FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n02_ath_086.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n02_ath_086.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC38

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[WARN]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATGCCATCTCCGAGCGTCCGAGATTCGTTGGAGACCAAAGATCTATTGTG11.3333333333333335No Hit
CTCATATAAAAAAAAAATAAACGATTTTTATACGAGCACTTACACTTCTA11.3333333333333335No Hit
ACACAAACATTTCTTGTATACCACAACACAACCACCTTTTCCTAATATTT11.3333333333333335No Hit
AAAAAAAAACCATTTAAAAAATTAGAAATACAATTAGTTTGCCCTACCTT11.3333333333333335No Hit
TATATCACCCGTGAAGTAACTGAGAAGGACAGGTGGTCTGTAGTTCGATG11.3333333333333335No Hit
CTCCAAAGATCCATTCTGCATCAACACATACACAACAATACATCTTGTTT11.3333333333333335No Hit
GTGTAACAACAACACTGAGAATGTAAACAAAGAGCTAAGATATAGACTAC11.3333333333333335No Hit
CAATTAAACGGGATTGATTAGTGATTAAAAGCGCTAGACCTAGGGACATC11.3333333333333335No Hit
AGAGCTCACACTCAAACCAACACGAAGCATCAAGTAATACAATACTACAA11.3333333333333335No Hit
GAGCAACAGAGGCAGTGCAGATCTAAAATTTATCATAAAAAGTGGAGTCT11.3333333333333335No Hit
AACACAAACAACAACGCCAACACACACAAAAAACCCACCACAAACACACA11.3333333333333335No Hit
ATAATTACATCTCGATGTAACAAATATCTATTGCTGTAAAATTTCAGGTG11.3333333333333335No Hit
ATCTACACTTTAGCCGTCTATAATATTTTGACAAAAAATACTATAATCCC11.3333333333333335No Hit
TTACAAGAGTTTGAAACAAAGTATTTGACAGTAAAAATTGGGGAGGATTT11.3333333333333335No Hit
GTGATTGCTATGAGATACAAACAACCACACCACAACACACCTGTAGTGTT11.3333333333333335No Hit
CATAATGGCTAAATATAAAACAAAAATAGAGAAAAGAACTCAAACACAAC11.3333333333333335No Hit
AGTGATAGCGAGGTGACCATCGAGACACCAGAGGCAAACTTCTCAGCAAT11.3333333333333335No Hit
GTTCAAATTAGCATGCATAAGAGACGTCAGTGGTGGATCTTCATCTGTGG11.3333333333333335No Hit
GTTTAAATATTACTGAGATGATGCTTATCTATCTCAGATGTAGCTCAGTC11.3333333333333335No Hit
GTTTTGAGCGACAAAACCCAAATCGGAAAAGATTTGTTTTCTCGGTTAAT11.3333333333333335No Hit
ATAAATATCTTTATGACTTTATGTAGTTAAACACAACAAAAATCCGAGCT11.3333333333333335No Hit
GGTGAAAGAAGGTTTATCGATTAAGGGATACCAAAGTTAGCTACAGTAGA11.3333333333333335No Hit
ATCTCTTTCTATTTCTATTTCTATATATGGAAAGTTGCAAAATCATCATA11.3333333333333335No Hit
CGCTGATCCTCACCCAGAGCCCCGGCCGCCGGACCCTGCCCCTCGCACTG11.3333333333333335No Hit
CTGATCAGTAGAGAATCGTTCGATAATCTTCCTTGCGTCTTGTGGCATCA11.3333333333333335No Hit
CAAGTATACATCTTGAAAACTCAATATTAATTGAAATTGATAGAAACAAA11.3333333333333335No Hit
ATCTAATGCTGTTGTCTCTTTTTAAGGTCTGAGATATCAAGAGAGGATGA11.3333333333333335No Hit
ATGATATGGTGAACCCTAAACCCGGAACACTACGTCACGCTGTGATTCAA11.3333333333333335No Hit
GTTTAGCAAATGACAAAAATATAGTTGAGAATATCACATGATTGATTAAA11.3333333333333335No Hit
GAAGATTCGGGTGAATCATAAATCCCAAGGAGGTTTCATGGCCAAGGGTA11.3333333333333335No Hit
GTGTACATCTACTGCAAAGCCGCTTGCGTATCAACCCACTAGACGAAGAG11.3333333333333335No Hit
GCTTGCTAGTGGGAAAAAAATAAAATAATAAACACAGCTTACTTAAGGCT11.3333333333333335No Hit
ACTATGTGTCTACAAACCGCGGCACGATGTCAAACTCTTCATCGTCAATT11.3333333333333335No Hit
GTGTTGGATTGTTCACCCACCAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCG11.3333333333333335No Hit
CTGCAACACATGGTTACATTAAAAGAAAACAGCACGGCATTTTAAAATTG11.3333333333333335No Hit
GAACTTAAAACCACTCTTTTTCTTGTATTTCAATGTGTAGACATCCAGCC11.3333333333333335No Hit
CAAAATATATTATAATAAAAATTAATCAAACAAATATTACTACAATACAA11.3333333333333335No Hit
GATTTACCCGAATCTATACTACTTGGCTCGGTTAAGGTTAGTTTGGTTTT11.3333333333333335No Hit
ATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGCGGGCTTTACGCAATCGATCGGA11.3333333333333335No Hit
GAGTTCTTAAAGATCATATCCTATAGTTCATTGCTAAAGGCATATTTAAC11.3333333333333335No Hit
GATATAGTTAAACAATAATAGTATAATATATTCAGATGCCTCCTAAGAAA11.3333333333333335No Hit
GTTTTTAAATAAAAAAACAAAGGGGACGCAAGTGAACAAGCTACGATACT11.3333333333333335No Hit
GATATCCTAAGATGTTCTGCTTCCTCTTCAAATTCCGGTTCTGCAGTCAA11.3333333333333335No Hit
CTCATGAAGAAGCTCAGGTGAAATCATTTTTCACTTTTTAACAGTATTGT11.3333333333333335No Hit
GATTTGAGTGTCAAAATCAATGGTCAACGTTTAAGAATAAATACGATTTA11.3333333333333335No Hit
GTTCTTCCTCAAGATTCCGGCAAGCATATGGCCAAACTCATCGTCGCCGA11.3333333333333335No Hit
TTTGATATCTTCGTATCCGAGAATCCACAAATTCAACTCCACATTGTTCA11.3333333333333335No Hit
CTACCAACTGAGCTATCCCGGCCCGAGGATTTTGAGTCCTCTGCTCTAGC11.3333333333333335No Hit
GTTTTGAGTCATCATGGATGTAATAGCTACTACAACTACTATTGTATCCG11.3333333333333335No Hit
AAATAATTATGATCTAAGAAAAAAAATTCTTCAAAATAAAAATAACATAA11.3333333333333335No Hit
ATATCAGGTGCAAAAATAACAAATAAATCAGCTATTGTAATCAAAATTAA11.3333333333333335No Hit
AATGATGGATCAAGTACTTGGTGACTATGCAAGAAATGTTCCCGATGCAA11.3333333333333335No Hit
CGATTATATAAGTAAGGGCTTAGTTTTGTTGGGCCTACAGTATGTATGAA11.3333333333333335No Hit
TCTCTATATAGTCATTAAGATTACAGTAAGTGAATTAAATTTTTTCTTTT11.3333333333333335No Hit
TAAATATAAAATTAATAAAAACAGAAAGAACTATAATATCTTATATACAA11.3333333333333335No Hit
GACTAGTAGGAGCAGAGACCCTGCAAAAGATATCATATAATATTTAGCAA11.3333333333333335No Hit
CTATATCGTTAGTCCCCAAGTCACTCTGGGGGATAAGTTTCAGAGGCATA11.3333333333333335No Hit
AGTTCGTGACCAGCTTAACCGCATATACGAAAGTGAGTCTTAGTTGTATC11.3333333333333335No Hit
GTGTCAGAGTCGCCTTGCTGCCACGATCCACAGAGAATCACCGCTTAGAC11.3333333333333335No Hit
GTATTAAATGTTATTTACAGAGAGACCAGCTATTATAGTTTCTGTTGACA11.3333333333333335No Hit
TCCTTTGTTTTTGGTGGATATATACCATTCAACCGTTCGAAGCATCTTTT11.3333333333333335No Hit
TATATATATATATATATTCGAAAACCCCGGTTCGACTGGTTGAACCGATC11.3333333333333335No Hit
CATATGATGTCTTTTTCGGGAGCTAGGGGAAATGCATCTCAAGTACATCA11.3333333333333335No Hit
AGACATAACACAGATGGTCTCTACAGGTGAGAATCTTAACCTAACAACTG11.3333333333333335No Hit
TTTCAGGTCTTACATAAATGTTGAAAATTTCTAAAGATTATAACCAGTTG11.3333333333333335No Hit
ATCCGTAAATGTACGATAACCCCCATCCAAATTAAAATGACTCACTTAAT11.3333333333333335No Hit
AAGGGGAGCCATGGATATTCAAAAGAAACTTCCACTTCCTCACCCTGGAC11.3333333333333335No Hit
CTGATCAACCCNTAGCCACTATAAACAACCATGACATCAAAAATAATTTA11.3333333333333335No Hit
CTATTACCAAATGGGAGAACAGCTCATTCTCGATTCAAAATCCATTGGAG11.3333333333333335No Hit
CAAAAATATTAACAAATAATACATCCTCTAAACAAAAACCATAAGAGTAA11.3333333333333335No Hit
TTTTATGTGTTTACTTTTGTTAGTAACTAGCATCTTAGTGCGTCTCTTTC11.3333333333333335No Hit
TCACAAAACCCTTCAATATCAAGATGATCTGACTTGATAAATGTTAGGCT11.3333333333333335No Hit
CGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTGGAAACACCACTTCCCGTCCGACTTG11.3333333333333335No Hit
CTCTACTACAGCAGTCTCCACTGGATCTAGAGCAGAATCGATACTTGGTG11.3333333333333335No Hit
GAGAATACCAATCTTAATCTATTAGATAATACTTTATATTTAGATAACTC11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)