FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_A12.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R2_A12.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCTTCTTGGTCATGTTGTCTCTTACTCTCCTTTTTCTTTGAAAGTGGGTT16.666666666666667No Hit
ATCCAGCGAGACACTTAGAATGACAATTGCATCTGTACCTACTTCTCTCT16.666666666666667No Hit
CTGCATTGGCCAACACCATAGAAGTCTTTAGATCGAATGGCCTAACAGCT16.666666666666667No Hit
CTTCAGGTCAATGATTGCTAGAATTTCGTCTGGTATTTGTGTTCGAAGCT16.666666666666667No Hit
ATCTGAGGGGGCGTGGTGTCGTCCTCAAGAATGGTTCAATTTTGGCGTTC16.666666666666667No Hit
GAATAAGAGAGGCTATCTAATAAGGGCACTGACATTAAATACGATGACCA16.666666666666667No Hit
TTATTGAATTCAGTTTGGAACCCGCTGGCGAGATCTCTTGGCTATTGCTC16.666666666666667No Hit
GCCTCTTACCAGTATCCTCAACCCTGATCCTATCACATTCACAGTCAATG16.666666666666667No Hit
AAGGAATTCTTTGAAAACAAATCGGAAACATGGCCAATCGGAGAGTCACC16.666666666666667No Hit
GTATTGGAGTAACAGTGATAAAGAACAACATGATAAACAATGACCTTGGA16.666666666666667No Hit
ATGAAGGGAGTGTACATAAATACGGCCTTGCTCAATGCATCCTGTGCAGC16.666666666666667No Hit
CCTCTAATCTGCATCCCAGGTGTTGCGATAGCCCTTCTTTTTAACTTGCC16.666666666666667No Hit
CTCGGTGAAAATATGGCACCAGAAAAAGTAGACTTTGATGACTGCAAAGA16.666666666666667No Hit
GTTTTATTATTTGGACAGTGTCAAATGTCCCACGCACATCCCTCATTTGA16.666666666666667No Hit
GAACGTCACCAAATTGAAGGTAGGGGCTAAGCTGAAACAGCCAGTCTTCT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)