FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n01_FD-S4_R1_E12.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD-S4_R1_E12.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC44

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ACCTACACCAACTGGCTCAAGTCCACCATAGACAACCCCGCTGTACTGGA22.666666666666667No Hit
CAGAGGCGGCAGCGCTGGCCTGGTCGAAGGACCGTGTGGCCCCAGAGAGC11.3333333333333335No Hit
AATGTGATGGGAATGATTGGGATATTGCCAGACATGACTCCAAGCATCTA11.3333333333333335No Hit
GTATTTGTTATTGGTCCATTCCTATTCCACCATGTCACAGCCAGAGGTGA11.3333333333333335No Hit
GAGCAACAGCCATACTCAGAAAAGCAACCAGGAGATTGATTCAGCTGATA11.3333333333333335No Hit
GTAGTACATTTCCGTGTTGGTCCCGGATTCTCAAAAAACGGTCAATGCTC11.3333333333333335No Hit
ATCCTGCATCATTCATTTTACTCCATAAAGTTTGTCCTTCCTCATTTCTC11.3333333333333335No Hit
CAGAAAGACTTGGTTGAGTACACACCAGACACAGATAACCATCTTACGTA11.3333333333333335No Hit
GGATTTATGTCAACTCTCCGACGTATTTTGACTTGGTTTCTAAAATGGAC11.3333333333333335No Hit
GTAAGGGGCAATTCTCCTGTATTCAACTATAACAAGGCCACGAAGAGACT11.3333333333333335No Hit
GGCTGGCTGTCTGAAAGTATGCTAGAGTCCCGGATTACTTAAAAAACCGC11.3333333333333335No Hit
GCTTTAGCCTTTCGACTCTTTCAAAATAAGTTTTGTAGATTTTTGGATAA11.3333333333333335No Hit
GGACCGTGTGGCCCCAGAGAGCACCACCTACACCAACTGGCTCAAGTCCA11.3333333333333335No Hit
AACTTTATGGAGTAAAATGAATGATGCAGGATCAGACCGAGTGATGGTAT11.3333333333333335No Hit
ACTAACATCGGAATCGCAACTAACGATAACCAAAGAGAAGAAAGAAGAAC11.3333333333333335No Hit
TAATAAAACTTCTTCCCTTCGCAGCCGCTCCACCAAAGCAAAGTAGAATG11.3333333333333335No Hit
AATCTGGAAATGCTCAAGAGGAACAACCAATACCCAGTACCCAGAAACAC11.3333333333333335No Hit
GGACAAACTTTATGGAGTAAAATGAATGATGCAGGATCAGACCGAGTGAT11.3333333333333335No Hit
ACTCTTAACAGACCGATAAGAACTAATCCACTCCAGGATTGCGTACTCGG11.3333333333333335No Hit
AATTAAGAACATATAAAATAAAAATTAAGCAAAACCAAGAATCAATTCCT11.3333333333333335No Hit
GGTCAATACCTATCAATGGATCATCAGAAACTGGGAAACTGTTAAAATTC11.3333333333333335No Hit
GGCCATTAGAGGCCAATACAGTGGGTTTGTAAGAACTCTGTTCCAACAAA11.3333333333333335No Hit
GCTGAGGCGTTCACACACTTCAGGGGTTTCCCCAGGGCCCTCGGGATCTC11.3333333333333335No Hit
GGGAGGTCGTCCGAAGCGTTATCACCAACTCTTCAATTTTTTCAGTCGGT11.3333333333333335No Hit
GGTTGCATACATGTTGGAGAGAGAACTGGTCCGCAAAACGAGATTCCTCC11.3333333333333335No Hit
AACGAAAACAAGCAAGCAATAATTATGATTTGAAATTAAACATAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CACTGAATTTTAACAGTTTCCCAGTTTCTGATGATCCATTGATAGGTATT11.3333333333333335No Hit
GTTGCCCAAAGTTTGATTATCGCTGCTAGAAACATAGTAAGAAGAGCAGC11.3333333333333335No Hit
CCCTCATGCACTCTTATCTTCAATGTTTGAAGATTGCCCGTAAGCACCTC11.3333333333333335No Hit
GGATTCAATCGCTGATTCGCCCTATTGACGAAATTCAGATCACCTCTGAC11.3333333333333335No Hit
ATGCAAGGCTGCAATGGGACTGAGAATTAGCTCATCCTTCAGTTTTGGTG11.3333333333333335No Hit
ATATGGCCATAATCAAGAAGTACACATCAGGAAGACAGGAGAAGAACCCA11.3333333333333335No Hit
CTTTTACCCTCTAAAACCCACTTTTTAGTCTGGGTTATTTGGTAGTTATT11.3333333333333335No Hit
GAAGAACTCCAGGATTGCAAAATTTCTCCTTTGATGGTTGCATACATGTT11.3333333333333335No Hit
GTCTGGCTGTCAGTAAGTATGCTAGAGTCCCGTTTCCGTTTCATTACCAA11.3333333333333335No Hit
AAAGAGAAAAGTGAACAAATTCTTCAAGGGAGGATGGTTGTGATGGAGCA11.3333333333333335No Hit
GAATCAGTGTTGGTTAATACCTATCAATGGATCATCAGAAACTGGGAAAC11.3333333333333335No Hit
GAGAGGAAGAGGTGCTTACGGGCAATCTTCAAACATTGAAGATAAGAGTG11.3333333333333335No Hit
GCTTTTATCATACAATCCTCTTGTGAAAATACCATGGCCACAATTATTGC11.3333333333333335No Hit
GGATATGTCTTTCCTTTAAGAATCAATCACAGGAATAAATGAGAATTCAT11.3333333333333335No Hit
TTAGTACCTAAGGCCATTAGAGGCCAATACAGTGGGTTTGTAAGAACTCT11.3333333333333335No Hit
TTGTTATAGTTGAATACAGGAGAATTGCCCCTTACAAGTATTCTCATTCC11.3333333333333335No Hit
CAACTGGATCAATCTCCTGGTTGCCTTTCTGAGAATAGCTGTTGCTCGTC11.3333333333333335No Hit
CTGAAGGCCGAGCCCCACACCAGGAATTTCTGTCTCCTCGCCTTGACCTA11.3333333333333335No Hit
CTTCAATTGTTCATCAAAGACTACAGATACACATATAGGTGCCATAGGGG11.3333333333333335No Hit
GGTCCGCACTCTGCACCGTCTGCCGCCTGTGAGCAGTCCCCCGCCCGGTT11.3333333333333335No Hit
GTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAA11.3333333333333335No Hit
CTCCGATCACGTGCACGCGCCACCACCGACGACGCGGTTCCCGTCCCGCG11.3333333333333335No Hit
GTTTTGGTGGATTTACATTTAAGAGAACAAGCGGATCATCAGTCAAGAGA11.3333333333333335No Hit
AATTGATGGCCATCCGAATTCTTTTGGTCGCTGTCTGGCTGTCAGTAAGT11.3333333333333335No Hit
CATGTTGGAGAGAGAACTGGTCCGCAAAACGAGATTCCTCCCAGTGGCTG11.3333333333333335No Hit
GGTTATGGAGTTGGATGTATTTTATAAAGACGCCACTAAATTCCGTATTG11.3333333333333335No Hit
GTTAAAATTCAGTGGTCCCAGAACCCTACAATGCTATACAATAAAATGGA11.3333333333333335No Hit
GTATACTCCAGGAGGGGAAGTGAGGAATGATGATGTTGATCAAAGCTTGA11.3333333333333335No Hit
GTGCTCAAGAAATCATCAACAACAAAGTTCCATATTCTAACTCGTCTCAT11.3333333333333335No Hit
ACACCATAGAAGTCTTTAGATCGAATGGCCTAACAGCTAATGAGTCAGGA11.3333333333333335No Hit
AGTCAGAGGTGATCTGAATTTCGTCAATAGGGCGAATCAGCGATTGAATC11.3333333333333335No Hit
GGATTTGGGTTGAGGATTAGCTCATCTTTCTGTGTTGGTGGGTTCACTTT11.3333333333333335No Hit
TCAATGATGTGGGAGATTAATGGTCCTGAATCAGTGTTGGTCAATACCTA11.3333333333333335No Hit
AGGGAAAACAACTTCCATGATTACATCCTGTGCCTCCTTGGCACTGAGAT11.3333333333333335No Hit
TTGCTCTTCTGTTGGGTTCTGCCTAAGGATGTCTACCATCCTAATTCCAC11.3333333333333335No Hit
CATAAATCCTGGTCATGCAGATCTCAGTGCCAAGGAGGCACAGGATGTAA11.3333333333333335No Hit
GAAGAAAGAAGAACTCCAGGATTGCAAAATTTCTCCTTTGATGGTTGCAT11.3333333333333335No Hit
CCTCAGCATACCAATTTAATTTGCAAACAATTAAAACAAAACAAATAAAC11.3333333333333335No Hit
TTTTGAAAGAGTCGAAAGGCTAAAGCATGGAACCTTTGGCCCTGTCCATT11.3333333333333335No Hit
GGATATGAAGAGTTCACAATGGTTGGGAGAAGAGCAACAGCCATACTCAG11.3333333333333335No Hit
GCGCTGGCCTGGTCGAAGGACCGTGTGGCCCCAGAGAGCACCACCTACAC11.3333333333333335No Hit
CTCATCAGGCTGACCACTTGGCTGTTTTGGAGTAATTTGAATGGGTCTAT11.3333333333333335No Hit
GATATTGCCAGACATGACTCCAAGCATCGAGATGTCAATGAGAGGAGTGA11.3333333333333335No Hit
CCACTACCCTCTCCGTGCTGGAGTACTCATCTACACCCATTTTGCTGATC11.3333333333333335No Hit
GCTGCGAAGGGAAGAAGTTTTATTATCTGTGCAGTATCAAATGTCCCAAG11.3333333333333335No Hit
GGAAGTAATCATGGAAGTTGTTTTCCCTAACGAAGTGGGAGCCAGGATAC11.3333333333333335No Hit
ATTACATCCTGTGCCTCCTTGGCACTGAGATCTGCATGACCAGGATTTAT11.3333333333333335No Hit
GTTCTGCAAGAGCACTTATGCATCTTGTTGGAACATCCGGCCCAGATGGT11.3333333333333335No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TATACTC50.0145.02
CTCCAGG50.0145.06
AATTAGG50.0145.0145
ACTCCAG50.0145.05
TCCAGGA50.0145.07
GTATACT50.0145.01
ATACTCC50.0145.03
TACTCCA50.0145.04
CAGGAGG50.0145.09
CCAGGAG50.0145.08
Produced by FastQC (version 0.11.5)