FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_B08.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_B08.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TGTTGTATCTTACTCTCCTTATTCTTACAAAGTGGGTTGTTATCTCTATT11.3333333333333335No Hit
CTTTTACTCTCGAACATGTACCCTTTCCCTAGTCTTGCCATTTTGTTTGA11.3333333333333335No Hit
ATTTAACCAATGGAACCTCCAAGATCAAGATGAAATGGGGCATGGAAATG11.3333333333333335No Hit
GTATCTGCTTCTCAGTTCCAGGGTATTGGAGTCCATGGTGTCCACATTCT11.3333333333333335No Hit
GTTGTGAGAAAGATGATCACTAATTCACAAGACACAGAGATATCTTTCAC11.3333333333333335No Hit
ATGATAAACAATGACCTTGGACCTGCAACGGCCCAGATGGCTCTTCAATT11.3333333333333335No Hit
ATCAGGCACTCCTCGATTGCTTCATAAAGCCCACCAAGATCGAAGGTTCC11.3333333333333335No Hit
CTTCTTTCTTGATCCGTCCAGACTCGAAGTCGACCCTGGCATCAATCCGG11.3333333333333335No Hit
GTATGGATAGCAAATAGTAGCAATGCCACAACTACTTCAGTGCATGTGTG11.3333333333333335No Hit
CTCCTGGTCCTTATGGGCAAGTATCTGCTTGTCAGATCCAGCGTATTGGA11.3333333333333335No Hit
AGGGACAAGAGACTGAAATCGTTCAAATTCCATTTTGTTGTATAACATTG11.3333333333333335No Hit
GTAGAAACAAGGTCGTTTTAAAACAAAACGACACTAATTGATGGCCATCC11.3333333333333335No Hit
GGAAAGAATATGGGGAAGATCCGAAAATCGAAACTAACAAGTTTGCTGCA11.3333333333333335No Hit
ATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGG11.3333333333333335No Hit
TGTGATTTCACTAGAATCAGGATAACAGGAGCTTTCCTCATAGTGATAAT11.3333333333333335No Hit
CTTCCAAGCCATGACGTAATTGGGATTTATGCCTTTCTCATGTGGTTTGA11.3333333333333335No Hit
GGCCACGAAAGCGGACTACCCGCTTGACGATGAGAGCACGGCATGAATCA11.3333333333333335No Hit
GAATGGCTAAAGACAAGACCAATCTTGTAACCTCTGACTAAGGGAATTTT11.3333333333333335No Hit
GGAATGGGGACCCGAACAACATGGATAGAGCAGTTAAACTATACAAGAAG11.3333333333333335No Hit
CGCAGAGACTGGAAAGTGTCTTTGCAGGAAAGAACACAGATCTTGAGGCT11.3333333333333335No Hit
CTCCTCGATTGCTTCATATAGCCCCCCAACATCGAAGGTTCCAGGTTCCA11.3333333333333335No Hit
GACAATATACTGGTGGGATGGGCTCCAATCATCCGACGATTTTGCTCTCA11.3333333333333335No Hit
TCCCAATGATAAGCAAATGTAGGACCAAAGAAGGAAGACGGAAAACAAAC11.3333333333333335No Hit
CAGCATCTGCACTCCCATTCGCTTCTGGTAGGCCTGCAAATTTTCAAGAA11.3333333333333335No Hit
GAACAATGAGAAGCAATTTTCTAGATTCAGCCGAAAACCCCTCAAGTTGT11.3333333333333335No Hit
CACAATCACTGGGGACAACACTAAGTGGAATGAAAATCAAAATCCTCGAA11.3333333333333335No Hit
GAAGTGGGCACTCGGTGAAAATATGGCACCAGAAAAAGTAGACTTTGATG11.3333333333333335No Hit
GTATAGACATCTTAACAATATTGTTCTTCCAATCCATTAGCATGGATAGT11.3333333333333335No Hit
CAATATGGGGAAGATCCGAAAATCGAAACTAACAAGTTTGCTGCAATATG11.3333333333333335No Hit
GATTGAGAGCATGATTGAGGCCGAGTCTTCTGTCAAAGAGAAAGACATGA11.3333333333333335No Hit
ATGGAAAGAAAAGCTGGATCTGGTATTATCATTTCAGATACACAAGACCA11.3333333333333335No Hit
CTGGAGTATTCATCTACTCCCATTTTGCTGACTCTTATCCCTCTCAGCGA11.3333333333333335No Hit
GGATGGGAACAGTGACCACAGAAGCTGCTTTTGGTCTAGTGTGTGCCACT11.3333333333333335No Hit
TGCTCATGCCTAGCCAAAAGATAATAGGCCCTCTTTTCGTGCGATTGGAC11.3333333333333335No Hit
GGGTTTGTTAAGAAGGGCAAACTGGGAAATGTTGTGAGAATGAAGCTGTG11.3333333333333335No Hit
CATATAGACTGTTGAATACAGATTTTGCCAGTAAGGTCCTGCACACTTTC11.3333333333333335No Hit
TCTCCCAGGAGCCTCTGGGAAATGCTGATGCCCGAACTTCACCCCTGCCT11.3333333333333335No Hit
GAGAAGCAATTTTCTAGATTCAGCCGAAAACACCTCAAGTTGTGGAGACG11.3333333333333335No Hit
CCAGAGCCCAGATCTCTAGCAAGCTGCGTCCAAAAAGAATTAAATAAGCA11.3333333333333335No Hit
GATCATTAATCAGGCACTCCTCGATTGCTTCATATAGCCCCCCAAGATCG11.3333333333333335No Hit
CATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATCCCACAGAAATC11.3333333333333335No Hit
TCCTAAAAATTCCAGCGCAAAATGCCATAAGCAACACATTCCCTTATAAT11.3333333333333335No Hit
GTACACATCAGGAAGGCAAGAGAAGAACCCCGCACTCAGAATGAAGTGGA11.3333333333333335No Hit
CAACATGGATAGAGCAGTTAAACTATACAAGAAGCTCAAAAGAGAAATAA11.3333333333333335No Hit
TTCAATCTGTGCCGCATTTCTTCAATTAACCACCTTATTTCCTCAAATTT11.3333333333333335No Hit
ATACAAGAAGCTCAAAAGAGAAATAACGTAACATGGGGCCAAGGACGTGT11.3333333333333335No Hit
GTGGAGACGCATATAGACTGTTGAATACAGATTTTGCCAGTAAGGTCCTG11.3333333333333335No Hit
GGGCGACGGAGGTGTCACTAAGCTATTCAACTGGTGCACTTGCCAGGTGC11.3333333333333335No Hit
TTCACTATGAGAGCAAAATCGTCGGATGATTGGAGCCCATCCCACCACTA11.3333333333333335No Hit
GCCCCTGCATCCTTTCCAAGAACTGTAACTCGTTTGGTTGCCTTGTTGTA11.3333333333333335No Hit
GGATCAATCTCCTGGTTGCCTTTCTGAGAATAGCTGTTGCTCTTCTCCCA11.3333333333333335No Hit
AGTAGAAACAAGGACGTTTTTAAACAATTCGACACTAATTGATGGCCATC11.3333333333333335No Hit
CGTCTCTCCCGCTTACTATCAACTGGATCAATCTCCTGGTTGCCTTTCTG11.3333333333333335No Hit
GTTCCATTGGTTCTCACATATAGGAACATGGGCCTCGACACTTGGCCTAT11.3333333333333335No Hit
ATTGAGGGCAAGCTTTCCCAAATGTCAAAAGAAGTGAACTCCAAAAATGA11.3333333333333335No Hit
AAACAAGGTTTCTCCCAGTAGCCGGCGGAACAGGCAGTGTTTATATTGAA11.3333333333333335No Hit
CTCCACTCCTGGTCCTTATGGCCCAGTATCTGAGTCTCAGTTCCAGGGTA11.3333333333333335No Hit
GTTTTTTACTCTAGCTCTATGTTGACAAAATGACCATCGTCAACATCCAC11.3333333333333335No Hit
CACACAAACACACACCACAGCAAGCTCATGCACCAAAGAACTAAAAACAA11.3333333333333335No Hit
AAACAGAACACACCAATACTCACAAAAGGGAAAGAGGACGACAAACACAG11.3333333333333335No Hit
CTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGC11.3333333333333335No Hit
GACGCGAGGATCACTTGAATCGCTCCATCTGCACTCCCATTCGCTTATGG11.3333333333333335No Hit
GGTACTGATCCAAAATGGAAGACTTTGTGCGACAATGCTTCAATCCAATG11.3333333333333335No Hit
GGATAAGCTCAACTATCAGTATTGGTGGGATCACATTCAAAAGGACAAGC11.3333333333333335No Hit
CTTACAAAGTTCACCACATAAGTATCATTTCTCAAATGAGCCCTTCCTTT11.3333333333333335No Hit
CCACTATATGATGCAATCAATTGCATGAAGACATTCTTTGGCTGGAAAGA11.3333333333333335No Hit
ACATCCAAATGAGCACTGAACTCAAACTCACTGATTATGAGGGACGACAA11.3333333333333335No Hit
CATATAGACTGTTGATTACACATTTTGCATGTAATCTCCTGCAAAATTTC11.3333333333333335No Hit
CAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTATAGATGAGAGAAGAAATAAATAC11.3333333333333335No Hit
CCCCAAGATCGAAGGTTACAGGTTCCAGGTTGTCCCTAAGTGCCTGAACA11.3333333333333335No Hit
GGTTCATTATAAAAGGAAGGTCTCATTTGAGAAATGATACTCATGTGGTG11.3333333333333335No Hit
GCAAATAGTAGCATTGCCACAACAAATTCAGTCCATGTGTGAGGAAGGAG11.3333333333333335No Hit
ATGGATAATCAGGAACTGGGAAATTCTGAATATTCAATGGTCACAACATC11.3333333333333335No Hit
GCTCAACCCGATTGATCGACCACTACCAGAGGATTCTCAACACAAGCCAA11.3333333333333335No Hit
CCTCCATACAGCCATGGAACAGGAACAGGATATTCGAGAAATTTTTCCCT11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
ATGGGGA50.0145.04
GTATGGG50.0145.0145
GGACCCG50.0145.08
GAATGGG50.0145.02
TGGGGAC50.0145.05
AATGGGG50.0145.03
GGGACCC50.0145.07
GACCCGA50.0145.09
GGAATGG50.0145.01
GGGGACC50.0145.06
Produced by FastQC (version 0.11.5)