FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_F10.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_F10.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCTATATGAACTGCTAGGGAAAAATTTCTCGAATAGATTGCAGCACTTCT24.166666666666666No Hit
CCATAGGGGAGTGAACCAAATTAAGACTCGAAAATCATTAAAGAAATATA12.083333333333333No Hit
ATCCGGGAATGTGTAGTTGCAACGGCATCATATTCCATGCTTTTGGCTGG12.083333333333333No Hit
GTTCCAGGTTGTCCCTAAGTGCCTGAACAATGAGAAGCAATTTTCTAGAT12.083333333333333No Hit
TTACCAACACTACGTCCCCTTGCCCAATTAGCACATTAGCCTTCTCTCCT12.083333333333333No Hit
CCTGAGAATGATTTGTGATGTCCGGCCTTCAGGCAGAGTGCCATAAGGAC12.083333333333333No Hit
GAATTCCTTGGTCAGGTCTTTCTCTTTGACAGAAGACTCGGCCTCAATCA12.083333333333333No Hit
AGAGGAAATAGAGATAACACCCCACTTTCAAAGAAAAAGGAGAGTAAGAG12.083333333333333No Hit
GAGACCGAATCATGGCCTGGACAGTGGTGAACTTTGTAAGTATGGAGTTC12.083333333333333No Hit
CTCCTCGATTGCTTCATATAGCCCCCCAAGATCGAAGGTTCCAGGTTCCA12.083333333333333No Hit
ATCATATTCCATGCTTTTGGCTGGACCATGGGCTGGCATTACCACAGCAT12.083333333333333No Hit
GCTGTGAACTGTGTATTCATCTTTTCAATAACAGAATTTACTTTGTTAGT12.083333333333333No Hit
CTACAGGACCTGCAAGTTAGTGGTAATAAACATGAGCAAAAAGAAGTCCT12.083333333333333No Hit
CACTACGTCCCCTTGCCCAATTAGCACATTAGCCTTCTCTCCTTTTGCAA12.083333333333333No Hit
GGGGACTTCCCGTGGGTGCGGAGTCCGGGAAAGCTGCCGAAGAAAGTGAA12.083333333333333No Hit
CCTGAGGTCTGCTTAAAATGGGAGCTAATGGATGATGATTATCGGGGAAG12.083333333333333No Hit
AATATATTCAATATGGAGAGAATAAAAGAACTGAGAGATCTAATGTCGCA12.083333333333333No Hit
GGGTTTGTCCTTGTTCATTCCTCTCTGGAATCATTATTCTCTTGTCTGCT12.083333333333333No Hit
GTCCTGAAGTCTGCTTAAAATGGGAGCTAATGGATGATGATTATCGGGGA12.083333333333333No Hit
CCTCTAATCTGCATCCCAGGTGTTGCGATAGCCCTTCTTTTTAACTTGCC12.083333333333333No Hit
TAGATGAATACTCCAGCACGGAGAGAGTGGTAGTGAGTATTGACCGATTT12.083333333333333No Hit
CTTGAGGCATTTCCAAAAAGATGCAAAAGTGCTTTTCCAGAACTGGGGAA12.083333333333333No Hit
GAATAGGAATGCACAAACAACAAGTACAGTACAAAACCCTAACGTATATT12.083333333333333No Hit
GTGTAGTTGCAACGGCATCATATTCCATGCTTTTGGCTGGACCATGGGCT12.083333333333333No Hit
ATTGACTGCTCGTCTCTCCCGCTTACTATCAACTGGATCAATCTCCTGGT12.083333333333333No Hit
GACATTATCAGATGGAGGACCAAACTTATACAATATACGGAATCTTCACA12.083333333333333No Hit
ATTTGGAAGTTTGTTTCATGTATTCGGATTTACATTTCATCGACGAACGG12.083333333333333No Hit
GCCTCAATCCTGCTCTCAATCTGCTGAAGAGACTGAAGAAGGCAGCGCCT12.083333333333333No Hit
CATTTCATCGACGAACGGGGTGAATCAATAATTGTAGAATCTGGTGACCC12.083333333333333No Hit
ATGCTGTGCAATCTATTAGAAGAGGCCTTATTTTCTCAATTTTCTTCTTT12.083333333333333No Hit
GAGAAGTTGACAATAACTTATTCGTCATCAATGATGTGGGAGATCAATGG12.083333333333333No Hit
GACAATATACTGGTGGGATGGGCTCCAATCATCCGACGATTTTGCTCTCA12.083333333333333No Hit
GTTCGAGAGTAAAAGAATGAAGATTCGAACACAAATACCAGCAGAAATGC12.083333333333333No Hit
GTGGGACCCAGGAGTTTTGATCGATTATGAGGAGCTTAGAGAGCAATTGA12.083333333333333No Hit
ATTCTACACTGTAGAGACCCATTAGAGCACATCCAGAAACTGATTGCCCC12.083333333333333No Hit
ACATAGTAAGAAGAGCAGCAGTGTCAGCAGACCCATTAGCATCTCTCTTG12.083333333333333No Hit
CAGTAAACAGCACACACCAATACTCAGAAAAGGGAAAGTGGACGACAAAC12.083333333333333No Hit
TGTCAATAGGGCAAACCAGCGACTGAACCCCATGCACCAACTCTTGAGGC12.083333333333333No Hit
CATGTACCCTTTCCCTAGTCTTGCCATTTTGTTTGAGAACATTATAGGTG12.083333333333333No Hit
TTTCTGCTCTGGAGGTAGTGAAGGTCTCCCATTCTCATCACAGTTTCTCC12.083333333333333No Hit
AACCAAGTGGGTATGCACAAACAGACTGTGTTCTAGAGGCTATGGCTTTC12.083333333333333No Hit
AACCAGAGTTAGAATCACACTCCACAGCAAGCTCATGGTGCAACATTTAT12.083333333333333No Hit
GATCTTGAAAGAGGAATCCAGCGAGACACTTAGAATGAAAATTGCATCTG12.083333333333333No Hit
TATATGAACTGCTAGGGAAAAATTTCTCGAATAGATTGCAGCACTTCCGG12.083333333333333No Hit
TCACAAGACACAGAGATTTCTTTCACAATCACTGGGGACAACACTAAGTG12.083333333333333No Hit
AATCAAAAAGTACACATCAGGAAGGCAAGAGAAGAACCCCGCACTCAGAA12.083333333333333No Hit
CTATTAGAAGAGGCCTTATTTTCTCAATTTTCTTCTTTGTTGATTCATTG12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)