FastQCFastQC Report
Fri 2 Oct 2020
HNCVFBGXG_n01_FD-S3_R2_H12.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCVFBGXG_n01_FD-S3_R2_H12.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTATGGGGTCATTATAAAAGGAAGGTCTCTTTTGAGAAATGATACTGATG11.3333333333333335No Hit
ATCAAAAAGTACACATCAGGAAGGCAAGAGAAGAACCCCGCACTCAGAAT11.3333333333333335No Hit
AGCTGGAGCAGGGTGATAGTGCACAGAGCAGGAGAGGAGATGCAAATGGT11.3333333333333335No Hit
GCACTCTTATCTTCAATGTTTGAAGATTGCCCGTAAGCACCTCTTCCTCT11.3333333333333335No Hit
GGAGTATACATCTGTTCCCAGCATGTTCCTTGAGTCAAATGCAACACTTC11.3333333333333335No Hit
AATTCAGACGAGAAGATCATTTGAGTTAAAGAAGCTGTGGGATCAAACCC11.3333333333333335No Hit
CCATATGGCCATAATCAAGAAGTACACATCAGGAAGACAGGAGAAGAACC11.3333333333333335No Hit
GTCCTACATTTGCTTATCATTGGGATCAGCTGAAAGTCATCCATGGCTGC11.3333333333333335No Hit
GGCCGAGGCCGCCTCGGCCTCTGAGCTATTCCAGAAGTAGTGAGGAGGCT11.3333333333333335No Hit
CTCCAGGAGGGGAAGTGAGGAATGATGATGTTGATCAAAGCTTGATTATT11.3333333333333335No Hit
ATCAGGAACTGGGAAATTGTGAAAATTCAATGGTCACAAGATCCCACAAT11.3333333333333335No Hit
GATGCGAAAGTGCTTTTTCAAAATTGGGGAGTTGAACCTATCGACAATGT11.3333333333333335No Hit
TCAATGTACACACTGCTTGTTCCACCAGCCACTGGGAGGAATCTCGTTTT11.3333333333333335No Hit
CATCTACACCCATTTTGCTGATTCTCACTCCTCTCATTGACATCTCGATG11.3333333333333335No Hit
GTATTGGCCTCTAATGGCCTTAGGTACTAAAGACTGAAATGGTTCAAATT11.3333333333333335No Hit
GAGTAAGGATGGTGGACATCCTTAGACAGAATCCAACTGAGGAACAAGCC11.3333333333333335No Hit
GATCTGCATGACCAGGATTTATGTCAACTCTCCGACGTATTTTGACTTGG11.3333333333333335No Hit
GATCTAGGTGAAGATCCTTTTTGATAATCTCATGACCAAAATCCCTTAAC11.3333333333333335No Hit
GCATTGTAGGGTTCTGGGACCACTGAATTTTAACAGTTTCCCAGTTTCTG11.3333333333333335No Hit
GATTGGTGGAATTAGGATGGTAGACATCCTTAGGCAGAACCCAACAGAAG11.3333333333333335No Hit
TTCATATACTGATGACCTCTTTATAGCCAACCTTTGTTCATGGCAGCCAG11.3333333333333335No Hit
GATGGGGAGAGTGAAGCAGAACGTGGGGCTCACCTCGACCATGGTAATAG11.3333333333333335No Hit
GGCTGTGACATGGTGGAATAGGAATGGACCAATAACAAATACAGTTCATT11.3333333333333335No Hit
TTGTAATCCCCTGAATCCCTTTGTCAGTCATAAAGAGATTGATTCTGTAA11.3333333333333335No Hit
GATCTCTAACCCTTAAAAATCGGTCAATACTCACTACCACTCTCTCCGTG11.3333333333333335No Hit
GGGTAGAGAAGCCTAAATTTCTTCCTGATTTGTATGATTACAAAGAGAAG11.3333333333333335No Hit
GAACTAAGAAATCTAATGTCGCAGTCTCGCACCCGCGAGATACTCACAAA11.3333333333333335No Hit
GACTCACAGTTCTCGGAAAGGATGCTGGCACTTTAACTGAAGACCCAGAT11.3333333333333335No Hit
CTAATACGTAGATGTACTGCCAAGTAGGAAAGTCCCATAAGGTCATGTAC11.3333333333333335No Hit
GCAGTAAATGAGGAGAACTGCATTCTACTTTGCTTTGGTGGAGCGGCTGC11.3333333333333335No Hit
ATGCCATTGACGAGATTACTAACAAAGTAAATTCTGTTATTGAAAAGATG11.3333333333333335No Hit
GGTCATGTACTGGGCATAATGCCAGGCGGGCCATTTACCGTCATTGACGT11.3333333333333335No Hit
CAGGATACACAATGGACACAGTAAACAGAACACACCAATACTCAGAAAAG11.3333333333333335No Hit
AATTTCACAATTACCTTCTCTTCCAGGACATACTTATGAGGATGTCAAAA11.3333333333333335No Hit
GTTATGTTTATTCCTAGGTACTTGCCGTCCCCTCTCCCCCAAAGACCAGA11.3333333333333335No Hit
CATCATTGACGATGAGTAAGTTATTGTCAGTTTCTCTGTTCCCTGTGTTT11.3333333333333335No Hit
CTTTCAAAGAAAAAGGAGAGTAAGAGACAACATGACCAAGAAGATGGTCA11.3333333333333335No Hit
GGTTTCTAAAATGGACAGGGCCAAAGGTTCCATGCTTTAGCCTTTCGACT11.3333333333333335No Hit
GCCCGTAAGCACCTCTTCCTCTCTTTTGACTGATGATCCGCTTGTTCTCT11.3333333333333335No Hit
GTGCTGGAGTACTCATCTACACCCATTTTGCTGATTCTCACTCCTCTCAT11.3333333333333335No Hit
CCACCATGATATTAGCTGTATGTATTTAGGAATTCCTATATCACATTTCG11.3333333333333335No Hit
TGAGGAATGATGATGTTGATCAATGCTTGATTATTGCTGCTAGGAACATA11.3333333333333335No Hit
GACTCAGGCACTCCTTCCGTAGAAGGCCCTCTTTTCAAACCGTATTTAAA11.3333333333333335No Hit
CTCCCAACCATTGTGAACTCTTCATATCCCTCATGCACTCTTATCTTCAA11.3333333333333335No Hit
AAGTACACATCAGGAAGACAGGAGAAGAACCCAGCACTTAGGATGAAATG11.3333333333333335No Hit
AGCACATCCCTCATTTGTTGGAACAGAGTTCTTACAAACCCACTGTATTG11.3333333333333335No Hit
GTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGTCATGC11.3333333333333335No Hit
CACTACGTCCCCTTGCCCAATTAGCACATTAGCCTTCTCTCCTTTTGCAA11.3333333333333335No Hit
CCTGTGCCTCCTTGGCACTGAGATCTGCATGACCAGGATTTATGTCAACT11.3333333333333335No Hit
GCCCCCAAGCACGGAGATGTCGCTGAGAGGGATAAGCGTCAGCAAAATGG11.3333333333333335No Hit
GCTTTGATCAACATCATCATTCCTCACTTCCCCTCCTGGAGTATACATCT11.3333333333333335No Hit
GGAGAACTGCATTCTACTTTGCTTTGGTGGAGCGGCTGCGAAGGGAAGAA11.3333333333333335No Hit
GTCCTGGACAATATCTCGTCTCATCATTGAATTCAATGAGGTTTACGGTC11.3333333333333335No Hit
CATCTATTACCTAGATCAAGCCAACAAAATTAAATGGGTGAATAGAGCCA11.3333333333333335No Hit
ATGTAACACAACAGGGGTAGAGAAGCCTAAATTTCTTCCTGATTTGTATG11.3333333333333335No Hit
CTATGCATCAACTTTTAAGACATTTTCAGAAGGATGCGAAAGTGCTTTTT11.3333333333333335No Hit
GCCATATGGTCCACGGTGGTTTTTGTGAGTATCTCGCGGGTGCGAGACTG11.3333333333333335No Hit
GTTGAATACAGGAGAATTGCCCCTTACAAGTATTCTCATTCCTGATCCCC11.3333333333333335No Hit
CCACTATATGATGCAATCAAATGCATGAAGACATTCTTTGGCTGGAAAGA11.3333333333333335No Hit
GATATGAAGAGTTCACAATGGTTGGGAGAAGAGCAACAGCCATACTCAGA11.3333333333333335No Hit
ATGCAGGATCAGACCGAGTGATGGTATCACCTCTGGCTGTGACATGGTGG11.3333333333333335No Hit
GAGAAAAGGAGTTAAGATTATTCATTATAATATTTTTAAAAACTGTAAAG11.3333333333333335No Hit
TTATCATACAATCCTCTTGTGAAAATACCATGGCCACAATTATTGCTTCG11.3333333333333335No Hit
CTTTGAAAGGGAAGGGTACTCCCTGGTCGGGATAGACCCAATCAAATTAC11.3333333333333335No Hit
GCACGATGTCGCCGCGATCGACCAAAGCGGTCGCCGCCGCATGCGCGGTC11.3333333333333335No Hit
GTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAAAACGGGATAATA11.3333333333333335No Hit
GTACTACTGTCTCCCGAGGAGGTCAGTGAAACACAGGGAACAGAGAAACT11.3333333333333335No Hit
GGAACAAGCAGTGTGTACATTGAAGTGTTGCATTTGACTCAAGGAACATG11.3333333333333335No Hit
CTTTTAAAGTTCTGCTATGTGGCGCGGTATTATCCCGTATTTACGCCGGG11.3333333333333335No Hit
GTAATTGAATACTGGAGAATTGCCTCTTACCAGTATCCTCCACCCTGATC11.3333333333333335No Hit
ATCTTCGACACAGTGAAAGTGTGTTATCCATAAGGCATGTTGCTGTGTCC11.3333333333333335No Hit
GTATGCTAGAGTCCCGTTTCCGTTTCATTACCAACACCACCTCTCCTTGC11.3333333333333335No Hit
GTACTCATCTACACCCATTTTGCTGATTCTCACTCCTCTCATTGACATCT11.3333333333333335No Hit
ATACCGCACAGATAATAAAACTTCTTCCCTTCGCAGCCGCTCCACCAAAG11.3333333333333335No Hit
ACGTTGCGCAAACTATTAACTGGCGAACTACTTACTCTAGCTTCCCGGCA11.3333333333333335No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AAGTACA50.0145.07
GTACACA50.0145.09
AGTACAC50.0145.08
AAAAGTA50.0145.05
TCAAAAA50.0145.02
ATCAAAA50.0145.01
AAAGTAC50.0145.06
AATGTGA50.0145.0145
AAAAAGT50.0145.04
CAAAAAG50.0145.03
Produced by FastQC (version 0.11.5)