FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_E10.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_E10.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTGTTACTCCAATACTCATGTCAGCTGATTCATTTACTCCAGACACTCCA213.333333333333334No Hit
CCATGCACCAACTCTTGAGGCATTTCCAAAAAGATGCAAAAGTGCTTTTC16.666666666666667No Hit
GATCAGGGTTTAGTAGGTTGGGAATTTTAAGCAAGCCTCCCAAATGGGTT16.666666666666667No Hit
ATCGTATTTAATGTCAGTGCTCTTATTAGATAGCCTCTCTTATTCAGTCT16.666666666666667No Hit
ACCTGCATCCTTTCCAAGAACTGTAAGTCGTTTGGTTGCCTTGTTGTAAT16.666666666666667No Hit
ATTCTACACTGTAGAGACCCATTAGAGCACATCCAGAAACTGATTGCCCC16.666666666666667No Hit
AAAGAGAACCGGTTCATTGAAATTGGAGTAACACGGAGGGAAGTCCACAT16.666666666666667No Hit
TTTGAATTCACAAGCTTTTTTTATCGCTATGGATTTGTGGCTAATTTTAG16.666666666666667No Hit
CATTAGCCTTCTCTCCTTTTGCAAGATTGCTCAGTTCATTGATGCTTAAT16.666666666666667No Hit
CCATTGATCTCCCACATCATTGATGACGAATAAGTTATTGTCAACTTCTC16.666666666666667No Hit
CAGCCACTCTTGTTGGGAAACAAATCGTGGAATGGATCTTGAAAGAGGAA16.666666666666667No Hit
CATTTGGTCTCATCAGGCTGACCACTTGGCTGTTTTGGAGAAATTTGAAT16.666666666666667No Hit
CTTCTTACTATGTTTCTAGCAGCGATAATCAAACTTTGGTCAACATCATC16.666666666666667No Hit
GAAGAACCCCGCACTCAGAATGAAGTGGATGATGGCAATGAGATACCCAA16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)