FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_F01.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_F01.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AGTAGAAACAAGGTACTTTTTTGGACAGTATGGATAGCAAATAGTAGCAT13.3333333333333335No Hit
TCATTCTTTTACTCTCGAACATGTACCCTTTCCCTAGTCTTGCCATTTTG13.3333333333333335No Hit
ATCATTGCCCTCTGGGCAGCTGTTTGAAATTTTCCTTTGAGGATATTGCA13.3333333333333335No Hit
CCTTCATTATGTATTCAGTAGCCCTGCAGTGGGACACTTCTGCTGTAAAA13.3333333333333335No Hit
TTTTTGGACAGTATGGATAGCAAATAGTAGCATTGCCACAACTACTTCAG13.3333333333333335No Hit
TGGCTGCACAGGATGCATTGAGCAAGGCCGTATTTATGTACACTCCCTTC13.3333333333333335No Hit
TCTTACAACGAAAATGGGACCTGCCACTCCCCTGCTCTCTAAACATCAAA13.3333333333333335No Hit
CTACTAAGGGCTTTCACTGAGGAGGGAGCAATAGTTGGAGAAATTTCACC13.3333333333333335No Hit
CTCCTGGTCGTTATGGCCCAGTATCTGCTTCTCAGTTGCAGGGTATTGGG13.3333333333333335No Hit
CACTCGCGAGATACTCACTAAGACCACTGTGGACCATATGGCCATAATCA13.3333333333333335No Hit
TGTCAAGAGAAGTGAACGCCAAAATTGAACCATTCTTGAGGACGACACCA13.3333333333333335No Hit
CTTCTATGGTGTTGGCCAATGCAGTTGCTGCCGGTTGATTTCTGTTTAAT13.3333333333333335No Hit
TGCGATATGTTCAATCGGGGCAACATCTTCTCCTATTTCATCAAGTTCTA13.3333333333333335No Hit
GCCCCTAACTGCCTTGATCATGCAATCCTCCTGTGAGAATACCATGGCCA13.3333333333333335No Hit
CCTATATGTGAGCACCAATGGCCCCTCCAAGATCAAGATGAAATGGGGCA13.3333333333333335No Hit
AGGTAGTGAAGGTCTCCCATTCTCATCACAGTTTCTCCAAGCGAATCTCT13.3333333333333335No Hit
CCTGATATCCCTCCCTGGCCCGTATAGGTCCTAAGCAAGTAGTCACTAAA13.3333333333333335No Hit
CACCGAACTTCCCCAGCCTTGAAAACTTTAGAGCCTATGTAGATGGATTC13.3333333333333335No Hit
GAGTATTTTTGCTAGTCATAAGTCCCATTTATGACACTTTCCATGCACGT13.3333333333333335No Hit
AGATGGATTCGAGCCGAACGGCTGCATTGAGGGCAAGCTTTCCCAAATGT13.3333333333333335No Hit
GGGGAGGGAATACCACTATATGATGCAATCAAATGCATGAAGACATTCTT13.3333333333333335No Hit
GAGTTGAACCAAGATGCATTAAGCAAAACCCAGGGATCATTAATCAGGCA13.3333333333333335No Hit
GGCAAATGTTGTGAGAAAGATGATGACTAATTCACAAGACACAGAGATTT13.3333333333333335No Hit
ACTCATGTCAGCTGATTCATTTACTCCAGACACTCCAAAGCTGGGTAGCT13.3333333333333335No Hit
GTCCTGGGATGATGATGGGCATGTTCAACATGCTAAGTACGGTCTTGGGA13.3333333333333335No Hit
GTATATTGTCTTGGTGTATTTCTTTTGTCCAAGATTCAGTATCGAGACTC13.3333333333333335No Hit
TCTAATAAGAGCACTGACATTAAATACGATGACCAAAGATGCAGAGAGAG13.3333333333333335No Hit
ATGTTGCCCCGATTGAACATATCGCAAGCATGAGGAGGAACTATTTTACA13.3333333333333335No Hit
CCATAGAAGTCTTTAGATCGAATGGCCTAACAGCTAATGAGTCAGGAAGG13.3333333333333335No Hit
ATGAGATACCCAATTACAGCAGACAAGAGAATAATGGACATGATTCCAGA13.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)