FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_C09.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_C09.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTGTACGGGTGTTCGCTCATTAAAACATATTCTGTCTGGGTGTAAAACTA23.3333333333333335No Hit
GGAGAGGGAATGTGATGAAGAGAGAACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAG23.3333333333333335No Hit
CTTTCCTTCATCGGTGTTTTGATGACCAAGTGGTGGCCGACGTCCCAGAC23.3333333333333335No Hit
AACTTTGGGCTATGACTGGTAACCGCATTATATTCATAGTTGGAGCCATT11.6666666666666667No Hit
CTCTGTGTGTGTGTGTGTTTCTGAAAGTGCGTTTGTGTGTGAGTGTGTGT11.6666666666666667No Hit
GAGAGAGGTAAAGAAGAGAGAGAGGTAAAGAAGAGGGAGAGGTAAAGAGA11.6666666666666667No Hit
AAGCAGGAGGAACTGGGGAGCTGATCTGGGATGCTGAATGTACCACTGCA11.6666666666666667No Hit
GTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTAGACTTCACT11.6666666666666667No Hit
GTGTTAGTTCAGATTAATTCACGACCCCAAGTAGTCTGCGAGTGTCTCAG11.6666666666666667No Hit
CTTGTGTGATACACGGGGATGGTGCTCGGCCTGCCTCTGTGATTGATAGC11.6666666666666667No Hit
ACTTTGGGCTATGACTGGTAACCGCATTATATTCATAGTTGGAGCCATTT11.6666666666666667No Hit
GGCAATGGATGAACTGGCATGTGTCAGTTGGAAGATCAGCTGGAGAGAAC11.6666666666666667No Hit
GTGTGTGAGTGTGTGTCTATGCGTGTGTGAGAAGGCTCCACTGGCGAACT11.6666666666666667No Hit
GTGTTGTTGATGAACATAGATACTAATTATGCCAGTAAAACACCATTCTC11.6666666666666667No Hit
CCCCCAACCCCCACCACGACCTCTCCTCATTCAGAGCACTGCAAGGAGAC11.6666666666666667No Hit
GAAAAAGGGTCAAAGATGCCACTGTTGACAAGCGACACCTACATGTGAGG11.6666666666666667No Hit
GTAAAGAAGAGAGCGAGAGAGGTAAAGAGAGCAGGAGAGAGAGGTAAAGA11.6666666666666667No Hit
GTGAGCCAGTGGTTGTGGCTGAGACACTCGCAGACTACTTGGGGTCGTGA11.6666666666666667No Hit
GTTTTGATGACCAAGTGGTGGCCGACGTCCCAGACCCACCCCCCTCCGTA11.6666666666666667No Hit
TCGTGGTACCGCTGCAGGTCAGAGGGGGCGATGTACGGCTTGGTCCCGCC11.6666666666666667No Hit
ACCAAGTGGTGGCCGACGTCCCAGACCCACCCCCCTCCGTATTCATAACG11.6666666666666667No Hit
ATATATTCATAGTTGGAGCCATTTTTTATGTCCTCCTAACTCTGCAGACC11.6666666666666667No Hit
CTGTAACTATGGAAGTGACTTTGCCTTCTATTCCCCATTCCTCCATGAGC11.6666666666666667No Hit
TTTTATGTCCTCCTAACTCTGCAGACCACCTCAGTCAGTGGGTAGGTGAA11.6666666666666667No Hit
GTGTGTGTGTGTGTTTCTGAAAGTGCGTTTGTGTGTGAGTGTGTGTCTAT11.6666666666666667No Hit
GTATGTGTTTTCTGTGATTTTATTGGTCACAGACATGCTATTCTGGTTAG11.6666666666666667No Hit
GGTAAACACACGGCCTTAGCCAGCCGATGCATCTGAGCTCCTGACAGCGG11.6666666666666667No Hit
ATTATAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGCTGTCTCTTATACACAT11.6666666666666667No Hit
CCTGCTAGACCAGCTGGCCCCAGTTCTTTTGGGAGTTCTGCCTTTTCCGA11.6666666666666667No Hit
TCACATATCTCAGTGTTAGTTCAGATTAATTCACGACCCCAAGTAGTCTG11.6666666666666667No Hit
AGACACACGCCACTACCAGAGACAACAACAGATACACCTCAACATGATTT11.6666666666666667No Hit
AAAACATATTCTGTCTGGGTGTAAAACTAGCCTCACCCAGGTCCGCTACG11.6666666666666667No Hit
TCCTAACTCTGCAGACCACCTCAGTCAGTGGGTGGGTGAAGACAGAAGCT11.6666666666666667No Hit
AACAGATACACCTCAACATGATTTCACATATCTCAGTGTTAGTTCAGATT11.6666666666666667No Hit
GTGTGTGACCTTGCTGATCTTGTGGGTGTTTCTTGGTGGACAGGGGAGTA11.6666666666666667No Hit
GGGTGTGCGTTTTTTTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGT11.6666666666666667No Hit
GGTCAGAGGGGGCGATGTACGGCTTGGTCCCGCCGCAGATCTGAAAAAGA11.6666666666666667No Hit
TGACAGCCCAGGATTTGCCTCTTTCTCTCCTTCCCTCTCTCTCTCACTCT11.6666666666666667No Hit
GGGGAGAGACGGAGCGGCGAGGGGGAACTGGCCCGCCACCTGCAGGCCCG11.6666666666666667No Hit
AAGCAGGTCTCTTGTGTGATACACGGGGATGGTGCTCGGCCTGCCTCTGT11.6666666666666667No Hit
GAGGTAGGAGAGGGGGATGATTAAAGATGAAAAAAGTGTTTGTGAAAGAG11.6666666666666667No Hit
GGTAAAGAGAGCAGGAGAGAGAGGTAAAGAGAGCAAGAGAGAAGTAAAGA11.6666666666666667No Hit
ATATTCATAGTTGGAGCCATTTTTTATGTCCTCCTAACTCTGCAGACCAC11.6666666666666667No Hit
TCCCAGACCCACCCCCCTCCGTATTCATAACGGGTTAAGACACACGCCAC11.6666666666666667No Hit
AAGCAGGGGCAATGGATGAACTGGCATGTGTCAGTTGGAAGATCAGCTGG11.6666666666666667No Hit
CTATTCCCCATTCCTCCATGAGCGACCTCTTCGCAGCTGAGATGTTATCT11.6666666666666667No Hit
GCAGACCACCTCAGTCAGTGGGTGGGTGAAGACAGAAGCTGCAAGTTGTG11.6666666666666667No Hit
AGTGGTGGCCGACGTCCCAGCCCCACCCCCCTCCGTATTGATAACGGGTT11.6666666666666667No Hit
CACACGCATAGACACACAATCACACACAAACGCACTTTCAGAAACACACA11.6666666666666667No Hit
CACAAAGAGGCAGCACAATAGACCTCCACTCCACACCGAGATGGATGAAG11.6666666666666667No Hit
GAATGTTTCCTCTGTGAAGAAGATTAAAGTAGGAGTGACTCACAGTGAGC11.6666666666666667No Hit
AATGTTTCCTCTGTGAAGAAGATTAAAGTAGGAGTGACTCACAGTGAGCT11.6666666666666667No Hit
GCTGCAAGTTGTGTACGGGTGTTCGCTCATTAAAACATATTCTGTCTGGG11.6666666666666667No Hit
CATCGAGGCTCTTTTTCACCACTAAGTTCAGAGCATGAACAAAGCAGATG11.6666666666666667No Hit
ACCCCAAGTAGTCTGCGAGTGTCTCAGCCACAACCACTGGCTCACTTTTT11.6666666666666667No Hit
CCTCCGTATTCATAACGGGTTAAGACACACGCCACTACCAGAGACAACAA11.6666666666666667No Hit
GTTAAGACACACGCCACTACCAGAGACAACAACAGATACACCTCAACATG11.6666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AAGTAGT50.0145.0145
AGTGGTG50.0145.05
ACCAAGT50.0145.01
AAGTGGT50.0145.04
GGTGGCC50.0145.08
GTGGTGG50.0145.06
GTGGCCG50.0145.09
TGGTGGC50.0145.07
CCAAGTG50.0145.02
CAAGTGG50.0145.03