FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n02_ath_057.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n02_ath_057.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC49

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGGGAGGGGGGCGGGGGGGGGGCGGGGGTGGGTAGGTAAGTGTTGCTTAT14.166666666666666No Hit
AGCTTCTCCAGTCAAGAACAATAACTTGAAGATCAAGACGGGTTTCATCT14.166666666666666No Hit
GACACATGGAGTGCAAAACTTCTGGTGAATCAAAGACTTCAGAGACTCTA14.166666666666666No Hit
ACAATATATCTACATTCACTCAAAGACCTACTGAAACTTTCAAAGCTGTC14.166666666666666No Hit
GCTAGGTTAGACGGTAAAGAAGTCCCTCAAGCATTGAAGAAAGGAAGAAA14.166666666666666No Hit
GCTTAGCTGTTTGTTATGTTAAACTAATCTGTATTGCTTACGAAGGCTTA14.166666666666666No Hit
CGGGGAGGGTAACCTGGGGGGGCAGAGATGTGAGGTATGAGAGGAAGGGC14.166666666666666No Hit
CTTCAGTGGGCGGCGTGAGTGGGGGATTTTTCCCGGGGGGGGGGTGGTGC14.166666666666666No Hit
TAAATGAACAAAGAGGTGTCGGCCTGGGCATATAAGCAGCGAGCCGAACG14.166666666666666No Hit
GTTGAATTGTGTTTATGTTTTTTGTGGCTAGAATGTGGGATGGTTGGTAT14.166666666666666No Hit
ACCCCTGTCAGTTTTCCACTCAAAACCTGCAGTTTGTTTCCGTTTCGTTT14.166666666666666No Hit
TCCTAGGTGCGCTTCGGGCGATGGGCCGCGGGGGGGGGGGGCGGGGGGGG14.166666666666666No Hit
GTGCATTATTTGAAGGGCTANCGGATTTAACTTCATATTTAGTTTGGTTG14.166666666666666No Hit
CAAACAAACAACGTAAAAAATTTCCTGAACTCCAAAAACTTGTCCGTCCT14.166666666666666No Hit
CCCTAGACGGCAGACTTCATAACCAGCTCAATCCATGGTTCGTGGTAGAG14.166666666666666No Hit
AGTTATGGGTGCCGGGGGGCTGGTGGGGGGTGGCAGTTTTTGGGCTCGGA14.166666666666666No Hit
CAACCTTCTGATTCAAATTTATCTCTTGCCTTTCTGAATTCAGCAGCTAA14.166666666666666No Hit
CATTATTAACTCTCCTTCTCCTTCTTTGTTACAGAACAGACCAGAGATAT14.166666666666666No Hit
TAATATTATTACACACAACAAATCAAGCAAACATTCTCTCACACACAACA14.166666666666666No Hit
TTGCATGCCAAAATAACTGATCTGTTTCCACCAAAACACTCGATCTTATA14.166666666666666No Hit
CTGTAATGTTGTAAACTCTTGATCGAAGTGGTAATAATAAATAGACATTA14.166666666666666No Hit
AAATAAAAGTAAACAAGATGAACGGGATTGAATTCAAGTGATTAAAAGCG14.166666666666666No Hit
GTTTTATACCAGTAGCTGACATATCAAGAGAAAGATAGAGAGAGTGAGAG14.166666666666666No Hit
GGGGTGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGGGGGCG14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)