FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_H05.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_H05.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GAAACGATTTCCGTGAAAAAGACAACATTTCTCCTGTCACGTGGCTCCTG16.666666666666667No Hit
GTCCTGGGATGGAGCACCGCATCGGGCTCTCTGCTCAGCAGGGAGCCTGC16.666666666666667No Hit
GCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATG16.666666666666667No Hit
CTGCAGGGCTACTGAATACATAATGAAGGGAGTGTACATAAATACGGCCT16.666666666666667No Hit
GGTTCATGCTCATGCCTAGGCAAAAGATAATAGGCCATCTTAGCGTGCGA16.666666666666667No Hit
ATCCCATAGACTCCTACTGGCCATTTCTTGTCTTATAGTGAAAAGCCTAG16.666666666666667No Hit
GTCTTTAGATCGAATGGCCTAACAGCTAATGAGTCAGGAAGGCTAATAGA16.666666666666667No Hit
CCACCATCAAGGGAGCAATTTTACAATCCTGGAGCTCTTCTTTCTTCTCT16.666666666666667No Hit
AAACAGAACACACCAATACTCAGAAAAGGGAAAGTGGACGACAAACACAG16.666666666666667No Hit
GCCAAGAGCAGTGTTTAATCAAAACAGGAAAAATAATAGAGGAAAAATTC16.666666666666667No Hit
TTCTTGATCCGTCCAGACTCGAAGTCGACCCTGGCATCAATCCGGGCCCT16.666666666666667No Hit
CATAGTGAATGCACCAAACCATGAGGGAATACAAGCAGGAGTCGACAGAT16.666666666666667No Hit
GGAGCAAAACAAACGATGCTGGATCAGACCGAGTGATGGTATCACCTCTG16.666666666666667No Hit
GCACCAATATTGAATCATTATGGTAAATGGTAAAAACTATCAGCCCAGAA16.666666666666667No Hit
CTGCTAGGGAAAAATTTCTCGAATAGATTGCAGCACTTCTGGTATCTGTT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)