FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n02_ath_064.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n02_ath_064.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC40

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AATTGATCTTTTGAATCGTGATACTGGGCCCCTTCGCCTGTTAGATGATC14.166666666666666No Hit
AATCCTTAACTTTTCGAGGAATCCTTCATCAGTGGTTGTGAATGACTGAT14.166666666666666No Hit
GTACAATCAAAAGCTTTGAGGAAAATACAGTTTAGAGTCTCACCTGGCGA14.166666666666666No Hit
TGCAATAGCTGTTTTCCATAGCTCTCTTTCTTTTCTTCTTTACTAGTCGC14.166666666666666No Hit
ATCGATAATTAGGACTTAAAATAAAGTATGACATAATAAATATAGATAAT14.166666666666666No Hit
ATCATACACTACACAACACTTAAAATCAAACACTTATCTAATCCCCTCCA14.166666666666666No Hit
GTTTATAAGGTGATGAATTGTAGTGATGTAAACGCTGGTACAGTAGAAGG14.166666666666666No Hit
ATAATAGGTTTAGATTTAAATTAGCTTGGATTCAGAATCTTCTTTTACCC14.166666666666666No Hit
CCACTACCCACATTCCACAAAATAGTGCACCACAAATAGCAACTAATAAA14.166666666666666No Hit
AAAGTATATTTTCTACCAAGGATTTAGTTCCAAAAGGTGTCTGATGGTGT14.166666666666666No Hit
GTATACTTATGTATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGCGGGCTTTACG14.166666666666666No Hit
CTCTCTTATCTGTCTCTTCTCTTACTCATGACTTGTTGGTTTTGACATGT14.166666666666666No Hit
AAAGGAAAGAGAGGGATGGGGTTTCTCTCGCTTTTGGCTTGGCATAGCGG14.166666666666666No Hit
GATGTGTGATAAATAAAAAACATTAAAGTTATATATGAATAAGTATAATT14.166666666666666No Hit
ATCCAAGGATCAGTAGACATCCAAGCATCATCAGGAACCCCAAGCTTCAC14.166666666666666No Hit
CGATTTGGTACCGCTCTCGCGGCCCGCACCGAAACAGTGCTTTACCCCTA14.166666666666666No Hit
GTGCAGGTAATTCTCTCTTTGATGCATCTCAGTATGCCTTTTTTGGTAAC14.166666666666666No Hit
TTCAAAAGGAGGAGTTTGATCCTGGCTCAGAAGGCTTGTTACAACGCTGA14.166666666666666No Hit
GGGGTNGGGGGGGGCGGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGG14.166666666666666No Hit
TCTAAATAATTTTTTTATTGAATTATTGGATCTACACTATATCTTCATCT14.166666666666666No Hit
GTATTTGTACCGCACATGCTATTTTCTTTTCAATTATTTATTTTTAAATT14.166666666666666No Hit
TACAAAAAATAACACAACAAAAAATATTAAAAAAAATACACTTCAATCTC14.166666666666666No Hit
CGAAAAGGACTTCGTCCTTAGCGTTCTCACCATCACTCGGTGAGACGCAA14.166666666666666No Hit
GCTTTTTAGGCACAAGAGTTTTCTCGTGGAGACGCTCAGCTCCAAAAGGA14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)