAAATCTAACGAATTCTCACAAGAACCGGGAATGAGGAATCAGCAG14.166666666666666No Hit
GGTATATTCTCTAGACGTACTAGGCAGGGTTACCAGCTTCCATTTCATTT14.166666666666666No Hit
GTCTTATACAATCCAGCCCTGTTAGTTCTGGATGCTGAACAAAACTCCCG14.166666666666666No Hit
CTACCATCTGAGTCAGCCGCGCACCCCTGAAAGTTATTGTTACAAGGAAA14.166666666666666No Hit
TATAGAAGGAGGTTCCACATCACTAATCATTATGGAAACGCACATCAAAA14.166666666666666No Hit
CCAATCAAACAGCTCATGTTTCCAGCATCGCTGAGGTATGAGGTCACTAG14.166666666666666No Hit
GAACCCCGCACTCAGAATGAAGTGGATGATGGCAATGAGATACCCAATTA14.166666666666666No Hit
ATTTTGTTTTATCGGCTATTAGTAGTTCTTTGCAGTTCCGTGGCAGCTTT14.166666666666666No Hit
GGATTGGGTGATGCCCCATTCCTTGATCGGCTCCGCCGAGATCAAAAGTC14.166666666666666No Hit
CCTCTCCAGTGAATGAAAAGATGTGAATGTGTGTCTTCTCAGATTTTATT14.166666666666666No Hit
GAGACGTCTTTTTATTTCAATTGGATATAAATCTTAGCGATAGAATGCTC14.166666666666666No Hit
ATCATGTTGTGGCCCGACTGCTTTCCCTTTCTTCCTTCTGTAGCCCCGGT14.166666666666666No Hit
GTCTTATCATTAGGGCGTGGATTGTCTCCGAAAATCCCACTGCATATGTA14.166666666666666No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)