FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n02_ath_080.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n02_ath_080.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC39

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GCGTAAAACTGTTATTTGGGAATTTTTTCAAGCAAAAATACATTCTCCCC11.3333333333333335No Hit
CCTTTATTTCCTTGATATAGATTTAACGTGATAGCTATCAATTCTGGATC11.3333333333333335No Hit
GTATAAAGCAGGCTTTATATAACAATTAAAGAATATATGCAAAAAGAAAA11.3333333333333335No Hit
GAGACAACCTGGCGAACGGAAACATGTTAGTAGCCAGATGAAAAGAAAGC11.3333333333333335No Hit
GGTCTAATGCGGGACGAGGGCATTCGAGATTGAAGTCTCAGCTAAGCTTC11.3333333333333335No Hit
GGTGATGGGTTTGCCATGGATGTTAACCGGAGTGGTATCTCCGGTATAGC11.3333333333333335No Hit
CGTCTTCAATCAAGCTCTTGGAAGCGCGAATCGGCCCGGTTCTCTCGGTT11.3333333333333335No Hit
GAGGATTAGGCGAGCACCAGCCCCCCCTAGGATCAGAGACCGGCCAAAGA11.3333333333333335No Hit
ATATATATTTGTATGTTTATGATTTACATAATAAATGTAATAGCCCAACT11.3333333333333335No Hit
GCATTAACATAAATACGGCCGTAAGAAGAGGTAATACAAAAGTGTGTAAA11.3333333333333335No Hit
GAACATATCTAGATAAAATAATAAAGCTACAAATTCTAAAATATCAATAA11.3333333333333335No Hit
AAAATACAAAAACCATAAATCATAATATATATAATAAAGAAAACATGAAA11.3333333333333335No Hit
GCATCTATTTGTTTCATGATTTTGCTTGGATTTGTCGATGATGTCCTTGA11.3333333333333335No Hit
ACTGAGAACATCACCATAGACTTTGAGTATCTGAAGCATATGACTTGGAT11.3333333333333335No Hit
GATGACCAACAGTGCTTCCTGTATGTGTAAAGGATAAGCGTAGCTTTTAA11.3333333333333335No Hit
GACTATATGGACAAAATAGTTTAGCATGCATGTTTTAAGAATACTGAAAT11.3333333333333335No Hit
TTGGAAGCTTTCGACATGTGAGTGTCAAGATGTTGCAGACTAAATCATTG11.3333333333333335No Hit
CCCACAACCTCACTGATGTGGTATGGATTTTCACTTCAATCTTTTACCTG11.3333333333333335No Hit
ACCCATAAGAATCATATTCTGGCTTTTATCGGGAGAATATCCAACTATAG11.3333333333333335No Hit
GTCAATATTCGTATGTGACAAGAATCAAAGAAATCCATTCAGTCATTTGG11.3333333333333335No Hit
CTCACAATCTACAGACATCAACCAACGCTGAGTCGGTGTTCGGCTTGCCA11.3333333333333335No Hit
GTTAAAAAGTTTGTAATTGCAAATAAGCACATAAGAATAGTAAACTTTAC11.3333333333333335No Hit
TTGCAATACATTTTCAGCACGTAAATATTCGCCAAATAATTTGGAAAAGT11.3333333333333335No Hit
ATGCAGAACTCTTTTTGTTAGTTCGTCCTAGTGGCTCGGCTTTTACGAAA11.3333333333333335No Hit
ATTAAATATTACAACATATGCTTGTTACACATGTCTTCTATCACCCACCA11.3333333333333335No Hit
CTATTGCTCCAAGACTGTAGTCTGTCACTGTCAGCCATGTGTTGAAATAC11.3333333333333335No Hit
ATGTCAAGGACTGCAAAGTTCAAGAATGAGATCTCCAGCTTCACTCAGCG11.3333333333333335No Hit
TCTCTAGAATATGCATTAATATCACTTTCTGTGAGAGGATTGGATACTTT11.3333333333333335No Hit
GTACCAAAATGTATAAAGATGTACGCCGATACTATCATTGGCCAGGCATG11.3333333333333335No Hit
AAACGAAGTATTGAACAAGCGCTAATAGGACTTGAAATCGAACGAGACAC11.3333333333333335No Hit
GGTTATTTCACTATATTTTTGACCAGGAACAGGACCTATCACCAGAATAT11.3333333333333335No Hit
ATCTTCGCTCTCAATAATTACAGACAAGTCTATATAACATAGAAAGGCAG11.3333333333333335No Hit
CTATGTTCCCATTCAAAGGTTTGATTCCTAGACTATAAGTCCGAAGCCAC11.3333333333333335No Hit
ATATATGAATGGAAAACCATTCCCTTGCCAAGAACCACTGATAAACGTTT11.3333333333333335No Hit
GACTAAGGGTGATGAAAAACCAAAAATAATAATGATAATAATTAATAATA11.3333333333333335No Hit
ATATAACACAAATCAAATACACGGACAAGTAGAACATTACTAGAATAAAT11.3333333333333335No Hit
CTTGAGCTGATCCAAAACTCCAATCCAGCTCCTCAATGCTCCAAAACTTC11.3333333333333335No Hit
CTTGCTGCTAGAGATGCCGTCGAAGCTGTAATAACTTTCACTCCACTCCA11.3333333333333335No Hit
CATTAGAGCCGACGAAATTAGTAATATTATCCGTGAACGTATTGAGCAAT11.3333333333333335No Hit
GACTATAGCTAATCCAATAGCTGCTTCAGCGGCTGCAATTGCTATAACAA11.3333333333333335No Hit
GAAAAAGAGGATGAATCGAAATATAGCCGCTACACCAAAACTAGGCGCAA11.3333333333333335No Hit
GATTGGAGTGGTTCAGAGAAACGAGAGCGTGCTGNTGATAGTTNCAACTA11.3333333333333335No Hit
CAACATAAACAAATACAAAAAGATTTCAAAACACCAAAAATAAAATTACC11.3333333333333335No Hit
GTTCGAAGCTGCCACCGGTATGAGAATGATGCATAATTATTTTCGTATTG11.3333333333333335No Hit
GTCTAAATCTACAAAAAAAATATATCAACACTACAATAAACTAAAGATGA11.3333333333333335No Hit
GATTAACCTAATGTCAGGGGGAGACCGCATTTTATTAGCTTAACCTAGTT11.3333333333333335No Hit
GATAATGGCTTTTCGACAACATATCCTATTTGAGTCAAATTTGAATTTTG11.3333333333333335No Hit
GATTCAAGCGCAGGCTTACACGCTTTCATAAGCTTCTCACCACCTTCGAT11.3333333333333335No Hit
GAATATTATTTTATTATTATTATTATTTTTATTTTTTTATTATTATTCAT11.3333333333333335No Hit
GCAGCGGCTTTTCCACTAGCTGGAGCGTTCTTACTCTGCAAATTCCCTGA11.3333333333333335No Hit
AAAAAAAAATTTTAAACATAAATAACAACCATTAAAACTAACCAATATCT11.3333333333333335No Hit
CCATTACAGTGCCCTTAGCTTTCTATTTATACATATTTTTGACTATCAAT11.3333333333333335No Hit
AAATTGTTCAATTCAAACAATGAGGATCAGTATGGGTTCTCTAATCATCA11.3333333333333335No Hit
AGGTATTTGGGGGGTTTGAGCAGGGGCGGTGATGCTGGATGGGCGGGGGT11.3333333333333335No Hit
TCTATGGACTACCCCTGAGACCCGCCTCATCGTGGAACGGCTTTTAGGAC11.3333333333333335No Hit
GCCATACTGATACATCAACATACCAAGATTCTCAGCTGAAACACCACCCT11.3333333333333335No Hit
GTAATAGGTAGAGATGATAGAATTTCAAAACATTTTGTAATGGAAACAAA11.3333333333333335No Hit
AGACCAAGCTTATTGAAGGTGACTTGAACATTCCATTGCCTCTCGATGGC11.3333333333333335No Hit
GAGTGCGAGGGTTCGGGCGGCAGGTTGCGCCATGATAACGGTGCACTAAT11.3333333333333335No Hit
GTTATTTTTTAGTTTAACCGTGATGACCGTGCTACTTATCTATTAAGTAA11.3333333333333335No Hit
AATTTGTACCTTAACATCCGAAATGTGTGGCGGTGGCCGGGTCGCAAGCG11.3333333333333335No Hit
ATTTACGGGGGGCTCTGGGGGTCGGGGGGGGGGGGGGGAGTGGTGGGGGG11.3333333333333335No Hit
GTCCTCGGTTCTTGGAGCGGAAGCTATTTGCTTAGCTTTACANCCCTCCC11.3333333333333335No Hit
GTATTTTACAAATAGTTGGATGGAGAAAAAAATAATGCAAGCTAACACCA11.3333333333333335No Hit
GTATCCATTAGGGTTTTTAGTAGATTTCTCATTTAGACTGCTAGTACCAC11.3333333333333335No Hit
GTATGGACGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGGTTAT11.3333333333333335No Hit
ACACAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAACAAAATAAACAACAACAA11.3333333333333335No Hit
GGTGTGAATGCAGCTAAGGCTAAAGCTAAAAAGCGAAGCACTGTGGAAGA11.3333333333333335No Hit
CCTATACGGTTCAACTTCGCAACAGTCACATCTTGAGAATGAATGCATTG11.3333333333333335No Hit
ATTTAATATTTAGAACAATCTAATAGCTTACACTTTACTAGTAAGCAATC11.3333333333333335No Hit
GTATTATGATCATCCAATAAAAAGGGTTTCAATTTTTTCAAATGAACGAT11.3333333333333335No Hit
CACTTGACGCGCGCATCTTCATAGTTCTAAACTTCAACTGAAACTCATTA11.3333333333333335No Hit
GTTTAGATTGATGAATTTGAGTTTGGTTTGATTTGGTTCGATTACATTTA11.3333333333333335No Hit
ATCTAACTTAAGTCAAAACATATCACTTTTTTTGAATGAATATGTAAAAA11.3333333333333335No Hit
GTCCAAGAGTTTTCTAAAACGTTCTTGGTGGAAAAAAATATGAATGAAAG11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)