FastQCFastQC Report
Sat 26 Sep 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R1_C01.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R1_C01.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTTGATGGTGGGCCGAGTCGTGTGGTTGCTCTGTGTGTAATGAATAAGG14.166666666666666No Hit
AGGGAAAGTGGACGACAAACACAGAGACTGGTGCACCCCAGCTCAACCCG14.166666666666666No Hit
TCTGTGTGCTGTGGCCCATTTCCAAGAGAGATGCTAATGGGTCTGCTGAC14.166666666666666No Hit
ATTGATGGCCATCCGAATTCTTTTGGTCGCTGTCTGGCTGTCAGTAAGTA14.166666666666666No Hit
GATTATGGAAGTTGTTTTCCCAAATGAAGGGGGGGCTAGAATACTGACAT14.166666666666666No Hit
GTGGGGGAGGGGGGGGCCAGTGCCGGTTCCCCCTTTCACCGTGCCTGGTT14.166666666666666No Hit
TTGCTAATCAGACTAGGCAGATGGTACATGCAATGAGAACTATTGGGACT14.166666666666666No Hit
GTCAGTAAGTATGCTAGAGTCCCGTTTTGGTTTAATTAACAACACTACGT14.166666666666666No Hit
ACTTAATGAGATGAGACCAATTGGAATCAATGGTCACGTAGGCCAACAAA14.166666666666666No Hit
AACCCATACAGGTTTGTTTTAGGTCTGCCTTCGTTGGTCCTACATTTGCT14.166666666666666No Hit
ACACCCTTGATGAAGAGAGCAGGGCAAGCATCAAAACTAAGGTGTTCGCT14.166666666666666No Hit
AAACAAGGGTGTTTTTTATCATTAAATAAGCTGAAACGAGAAAGCTCTTA14.166666666666666No Hit
CGCCTGGAGTGTACATCTGCTCCCAGCACGTACCTTGGGTTAAGTGATAC14.166666666666666No Hit
CCTTATGTCCATATGCAAAAAGTACACCACATGACCGAAATACAGGCCCC14.166666666666666No Hit
GGGGTGCTGCATGCTGTAGTTGGACGCCTTTCCGTAGGGTTATAAGTTGC14.166666666666666No Hit
GTCCAGCCTCGAAGTCGACCCGGGCAGCACTCCGGGCCCTAGACACCATG14.166666666666666No Hit
GGCCTTATATTGTCAATATTGATCTATGTAGAGTCATTAAAGAACTACAG14.166666666666666No Hit
AGTCAGTGAAACGCAAGGAACTTAGAAGTTGACAATTACATATTCGTCAA14.166666666666666No Hit
GTGCCAGAACAATGAGAAGCAATTTTCTAGATTCAGCCGAAAACCCCTCA14.166666666666666No Hit
GACCAGCACTGGAGATAGGCTGATTCACAATAGTTCTCATGGCAGGTCCA14.166666666666666No Hit
GCGGAAAAGGCAATGAAAGAATAGGGGGAAGCTCCGAAAATCGAAACTAA14.166666666666666No Hit
AGCTAGTATTTAAAAATCGAGCTATGTTTACAAAAAGACCATCGTCAAAA14.166666666666666No Hit
GCCTTATTGAATTCATTTTGGACCCAGATTGCTATAGATCTGGGCTCTGG14.166666666666666No Hit
TCCCAGGGCTCAGTCATCCTCTGCCATCTATAAGAAGAGGCCTTATTAAC14.166666666666666No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)