FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R1_F05.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R1_F05.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC46

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATATGGGGAAGATCCGAAAATCGAAACTAACAAGTTTGCTGCAATATGCA16.666666666666667No Hit
CACCAATACTCAGAAAAGGGAAAGTGGACGACAAACACAGAGACTGGTGC16.666666666666667No Hit
TTCTAACCGAGGTCGAAACGTACGTTCTTTCTATCATCCCGTCAGGCCCC16.666666666666667No Hit
AGAGAGTGGTAGTGAGTATTGACCGATTTTTAAGGGTTAGAGATCAAAGA16.666666666666667No Hit
AAACAAGGGTGTTTTTTATCATTAAATAAGCTGAAACGAGAAAGCTCTTA16.666666666666667No Hit
CAGTAATCCACAATATAAGGTGCAAGATCCCAAGGATATTTGCTGCAATC16.666666666666667No Hit
ACCTGAGGATAATGAACCAAGTGGGTATGCACAAACAGACTGTGTTCTAG16.666666666666667No Hit
GTTGTCCCCAGTCATTGTGAAAGAAATCTCTGTCTCTTGTGAATTAGTCA16.666666666666667No Hit
CACCAACAGCCTTTCTCAGAAAAGCAAGGACGTGAATGTAACACGACAAA16.666666666666667No Hit
GCCTAATGCTGGGCCATCATCCACTTCATTCTGAGTGCGGGGTTCGTCTC16.666666666666667No Hit
TTCCTAGGTACTTGCCATCCCCTCTCCCCCAAAGACCAGAAAATTGCTCC16.666666666666667No Hit
GTTCAAGCTTTTCGCAAATGCTCCTAGCTAAAGTTTCAACAAAGTATACG16.666666666666667No Hit
CCCCAGTCCCTTATACTGGAGCTCCTCAATACAGCAATGGCACAGGAACA16.666666666666667No Hit
GTTTCCTTTGGCATATCCGCAAGCGATTTGCAGACAATGGATTGGGTGAT16.666666666666667No Hit
ACCCAGCAGGATCTCCTTATTGAACTGTGACCAGGACACGGAACGGTGCT16.666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)