FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_A01.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S4_R2_A01.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATTGAGTTAGAAGACATGGCGCGTAACAGGGAAGATGTAGCATTGCTGGA16.666666666666667No Hit
GGAGTACATTTAGCAGAACTAGAAACGCTCTATCTAACTCGTGGTCAACA16.666666666666667No Hit
GTGGAGACCGTATTAATAAGCGGCTCCTTCATATTTGGGGCCATTAGCCC16.666666666666667No Hit
TCTTTAACTCAAATGATCTTCTCGTCTGAACCATCTTCTTGGTCATGTTG16.666666666666667No Hit
CTGTGGACCATATGGCCATAATCAAAAAGTACACATCAGGAAGGCAAGAG16.666666666666667No Hit
CAATGGCCCTGAGGCAGTGCTAGTCAACACTTATCAATGGAGAATCAGGA16.666666666666667No Hit
GTATTCGCACAGGAGGATTGCATGCTCAAGGCTGTTAGGGGCGATCTGAT16.666666666666667No Hit
CTAGACGTATCTGTTCAAACCGTAAAATCTTTTAGTTTGCACCAGGTTCT16.666666666666667No Hit
ACAGCAAACTACAGAATGAAAAATGGATGAATGTCAAAGTGGGAGACGTC16.666666666666667No Hit
AGCAATGGAGAGAGAGTCATTTGTGGATCAAGTACGAGAAATTATTGAAA16.666666666666667No Hit
TTTTTAAACAATTCGACACTAATTGATGGCCATCCGAATTCTTTTGGTCG16.666666666666667No Hit
GACATGTGCGTATAGCAATAAGAAGGTATTCACCATAAGCACTACTGCGC16.666666666666667No Hit
GGCGTGGTGTCGACCTCAAGAATGCTTCAAATTTGGCGTTCACTTCTTTT16.666666666666667No Hit
GACGACACAGAGACTGGTGCACCCCAGCTCAACCCGATTGATGGACCACT16.666666666666667No Hit
GCCTGGCTTGTAGTGTAAGCCCTCAATAAAAGTAACTGGAAGTGTCAATT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)