FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n02_chi_004.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n02_chi_004.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC40

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GATTCATGGGAGCAAGCAGGATGACCTGCTGCGGGCGATTAACAGGGTTG213.333333333333334No Hit
GCTAAGAGCAGAGCAAGAAAACAGAGTTTACTCAAGTGAGAGTTTGAAAG16.666666666666667No Hit
AAAAAATAAAATTATAAAAAAAAGGCAATACATAAATAANACACCTCAAA16.666666666666667No Hit
GAAAAGCTAAATCTCCTTAGCAAGCCCATCAACGTGATTCCCGATGTCGC16.666666666666667No Hit
AAATGCAGCTCCGTGGGGTGGTTCTGGTGGTCCTGGTTCAGCAGTAATGG16.666666666666667No Hit
GATCTAAAGCCACATTCCAATTTATATCAGATTTTAGGCCTCTAGAAACA16.666666666666667No Hit
TACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCATGC16.666666666666667No Hit
CGTAAAGACTATATACAATATCCATACATCGCTATAAGTAACCACCGATA16.666666666666667No Hit
GATTAAAGGTTCTGCTTACCTGATGTATACTCTCCAAAAATCAATCATCT16.666666666666667No Hit
GAGCCAAGGGTTCCTACGAAGAAAAGGCGCTGAATGGCGTGAATGCGTTG16.666666666666667No Hit
TTCCTATACTAAGGGAGATGAGACGTGATCATTTCCCGGATATTCTGTTT16.666666666666667No Hit
CTGCTTCTCTCAGCTATTATTATCTAAGTACTGATATATTTCAAATTGTA16.666666666666667No Hit
AGAAAAAACATGAAACAAAACCTCTTATCTATTCTCAATAGAGTTCGCAT16.666666666666667No Hit
TATCTCTTGGGGTCTACCACATTTGCATAAAATGTACATACTAAATCATT16.666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)