FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n01_FD_S3_R1_B04.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD_S3_R1_B04.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTTCCTGGCGATGATTACATATATCACCAGATTTCAACCCGAGTGGTTCA11.6666666666666667No Hit
CAGTTAACACAACACACCAATACTCACAAAACCGAAAGTCGACGACAAAC11.6666666666666667No Hit
CATCTGCACTCCCATTCGCGTCTGGTAGGCCTGCAAATTTTCAAGAAGGT11.6666666666666667No Hit
AACAGACTGTGTTCTAGAGGCTATGGCTTTCCTTGAAGAATCCCACCCAG11.6666666666666667No Hit
ATTCAAATTACTCCAAAACAGCCTAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATG11.6666666666666667No Hit
TTCTTGATCCGTCCAGACTCGAACTCGACCCTGGCATCAATCCGGGCCCT11.6666666666666667No Hit
GAGCGATCTAATGTCTCAGTCCCGCACTCGCGAGATACTCACTAAGCCCA11.6666666666666667No Hit
AATGAATGTCAATCCGACTCTACTTTTCCTAAAAATTCCAGCGCAAAATG11.6666666666666667No Hit
GCTCTATGTTGACAAAATGACCATCGTCAACATCAACAGCACTCGGCTGT11.6666666666666667No Hit
GAAGAAGAAGTGCTAACGGGCAACCTCCAAACACTGAAAATAAGAGTACA11.6666666666666667No Hit
ACTGGGGACAACACTAAGTGGAATGAAAATCAAAATCCTCGAATGTTCCT11.6666666666666667No Hit
CTCCTGGGATGGGCTCCAATCAACCCACGATTAACCTCTCATAGTGAAAC11.6666666666666667No Hit
TTCCTTGATCGGCTCCGCCCAGATCAAAAGTCCTTAAAACGAAGAGGCAA11.6666666666666667No Hit
CTAAGACCACTGTGGACCATATGGCCATAATCAAAAAGTACACATCAGGA11.6666666666666667No Hit
GGCAGTGAAAGAATATGGGGAAGATCCGAAAATCGAAACTAACAAGTTTG11.6666666666666667No Hit
CACAAACACGTAACAAATTGTAAAACCTGGTTTCAACCTCCGCATGAAAA11.6666666666666667No Hit
ATCTGATACTAATATACCTACCTTTGATTTGGTTTGATCACACAGCTTCA11.6666666666666667No Hit
GCTTGTGTTGAGAATAGAACGATTCCTCTTGGGAATCCAGGAATGTGTAG11.6666666666666667No Hit
GTGTAATCTTTAACCGATTAGAGACCTTGATACTACTAAGGGCTTTCACT11.6666666666666667No Hit
ATGCCACACATGTGCAGAACTTCCTGGGCCAGCATCCACATCAGACCATC11.6666666666666667No Hit
CTCCAGGATGGGAAAAGTGCGCACTGGAGGTTGGATTCCAGTAGAGACAG11.6666666666666667No Hit
TGATAAGTCAATGAACAACATTACAACAGCATATTCTGGGGTTGGTGGAC11.6666666666666667No Hit
TCCGAATTCTTTTGGTCGCTGTCTGGCTGTCAGTAAGTATGCTACAGTCC11.6666666666666667No Hit
CTCATAGTGAATGCACCAAACCATGAGGGAATACAAGCAGGAGTGGACAG11.6666666666666667No Hit
AAATAGTAGCATTGCCACAACTACTTCAGTGCATGTGTGAGGAATGAGTT11.6666666666666667No Hit
GTTTTGATTCTTGCCCTGCTCTCTTCGTCAAGGGTGTAGTCCGCTTTGGT11.6666666666666667No Hit
TTCCCAATAGCGCCTTCCTCCACTACCCTGGGTGACTCTCCGATTGGCCA11.6666666666666667No Hit
CAGGAACTATGCGCAAGCTTGCCGACCAAAGTCTCCCACCGAACTTCCCC11.6666666666666667No Hit
CACTTTCCCAATAGAGCCTTCCTCCACTCCCCTGGGTCCAGGCCATGATT11.6666666666666667No Hit
TCATTAAATAAGCTGAAACGAGAAAGCTCTTATCTCTTGTTCTACTTCAA11.6666666666666667No Hit
TAGTAGCATTGCCACAACTACTTCAGTGCATGTGTGAGGAAGGAGTTGAA11.6666666666666667No Hit
AACCATTTGAATGGATGTAAATCCGACTCTACTTTTCCTAAAAATTCCAG11.6666666666666667No Hit
GTTTGCTGCTATATGCACACATTTGGAAGTTTGTTTCATGTATTCGGATT11.6666666666666667No Hit
GTCTGTATGACAATTGGAATGGCTAACTTAATAATACAAATTGGAAACAT11.6666666666666667No Hit
CCTTCATTGTTCCCGCTCAATGCTCCCATAACCGTTCCACTTACAAAAGG11.6666666666666667No Hit
GGTCAAATATAATCAATATGGAGAGAATAAAAGAACTGAGAGATCTAATG11.6666666666666667No Hit
GAAAATCGAAACTATTTGGAAGTTTGTTTCAAGTATTCGGATTTCCATTT11.6666666666666667No Hit
GACAGGGACATTTGAATTCACAAGCTTTTTTTATCGCTATGGATTAGTGG11.6666666666666667No Hit
CGAAAGCAGGGGGCGTGGAGAGGGAGAAGAGACTTCCCTCTGAGCAGGGA11.6666666666666667No Hit
CAATGCATCCTGTGCAGCCATGGATGACTTTCAGCTGATCCCAATGATAA11.6666666666666667No Hit
CTTTCCCAATAGAGCCTTCCTCCACACCCCTGGGTGACTCTCCCATTGGC11.6666666666666667No Hit
TCCCAGTAGTGGGCAATGAAAAGAAGGCCAAACTGGCAAATGTTGTGAGA11.6666666666666667No Hit
CAATGAAAGAATATGGGGAAGATCCGAAAATCGAAACTAACAAGTTTGCT11.6666666666666667No Hit
AGTAGAAACAATGTACTTTTTTGGACAGTATGGATAGCAAATAGAAGCAT11.6666666666666667No Hit
CCCCAGTGCTGTCCAGTTGTGTCACAAACTCACTACATGACTTCAGGGAA11.6666666666666667No Hit
CCACAAGACCGGTCCAGATTCCTTCAAATGAGAAAGTCGAAACCATGCAC11.6666666666666667No Hit
CACTACGACCCCTTGCCCAATAAGCACATAAGCCTTCTCTCCTTTTCCAA11.6666666666666667No Hit
GTATTCATCTACTCCCATTTTGCTGACTCTTTTCCCTCTCAGCGACATCT11.6666666666666667No Hit
CATTTGGAAGTTTGTTTCATGTATTCGGATTTCCATTTCATAGACGAACG11.6666666666666667No Hit
AATGTAGGCTGCACACTGATCTGGCCTGCGGATGCCTTTTGTTTATTGGT11.6666666666666667No Hit
GTCTAAGGATGTCCACCATCCTTACTCCTCCAATCTGTGTGCTGTGGCAG11.6666666666666667No Hit
CTCAAGAGTTGGTGCATGGGGTTCAGTCGCTGGTTTGCCCTATTGACAAA11.6666666666666667No Hit
CAAGGTAGTTTTTTACTCTAGCTCTATGTTGACAAAATGACCATCGTCAA11.6666666666666667No Hit
CTTCTAACCGAGGTCGAAACGTACGTTCTTTCTATCATCCCGTCAGGCCC11.6666666666666667No Hit
GATTGAACATATTGCAAGCATGAGGAGCAACTATTTTACAGCAGAAGTGT11.6666666666666667No Hit
CTATGGTGTTGGCCAATGCAGTTGCTGCCGGTAGATTTCTGTTTAAACTC11.6666666666666667No Hit
GTGGGTTGTAATCACAATAACCTCTTTGTTCATACATTCCATAACATCCT11.6666666666666667No Hit
CAGTAAACAGAACACACCAATACTCAGAAAAGGGAAAGAGGACGACAAAC11.6666666666666667No Hit
ATACTCAGAAAAGGGAAAGTGGACGACAAACACAGAGACTGGTGCACCCC11.6666666666666667No Hit
CATTTGTTTCATGTAATCGGATTTCCATTTCATCGACGAAAGGGGTGAAT11.6666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CAGTTAA50.0145.01
CACAACA50.0145.08
ACACAAC50.0145.07
AGGCTAT50.0145.0145
TAACACA50.0145.05
TTAACAC50.0145.04
ACAACAC50.0145.09
AACACAA50.0145.06
GTTAACA50.0145.03
AGTTAAC50.0145.02
Produced by FastQC (version 0.11.5)