FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n02_ath_059.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n02_ath_059.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC38

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATTTATTTTACAAGTTATGGCTGATTTAAGGTTTTATTATTTAAGGTATG24.166666666666666No Hit
AATCTATTTTGTAACCATAGAAGATTTTGAAAAACTAAGTTTGCCTTAAA24.166666666666666No Hit
CCCATACACATGGAATGAAAAGAAACAAGGTACGTTATGGAGTAATATAT24.166666666666666No Hit
GTCCTGAAAAAGGAGAAGGAAGGCTGGAATGCCGCCAGGCGTCTATTATT24.166666666666666No Hit
CTCCCGGGAAACCAATTCTGGGAGAGATTGTTACTTCTCTTCATTCCTCC12.083333333333333No Hit
CATTAAGTGTTGCCTGTAGTCTCACAAAGGGAGTCAAAATCGCTAAGGGC12.083333333333333No Hit
GTATCAAAAGAGATCAAGGAAGTCAGAATTGAGCATGCCTCAACAACTAA12.083333333333333No Hit
CAACTAAACCCAAAACTAAGCAAATCAGAAGTCAAACATAATAAATGACA12.083333333333333No Hit
CAATAATGGGAAACACATCTTCATGCGCACCGTTGATCATATCATCAAAC12.083333333333333No Hit
TCTTCTTCTTCTTGTTTTCAGAAGCTTTGCGCTGGAGGAGGAATCGCATC12.083333333333333No Hit
ATCACGCTTAACCATCAACCTTAAAATGGCCCCCCGTTACTAGCCCTTAG12.083333333333333No Hit
TCAGGATATTATGTTAGAAAATGGATTGATTGACCATAGAATGGTGTGAG12.083333333333333No Hit
GAAACCCTAAATAATTTTTTTACATAAAAAACATTCGTAAAATTCGTACT12.083333333333333No Hit
TGCTATAACTCCCAAACTAACCATTAGAAACTCCTATGAGATTCCAAGAA12.083333333333333No Hit
GTAGTTGTATGTAAACCTAAAGCAATAGCATGATGAACCAAGAAATCTCC12.083333333333333No Hit
CATGTGGTTTGAGTTTCTGATGTGGTATCATGTTTTACCCAAACTAATGG12.083333333333333No Hit
GTATGGACATTTCGTATCCAATCAACAAGCTTATCTCTAGTACCTTCAAA12.083333333333333No Hit
ACACTTCATCTAACATATACGTCCAAATTAGCTACATTTGCCTATGAATA12.083333333333333No Hit
GTGACCAAGGATTTGTCTAAAATTTGCTGAAATCACGATTTGAGAGAGAT12.083333333333333No Hit
AGAGATATTACTGGGAAATTCGGTTGCAGATCTAAAGAAACCTCAATGAT12.083333333333333No Hit
GACCAGAGCTCGGCTAGATGTCGCTTCAAAATGTTATAATCATTTGAGAA12.083333333333333No Hit
AAATGAAAATGGAAAGCAAAACGAGAACCTTTTGCAGCAGCTTTTGCTGC12.083333333333333No Hit
ACTTAGAAGATCTCCACAAAGAACCCATCTGCTTTATAACAATGTCTTTT12.083333333333333No Hit
TTCCAGTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACTCCAGTCACTAGCCCTGCC12.083333333333333No Hit
GTCAACAGCATGCTCCACTTATTCATTAACCTTCATAGCTTTTTTCATCA12.083333333333333No Hit
CAATTATTACTTGGGAATAAAACAGGGACAGGGTTTCAATCAAAAGGTTC12.083333333333333No Hit
ATTTACAACTAGCCAATTCATAATTTTCAGATGTACTAACAAGTGCATCT12.083333333333333No Hit
ATCGCCGCCTAATTAAATTTAATATTAGAAACAAAACCATAGTTCTACCC12.083333333333333No Hit
GTTTTCTGGTCACAGATTTGATATGATCTTCTCATTTTGCTTCTCTTTGT12.083333333333333No Hit
GTAAAATTCATATCTTTCAATTCATATTAAAAAGGGAAGGATTTCTTTTT12.083333333333333No Hit
ATCCATTACGTGTCCAAGGCCTTTTGTTCTTCTTAGGATCGGTTGTTTTG12.083333333333333No Hit
TTTTCACTCAGCAATTATTTAAAAAAAAATTAATTAACCTTTTTAACAGA12.083333333333333No Hit
GATTGTCTACATGATTTCTCCAGTTCGCAACAAGTATCTCTTGGACCCAT12.083333333333333No Hit
CTCTTAAAATATTCCAACAGATTATGCGCATCCCGTCCAATAGTTCTCTT12.083333333333333No Hit
CTCTATAACTTTTTGTTTGGTTGTAGAAACAATGAAACCTTGTGGAAATC12.083333333333333No Hit
CCTGGATAGGAATAATTTCAATTGCGGTGACCCGTTAAATATTATGTTAG12.083333333333333No Hit
GTGTTATACAATATTCTACCAAATGGGTCTTATCGAATCGAAGTTTTTTA12.083333333333333No Hit
CGTACACGCTTCCTGGTACCAGCGAGGTAGGAGATAATAATAGACAACTG12.083333333333333No Hit
GCTTTACTTCGCTCCTAGATATGGTTTCTGCACTCCGTTCTCGACGTAAT12.083333333333333No Hit
ATCTCTTAACCATCCCATCAAATAAGTGGAAGATTCATTAAACTGTGAAA12.083333333333333No Hit
GTGGCGTGTATGGACAACTTGTTTGATGCACAATGCCATGCTTTGCCAAG12.083333333333333No Hit
CTAATAAAAGAAGGGTTATATGAGATATCTGGTGTAGAAGTAGTCCAACA12.083333333333333No Hit
GCAAGAAGAAGGTTGGTTAGTGTTGTGGAGTCGAATATGACTTGTTGTCA12.083333333333333No Hit
GATTCTAGGGGAAATGAATTGGTTTATGGTGATTCTGAGATTGTGAATGG12.083333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)